溫湯浸種是將番茄種子在涼水中浸泡10分鍾，然後放入50℃的熱水中，不斷快速地攪動，使種子受熱均勻，並隨時補充熱水，用棒狀溫度計測水溫，使水溫穩定在50～52℃，20～30分鍾後撈出放在涼水中散去餘熱，然後再進行浸種。
藥劑浸種將種子用殺菌藥劑處理，殺死種子表麵附著的病原菌。主要的常用藥劑有1%福爾馬林（浸泡15～20分鍾）、1%高錳酸鉀（浸泡10～15分鍾）、25%瑞多黴1000倍液，注意消毒後用清水洗淨。
藥劑拌種常用70%敵克鬆粉劑（用藥量為種子重量的0.3%）、50%二氯萘酰可濕性粉劑（用藥量為種子重量的0.2%），對防止番茄苗期立枯病有顯著作用。用五氯硝基苯拌種（用藥量為種子重量的0.2%～0.3%）能防治番茄猝倒病。拌種時種子要幹燥，用藥量應精確，與種子混拌應均勻。另外，操作人員應戴上口罩和手套，確保安全。
2.浸種
采用22～28℃幹淨的清水浸泡番茄種子。水要浸沒種子，不斷攪動，把浮在水麵上的癟子去掉，用手搓洗種子，去掉種皮上的果肉、果皮和黏液等，然後再換清潔的同等溫度的溫水浸泡6～8小時，可使種子充分吸水。近年來常采用微量元素進行浸種，可促進番茄早熟，提高產量。具體方法為：首先按一定比例配製多種微量元素的溶液。其配方為冷開水5000千克，加硫酸銅2克，硼酸2克，硫酸鋅2克，硫酸錳1.5克，硫酸銨0.1克。然後將番茄種子用紗布包好，浸入此溶液中24小時後取出，稍陰幹後再浸12小時。
3.催芽
種子浸種消毒後，為促使幼胚迅速發育而催芽。適宜溫度為25～30℃，相對濕度為90%以上。在催芽過程中，應經常檢查和翻動種子。在適宜的條件下，經2～3天番茄種子即可發芽，當大部分種子“破嘴露白”，即露出胚根時，應立即播種。
（三）育苗方式
1.營養土育苗
營養土育苗是根據蔬菜苗期的生長發育特點以及對環境的要求特點，將一定種類的肥、土以及農藥等按照一定的比例，混配製成適合蔬菜幼苗生長的營養土進行蔬菜育苗的方式。營養土育苗是我國傳統的育苗方式，能提供良好的苗期營養條件，水分及溫度條件容易控製，並能根據需要調整苗距，可以避免秧苗相互擠紮，控製秧苗生長，防止徒長。廣大菜農在育苗實踐中總結出大量寶貴的經驗，不斷改進該項技術，目前，其仍是蔬菜育苗的主要方式。
（1）營養土的配製育苗床土的具體配方應根據本地條件靈活掌握。用於播種和移植的營養土配方稍有不同，播種用營養土的床土疏鬆度應稍大些，即有機肥等比例較大些，有利於提高土溫、保水、紮根和出苗。而移植用營養土疏鬆度要小些，即有機肥等材料的比例比播種用土小些，園土比例大些。常用的床土配方如下，僅供參考。
播種床床土配方（按體積計算）：
配方一：1br2園土、1br2馬糞。
配方二：1br3園土、1br3馬糞、1br3細爐渣（無爐灰）。
配方三：40%園土、20%河泥、30%腐熟圈糞、10%草木灰。
移植床床土配方（按體積計算）：
配方一：2br3園土、1br3馬糞。
配方二：2br3園土、1br3稻殼。
配方三：1br3園土、1br3馬糞、1br3稻殼。
配方四：4br5腐熟有機質堆肥、1br5園土。
優良的營養土應該是營養成分齊全、土質疏鬆、透氣性好、保水保肥能力強，不帶有病菌和蟲卵，所以用營養土育苗，幼苗根係發育好，生長也較快，不僅容易培育出壯苗，而且育苗期間的病蟲危害也比較輕。
園土最好從沒有種過番茄、茄子以及辣椒的地塊上挖取，土質以壤土為最好。有機肥要選用優質的圈肥或土雜肥。為防止燒根以及避免將糞肥中的腐生線蟲、地蛆等地下害蟲帶入育苗土內，有機肥要在配製育苗土前，至少有1個月以上時間的腐熟期，使有機肥充分腐熟。配製育苗土的糞肥一定要細碎，糞塊較大時，要先將糞塊搓碎，並篩除其中的大糞塊和雜物。田土、糞肥以及化肥、農藥等要充分混拌均勻。混好後的育苗土不要急於用來育苗，要先培成堆，上用塑料薄膜蓋嚴實，讓農藥在土堆內充分揮發和擴散，對土堆內的病菌和害蟲進行滅殺，捂蓋時間應不短於1周。
為確保育苗土中的有效營養成分濃度，育苗土中還應混入磷酸二氫鉀與尿素。此外，還需對育苗土進行滅菌消毒，預防苗期病蟲害。
（2）營養土藥劑消毒常用的有化學藥劑消毒與物理方法消毒兩種。