（一）蔣介石認為國民黨在大陸失敗的主要因素是黨的失敗。他在國民黨七大上作政治報告時曾沉痛地說:“這次大陸反共軍事悲慘的失敗，並不是共匪有什麼強大的力量足夠打敗我們國民革命軍，完全是領導國民革命的本黨組織瓦解，紀綱廢弛，精神衰落，藩籬盡撤之所致。”為了根除上述弊端，蔣介石認為必須對國民黨動大手術，來一番徹底的改造與重建。
（二）蔣介石認為國民黨退台後，組織渙散依舊，派係鬥爭猶存。國民黨內派係傾軋由來已久。1927年第一次國共合作破裂後，國民黨政治的最大特征，就是派係爭鬥。蔣介石慣用的伎倆是擴大和製造部屬之間的矛盾，然後利用這些矛盾分而治之。在蔣介石統治大陸的22年中，派係爭鬥從未停止過。在財政上曾有孔祥熙與宋子文之間的爭鬥；在軍事上曾有何應欽與陳誠之間的對立；在黨務方麵曾有過陳氏兄弟與朱家驊之間、CC係與複興社之間及軍統與中統之間的相互傾軋。正如蔣介石所言:由於“黨內不能團結統一，同誌之間、派係分歧，利害摩擦，違反黨紀、敗壞黨德，以致整個的黨，形成一片散沙，最後共黨趁機一擊，遂致全盤瓦解，徹底崩潰。”如果讓派係爭鬥的局麵繼續下去，“則黨必歸於毀滅，永無複興的希望”。蔣嘴上說要清除內耗現象，骨子裏還是要借國民黨改造之機清除異己，使台灣真正成為清一色的蔣家天下。
（三）蔣介石欲尋找替罪羊。國民黨在大陸慘敗後，統治集團內部各種勢力紛紛起來追究失敗的責任。美國民主黨與共和黨之間當時也展開了“誰丟失了中國”的爭論。蔣介石說在大陸的失敗“主因”是黨的失敗。黨的失敗首先應歸咎於總裁，問題是無人敢指責蔣介石。蔣介石為了開脫罪責，欲將失敗的責任推到國民黨主管黨務的陳果夫、陳立夫兄弟的頭上。
（四）蔣介石要學孫中山，改造國民黨使其獲得新生。他在講話中多次提到1924年孫中山改組國民黨的成功。他在《為本黨改造告全黨同誌書》中稱:“民國13年，總理在廣州一隅，北有吳、孫的壓迫，東有陳逆的脅製，內為揚劉所掣肘，總理仍不顧一切，毅然著手於黨的改組。今日一切條件都比那時好，所望全黨忠貞同誌，抱定決心，集中意誌，遵循總理的遺訓，以實事求是的精神，研訂黨的改造方案，鄭重決定，切實進行，為革命複興開辟光明坦蕩的前途。”
蔣介石在講這段話時，忘了最重要的一個史實，就是孫中山改組國民黨之所以獲得極大的成功，離不開共產國際與中國共產黨對他的支持與幫助，否則其成效必定要大打折扣。
蔣經國在回顧曆史時，也將其父與孫中山相提並論:“總裁一如總理當年，下定了‘把革命事業從頭做起’的決心，改造本黨。”
（五）蔣介石認為:沒有失敗，很難清除黨內敗類。他在《為本黨改造告全黨同誌書》中說:“要知道失敗是嚴厲的淘汰，失敗是堅強的鍛煉，失敗之中才有覺悟，失敗之中才有奮發。”隻有在失敗之後，“黨才能清除無恥的敗類，團結忠貞的幹部。也隻有在失敗以後，黨才能檢討過去的錯誤，采取正確的路線。”
蔣的這一觀點與國民黨因慘敗而滋生的“憂患意識”產生共鳴，形成了以蔣介石為核心的“改造派”，決心徹底改造國民黨，使其獲得新生，以便領導“反攻”鬥爭走向勝利。
蔣介石在下決心改造中國國民黨之前，針對黨內不注重“團結”，各派係各機構之間爭權不止，官員之間推諉責任的情況提出:“幹部訓練與重建之方針，必須淘汰舊幹部，訓練新幹部。其基本原則:①以思想為結合；②以工作為訓練；③以成績為黜陡”。1949年3月，他接受小蔣的提議，把國民黨的整頓分為“整頓現狀、改造過渡、籌備新生”三個階段。為應付一發不可收拾的敗局和整頓黨組織，“決定先組織一個非常委員會，人數20至30人為限”。
7月16日，“中央非常委員會”正式成立，蔣介石為主席、李宗仁副之，另有10位委員。老蔣想把“非委會”變成實施國民黨改造的領導機構，無奈此組織因人事依舊，又大勢已去，同樣成為忙於協調逃跑事務的機構及內訌的場所。此外，“非委會”的大員閻錫山、何應欽、張群、孫科、陳立夫、居正、於右任、吳忠信、吳鐵城、朱家驊及其追隨者，當然不會同意進行否定過去，其中包括否定他們自己的改造工作。蔣介石籌設“非委會”的目的沒有達到，反而多了一個不必要的衙門。這件事使蔣作出了極為重要的決定，也就是在依靠原有黨政重臣還是依靠以蔣經國為代表的新生力量指導國民黨改造問題上，最後選擇了後者。
8月1日，“總裁辦公室”成立，其主要一項任務就是製定國民黨改造方案。9月22日，為應付即將到來的大失敗，美化以腐敗無能著稱的國民黨的形象，蔣介石發表了《告全黨同誌書》，要他的“同誌們”研究7月間起草的改造方案，以新組織、新綱領、新風氣，“爭取第三期國民革命之勝利”。蔣介石的號召隻是官樣文章，當時國民黨上下一心，忙於逃亡，尋找藏身之處，哪有閑心討論“黨的方案”？
蔣氏父子從四川回到台灣後，在忙於“複職總統”的同時，集中思考“改造”問題。在國民黨政權逃台後的第一個聖誕之夜，蔣介石不失信心地在日記中寫道:“從前種種譬如昨日死，今後種種譬如今日生。……近日獨思黨政軍改革方針與著手之點甚切，此時若不能將現在的黨徹底改造，決無法擔負革命工作之效能也。其次為整頓軍隊，以求內部精純，團結一致。”
與此同時，蔣介石接連在涵碧樓召集陳立夫、黃少穀、穀正綱、陶希聖、鄭彥芬等人，討論國民黨改造問題。蔣介石在會上宣稱:現在中央委員400餘人之多，國民黨若不立即進行改造，不僅見解分歧，無法統一意誌、集中力量，以對共產國際進行革命，而且“無異自葬火坑，徒勞無功”。