4月14日，台灣“立法院”修訂了《戡亂時期懲治叛亂條例》，擴大懲處範圍，加重懲處標準，擴大軍、警、憲、特的權力。
6月13日，蔣介石下令頒布《戡亂時期檢肅匪諜條例》，該條例規定：
一、發現匪諜或有匪諜嫌疑者，無論何人均應向當地政府或治安機關告密檢舉。
二、人民居住處所有無匪諜潛伏，該管保甲長或裏部長應隨時嚴密清查。
三、各機關、部隊、學校、工廠或其他團體所有人員，應取具二人以上連保切結，如有發現陰謀潛伏，連保人與該管直屬主管人員應受嚴厲處分。
四、治安機關對匪諜或有匪諜嫌疑者，應嚴密注意偵察，必要時給予逮捕。
台灣的特務機構在蔣經國的掌握下，權力無邊，無所不能，可隨時插手政治、經濟、軍事和文教等各個領域，上自國民黨高級官員，下至平民百姓，他懷疑到誰頭上，誰就倒了黴。特務在台灣一手遮天。
作為“領袖”嫡長子的蔣經國親自幹起了殺人放火、撬門拔鎖的特務勾當，背後自然引起了不少人的議論。50年代中期，蔣經國看到島內秩序漸趨好轉，台灣生存的安全問題暫時不大，便考慮退居二線，以積蓄一點“德政”，為以後“太子登基”作鋪墊。
1954年，台灣恢複“國防會議”組織後，蔣經國向蔣介石擬報成立“國家安全局”以統轄特務情治係統，自己退居二線。蔣介石很快批準了蔣經國的建議。10月，“國家安全局”成立。1967年，“國防會議”改為“國家安全會議”，蔣介石任“國家安全會議主席”，其主要機構負責人均由蔣介石選定：秘書長由“行政院副院長”黃少穀兼任，“國家建設計劃委員會主任”由國民黨中常委周至柔擔任，“國家總動員委員會主任”由“國防部長”蔣經國兼任，“戰地政務委員會主任”由國民黨中常委袁守謙擔任，“科學發展指導委員會主任”由吳大猷擔任。“國家安全局”隸屬於“安全會議”，並按美國中央情報局建製，調整該局內部組織與任務，使其成為督導和協調台灣各情治機構及治安機關業務的最高督導機構。“國家安全會議”的成立，既加強了蔣氏父子對台灣政治、經濟、軍事和特務大權的控製，又使蔣經國免遭眾矢之的。
為了強化對台灣人民的統治，確保孤島偏安，1949年5月19日，國民黨在大陸全麵潰逃前夕，陳誠秉承蔣介石之意通過台灣“警備司令部”頒布《戒嚴令》，宣布台灣地區處於“戰時動員狀態”。台灣從此開始了長達38年之久的戒嚴時期，開創了中外曆史上戒嚴時限的先例。
根據《戒嚴令》規定：戒嚴時期禁止工人罷工和集會遊行，嚴格出入境手續，實行宵禁，禁止張貼標語、禁止散布非法言論，禁止藏匿武器彈藥，人員外出必須攜帶身份證等。尤其嚴厲的是，規定戒嚴時期禁止黨外人士進行組黨活動，如有違反者，將以軍法懲處。
在頒布《戒嚴令》的同時，台灣又製定了一係列法規條令，使軍事戒嚴和高度集權的專製獨裁進一步強化。諸如《台灣地區戒嚴期間防止非法集會、罷業等規定實施辦法》、《台灣地區戒嚴時期新聞雜誌圖書管理辦法》、《動員戡亂時期新聞雜誌圖書管理辦法》、《動員戡亂時期國家安全會議組織綱要》、《妨害國家動員懲罰暫行條例》等，花樣達100多種。
這林林總總的“非常時期”法律，產生了兩方麵的影響。一方麵，國民黨最高當局的權力大大擴充了，根據到台後曆次“國民大會”修訂的“動員勘亂時期臨時條款”，蔣介石獲得了不少不受“憲法”限製的“緊急狀態處分權”、“連選連任權”以及設置“動員戡亂機構”、決定“戡亂大政方針”，調整“中央政府”機構的組織與人事，並在維持原有“中央民意代表”職務終身不變的基礎上，繼續充實所謂“中央民意機構”的權力，等等。另一方麵，台灣人民的各種基本政治權利和生活自由被剝奪得越來越少。台灣人民往往在不知不覺中就被冠以違反“管製辦法”，依據“懲戒法令”而遭到懲處。實在沒有足夠的理由來懲治你，就扣上一頂“私通共匪”的紅帽子，讓你有口難辯，永世不得翻身。
國民黨遷台之初，形勢岌岌可危，國民黨官兵外逃成風。為了防止官兵紛紛外逃，1950年4月29日，“外交部”在蔣介石的授意下急急忙忙宣布：停止辦理出島旅遊、觀光護照，同時公布因公出島申請辦理辦法。這一措施，刹住了當時台灣島上的外逃風。許多人感到上天無路，入地無門，在高壓政治下，隻有乖乖地聽從蔣氏父子的擺布。為了維持地方治安，台灣當局於1952年成立“民防委員會”，並實施身份證製度，嚴格控製出入境人員，以“肅奸防諜”，穩定政局。
2.文壇奇冤
在“保密防諜”的高度專製下，蔣氏父子對軍隊、青年和知識文化界的控製格外重視。在軍隊方麵，蔣經國主持的“國防部總政治部”派遣政工人員到各部隊工作，其主要職責為“調查官兵思想行為”，“監察官兵思想，檢舉動搖分子”。蔣經國作為“總政治部主任”，在軍隊中形成了一個從上而下、縱橫交錯、滴水不漏的控製網。美國人在評論50年代初期台灣軍隊中的政工製度時說：“國防部下的總政治部，一般認為，效率尚高，手段毒辣，政治部在軍方的任何機構，安置政工人員，進行控製監視，……美國駐台軍官普遍厭惡。”
蔣介石在總結在大陸失敗的原因時認為，控製青年無疑是其關鍵，所以到台灣後很重視青年工作。1950年4月28日，“中國青年反共抗俄聯合會”成立，並在北投訓練幹部。1952年10月31日，“中國青年反共救國團”正式成立，蔣介石兼任團長，蔣經國將掌有實權的主任一職抓到手。自此以後，蔣經國直接控製“救國團”達20年之久，“救國團”自稱是“一個具有教育性、群眾性和戰鬥性的青年組織”。