“台灣有88個政黨，要怎麼政黨輪替？這個陳述是錯誤的，不該如此說，應該說‘國民黨下台’；如果這樣說，我們不會有意見。李遠哲口口聲聲宣傳自己是中立的，但他這個做法是中立的嗎？李遠哲說要政黨輪替，但這個黨其實就是民進黨，明顯是要支持民進黨的候選人。”
李敖接著批評李遠哲最近為了要不要“挺扁”，從不公開承認或否認，任憑扁陣營每天放出邀請他“組閣”的風聲。
李敖雖然肯定李遠哲是優秀的化學家，但指出陳水扁從擔任台北市長期間就打“李遠哲牌”，李遠哲就跟陳水扁眉來眼去。“這表示李遠哲用一個清高的形象不受公務員中立，支持陳水扁。”
李遠哲曾經說過：“黑道不恐怖，白道才該注意”，而李敖就表示掌握了李遠哲是“白道人物”的資料。例如，在“中研院副院長”楊國樞任命案、“中研院”歐美大樓的重建工程和“9,21”地震重建工作方麵，李遠哲都有公然違法行為。
李敖表示他不是要跟老同學李遠哲過不去，但在台灣選舉期間有人搞黑金，是真小人；但也有些偽君子，表麵上是中立、清高、不談政治的學術人。
“我們今天不但要打倒真小人，還要打倒偽君子，因為這個偽君子現在跑去支持一個危險的‘總統’候選人。”
針對李敖對李遠哲的公開批判，“中研院”院總辦事處作出回應。“中研院”的聲明說李遠哲個人的政治立場不宜由院方答複，而僅就院務部分指李敖“混淆視聽，嚴重悖離事實”。
李遠哲在出席“高中生人文及社會科學營”被記者問到對李敖抨擊他的看法時，隻是低調回應說：“不值得對此事做評論。”
陳水扁打“李遠哲牌”也是有來由的，因為李遠哲支持政黨輪替，讓外界不得不產生他支持阿扁的聯想。就在3月5日台灣的原生互聯網報《明日報》、《新新聞》周刊和英文報《台灣新聞》共同主辦的的一場演講會上，李遠哲以“跨越斷層——掌握台灣未來關鍵的五年”為題，發表專題演講。他說，倡議兩岸在目前還沒有取得互信下，不應勉強進行談判，目前任何“促談”的訴求，其實都缺乏理性的基礎。
他認為，目前雙方都在僵持，台灣方麵要求大陸必須與台灣一樣達到民主、均富的條件才談，大陸卻不願意接受這種談判條件，堅持在“一個中國”和“一國兩製”前提下才要談，這樣是“徒增兩岸的誤解與不信任，甚至加深敵意，這樣的發展並不好”。
因此，兩岸應該把共同點放在更遠的地方和有更長的目標。再過50年，整個世界就是一個地球村，到時主權國家的觀念也將和現在完全不一樣，在一個地球村的架構下，兩岸的良性關係也將會有所調整，統“獨”兩極論到時也沒有那麼大的差別，兩岸人民都可能達到各自當家作主，不受欺負的目標。
李遠哲因為支持政黨輪替，被外界視為是民進黨候選人陳水扁的支持者，陳水扁也在近日頻頻打出“李遠哲牌”，甚至傳聞將邀請李遠哲“組閣”來爭取選票。
不過，李遠哲演講後回答提問時，雖然強調政黨輪替是民主政治走上軌道的必要，但卻表示對“組閣”向來沒有興趣，他的最大願望是為台灣社會貢獻他的力量。
他說，不管未來誰當選“總統”，支持率超過40%的可能性不高，因此會出現一個弱勢的政府，到時的“總統”一定會好好的傾聽民意，所以社會發展的責任不在誰當選或是“組閣”上，而是人民都要有責任。
李遠哲還提醒選民，不一定換黨就可以阻止台灣社會的沉淪，除非選民以負責任的態度選出的是一個更有改革魄力的政黨。
針對大陸是否有耐心讓兩岸問題留待50年後再談判的問題，他說，不論50年後的世界如何，大陸是否有耐心，他的建議是否與大陸發表的《白皮書》有所抵觸，還是由兩岸多交流接觸做起，兩岸之間不是馬上就要解決問題，是要找出共同的答案，而且往那個方向走。
3月10日，民進黨“總統”候選人陳水扁宣布，將籌組一個“國政顧問團”，在他當選後協助處理“國政”，而“中央研究院院長”李遠哲已答應給予支持，願意成為第一批顧問團的成員之一。
陳水扁是在3月10日下午2時到台大校友會館，同李遠哲進行了一小時的會談。李遠哲隨後也召開記者會表示，他和陳水扁的談話，主要是以他在3月5日發表“跨越斷層——未來台灣關鍵的五年”的談話內容為基礎。
李遠哲向陳水扁表示，如果陳當選，希望不要把自己局限於作為一位民進黨“總統”，而應該將國家利益放在政黨和個人之上。
陳水扁說，在交換意見的過程中，李遠哲說“政府”應該多聽聽企業界的聲音，他深表讚同。
他說：“我特別跟李院長談到，我已準備也聯係好在第一批國政顧問團中的成員，有台灣高鐵董事長殷琪、奇美集團董事長許文龍、長榮集團董事長張榮發、國家安全會議谘詢委員陳必照教授，還有其他社會賢達。李院長也提到國策顧問蕭新煌和宏基集團董事長施振榮。”
陳水扁並指出，“國政顧問團”和“總統府”資政和“國策”顧問不同，未來還會有第二、三批的“國政顧問團”。這些人當中有些人會被聘為“總統府”資政或“國策”顧問，有些人會被延攬去擔任行政工作。