陳水扁說：“除了黑金和賄選問題之外，我們今天還關心和討論了對台灣當前一些問題的厘清，這比人事上的安排和討論更重要和更有意義。”
有人問陳水扁，李遠哲是否在這次會談中有清楚表示要“挺扁”，陳水扁說他們並沒有談到這一點。
李遠哲則表示，他肯定陳水扁這幾年對掃除黑金及改革的努力，所以才接受了陳水扁的邀請出任“國政顧問團”成員。
他說：“我對陳水扁先生的認識，已有一段日子。我對於他改革的熱忱，尤其是解決黑金的決心和擔當，非常佩服。我也看到這幾年來，他確實有很大的進步。他也知道作為‘國家’領導人，必須把人民的福祉放在第一位。他表示也有很深的體會，我感到很高興。”
“對於我3月5日的演講，陳市長有一些共鳴。我今天也告訴他，雖然他以民進黨候選人來爭取‘總統’的位子，當選後無論如何一定要把國家利益放在政黨利益和個人利益之上。如果他不能體會到的話，我將會感到很遺憾。我想，他是會同意我的看法。我是覺得以現在的情況，我應該接受他的邀請成為‘國政’顧問，希望他當選執政之後能夠協助他。”
李遠哲還表示，他也願意同其他候選人晤談。不過他強調任何有理想的人，他都願意與他們交流，如果身邊的人沒有理想，他是不願意談的。
李遠哲對陳水扁的賞識，早為人知。在連、宋、扁選情膠著的情況下，在台灣民間享有崇高聲望的李遠哲是否會在這最後關鍵時刻公開“挺扁”，倍受各界關注。
陳水扁競選總部副總幹事遊盈隆認為，李遠哲在這個時候答應出任陳水扁的“國政”顧問，對陳水扁的選情有正麵的作用，對連宋陣營將產生衝擊。
連蕭競選總部發言人陳學聖則表示，李遠哲的聲明給人留下很多的想象空間；如果李要挺扁，為什麼不一起召開記者會，一起回答問題？他並指出，李遠哲是台灣人共同的資產，不屬於任何人或任何政黨獨有。他的這番話顯然是要將“李遠哲效應”中性化。
李遠哲願當陳水扁“國政”顧問，實際上就視同公開表態挺扁，此舉遭到李敖的猛烈抨擊。3月12日下午，李敖在第三場、也是最後一場“總統”候選人電視政見發表會上，一開始便猛烈抨擊李遠哲挺扁，並形容李遠哲是“野心很大膽子很小”、“偽善”的人。同時指責李遠哲公開表示願意擔任陳水扁的“國政”顧問，是李登輝唆使李遠哲“棄連保扁”。
李敖指出，李遠哲1994年10月在“中研院”周報上寫文章，要求“中研院”的人員不要在選舉前輕易發言，以免傷害“中研院”公平、中立的立場，不讓政治幹擾學術。現在，李遠哲自己卻以學術幹擾政治，而且還做了錯誤的選擇。
李敖說，陳水扁如果當選，必然是一個得票率不到35%的弱勢“總統”，會受到45%到50%的人反對，到了“立法院”又會受到抵製。
他認為，一個好“總統”的條件是要能同“立法院”搞好關係，但陳水扁在擔任台北市長期間，卻在民進黨“議員”占多數的市“議會”搞到“府院關係”緊張。反觀宋楚瑜任台灣省長時，同民進黨省“議員”關係良好，其預算案很少被打回票。
李敖說，陳水扁對兩岸關係的看法也相當生疏，連陳水扁競選執行總幹事邱義仁都說過，阿扁的大陸政策是搖擺不定的。“所以，李遠哲支持的是一個對內製造混亂，對外製造危險的人，我忍不住要說李遠哲做錯了。”“李遠哲還說‘無論如何我們要支持阿扁，因為他代表一種理念’，李遠哲太高估了阿扁！李遠哲說他要求阿扁把‘國家‘利益放在黨派利益和個人利益之上，阿扁答應了……對候選人，你不能用‘要求’，隻能‘檢驗’！”
李敖還表示，他握有完整的證據，來揭穿李遠哲“在中研院如何胡作非為、如何不守法律、如何打擊其恩師王企祥”，是“一個充滿偽善的人”，將在選舉過後公布在他的《李遠哲的真麵目》一書中。
話鋒一轉，李敖指出李登輝確有“棄連保陳”的想法。當陳水扁競選市長連任失敗後，李登輝送給陳水扁一本《聖經》，要陳做他的“約書亞”（摩西的繼承人）。
李敖說：“當陳水扁自稱是李登輝的‘約書亞’時，李登輝有用罵宋楚瑜的口氣來否認嗎？很清楚，李登輝現在明明打的是‘棄連保扁’的牌，把李遠哲推出來替他演這出戲。”
李敖最後表示，他是“人在台灣、心在全世界”。他不稀罕台灣選民一定要投他的票，但他勸告台灣人民不要關起門來做事。“台灣隻是全世界的萬分之三，不要因為本土化就違反世界的潮流。”
表態支持陳水扁而麵臨壓力的“中央研究院院長”李遠哲，3月13日召開記者會，宣布辭去院長職務，並表示將在陳水扁當選“總統”後，出任陳水扁的“國政顧問團”的首席顧問。
李遠哲公開挺扁，對陳水扁的選情到底有多大助益，後來的選舉結果已經證明，可以說是足球的臨門一腳。