彈道專家艾裏斯隨身攜帶了他新發明的“另類光源科技”工具，英文簡稱“ALS”，這個工具已廣泛用於美國的刑偵工作中。利用這個特殊的透光工具，能夠探測到已被清洗過的血跡，即使在血跡上塗上一層油漆也能被透視出來；還能夠準確地測試到人類皮下的淤青、咬痕、藥物殘留物、體液、骨質等等。
4月10下午到深夜，李昌鈺等專家在台灣警方的協助下，在台南市金華街進行槍擊案現場重建。
李昌鈺使用“激光瞄準法”進行彈道重建，這是過去台灣警方所沒有的，其效果的準確程度也比台灣警方所使用的“拉線法”更高一籌，此外台灣警察們也對李昌鈺用放大鏡檢視車玻璃上的彈孔及審視車內微物的作法印象深刻。
在台工作兩天，停留了53個小時，李昌鈺先後應台灣媒體要求3次發表鑒定看法。據表示，他隻能確定“陳水扁、呂秀蓮兩人的傷口是槍傷”；陳、呂乘坐的吉普車上擋風玻璃上的彈孔和車上找到玻璃粉末，顯示“子彈是由外向內、由左向右擊中車輛”，兩顆子彈頭中的鉛製彈頭上的DNA與陳水扁的相同，顯示的確是打傷陳水扁的子彈。
李昌鈺還表示，由於台灣警方撿到的彈殼位置不準確，以及無法提供當時車輛行進的速度，他在利用激光交叉比對進行彈道重建時，隻能推估大概的可能開槍地點範圍，無法找出確切的開槍地點。
“如果‘3,19’槍擊發生時馬上封鎖現場，這個案子台灣警方也許早就破案了”，“這個案子難破的最大因素，就是彈殼位置不準確，現場保持不完整”。此外，李昌鈺再次強調，自己隻做物證鑒定工作，不參加槍擊案的偵辦、犯罪動機等的調查。
李昌鈺回美國後，仍堅持表示，槍擊事件“不是暗殺”，射擊者無意取人性命；“也不是自己打自己”，陳、呂傷的部位證明不可能自己打自己；射擊者是遠距離開槍，而非近距離開槍，警方撿到的彈殼位置可能不準確(那麼，是誰把彈殼放在近距離處呢？這是李昌鈺沒有說出來的話)。
對於李昌鈺的數點結論，台灣輿論指出，李昌鈺的鑒定“可以說服台灣多數民眾：在投票前一天確實有槍手對陳水扁、呂秀蓮開槍，造成兩人受傷”。但是，凶手是誰？為什麼要對陳、呂開槍？動機是什麼？幕後有沒有指使人？等等，仍然沒有答案，也就仍然未能讓懷疑者釋疑。
“抓凶手”仍然是台灣警方的首要任務，也仍然是台灣警方一項“不可能的任務”。
信者恒信 不信者恒不信
李昌鈺旋風般地來，又旋風式地走了。
李昌鈺回到美國，早已對此案十分感興趣的美國媒體和刑警方麵也積極采訪及邀請李昌鈺談他的鑒定結果，對這個離奇的案子也不禁嘖嘖稱奇，美國媒體上還出現了台灣“子彈門”的字眼。美國記者甚至建議台灣電影界拍一部《台灣的子彈門》影片，保證有票房！
然而，陳水扁當局卻把李昌鈺的鑒定當作“槍擊案”危機處理的“停損點”，認為既然李昌鈺已經證實陳水扁、呂秀蓮確受槍擊且受傷，又不是自己打自己，那麼那些懷疑論者就應該“就此閉嘴”，國親支持者也就沒有理由再就槍擊案抗爭下去。
陳水扁說:“台灣前進的腳步不可能永遠停格在3月20日。”
於是，4月10日台灣警方以高壓水龍頭加警民受傷近百人的代價強力驅散了參加國親“拚真相”大型集會的群眾；4月10日陳水扁主持召開民進黨臨時全代會，完成該黨今年底“不分區立委提名”辦法的改革。
而國民黨主席連戰4月15日上午在接受日本朝日電視台專訪時，卻對“3,19”槍擊案表達了強烈的質疑。
連戰認為，民進黨在陳水扁槍傷案後一個多小時內即全麵散發“1號台灣人，2號中國人”的傳單，而且快速動員所有非法電台和宣傳車，大肆惡意散播“國親聯合大陸謀殺台灣人總統”的謠言！若非事前即已規劃好槍擊後的相關配合工作，怎會在這麼短的時間內印製並全麵散發傳單，且有計劃地動員地下電台和宣傳車呢？
連戰當著日本電視台的鏡頭，出示了民進黨在陳水扁槍傷案後一個多小時內即全麵散發“1號台灣人，2號中國人”的傳單。連戰指出，當陳水扁留在奇美醫院裏喝茶、聊天、打電話時，民進黨正快速動員所有的地方非法電台和宣傳車，大肆惡意散播謠言！
此外，對於國際著名刑事鑒定專家李昌鈺赴台進行鑒識工作，連戰認為隻確認二件事，一是確實有人開槍打到“副總統”，一是陳水扁的傷確實是槍傷。至於槍傷之前、之後所發生的事情，沒有一樣不讓人高度質疑。
連戰還提出一連串的質疑：為什麼“總統、副總統”不穿防彈衣？為什麼“總統、副總統”會擠在一輛車上？為什麼他們會用沒有防彈設備的民間座車？為什麼侍衛長不站在他應站的位子？為什麼事後不封鎖現場等？
連戰對日本媒體表示，對於這一大堆的疑問，陳水扁怎麼樣就是不肯成立公正、超然的“真相調查委員會”，極盡回避、推拖之能事！已經一個多月了，如果有調查，也是最基層地方檢警人員在應付了事。
連戰對此認為，這就是為什麼感覺被欺騙的台灣人民會如此一波一波的上街頭抗爭的原因。而陳水扁的種種作為，目的無非就是要讓槍擊案變成“不存在的案子”。
此後，國親聯盟所有到“5,20”之前的每個周六的集會申請都被打了回票。同時，國親聯盟出現了內訌，國民黨人和親民黨人互相質疑，推諉敗選責任。
然而，民眾卻不會因為政客們不熱衷談論“槍擊案”就接受了“槍擊案”。“槍擊案的真相”仍然是橫亙在台灣藍綠兩極民意間的一塊沉重的石頭。
雖然“要真相”、希望早日破案的聲音充斥島內，不過，對於案子能不能破，“真相”能否水落石出，島內大多數人卻不表樂觀。許多民眾表示，“真相”是會導致陳水扁翻盤的，怎麼可能會有“真相”？如果公布破案，但案情“真相”不翻盤，那麼，不公布也罷，否則公布了也仍然是“信者恒信，不信者恒不信”。