據台灣媒體報道，不僅是吳淑珍大肆買賣股票，陳水扁身邊的高官也紛紛大炒股票謀利。2005年11月，當時的無黨籍“立委”邱毅爆料指出，陳哲男在擔任陳水扁辦公室副秘書長的4年任期裏，夥同陳水扁辦公室會計高慎慎利用5個人頭帳戶買賣股票，買賣金額從上千萬元新台幣增加到近億元新台幣，2003年1月3日到8月26日，陳哲男僅靠買賣燁隆一隻股票，就獲利598.85萬元新台幣。陳哲男因為股票的內部交易案，已經被判刑9年。
陳水扁辦公室的另外一位副秘書長馬永成也曾經傳出依靠炒股牟利，2005年11月，馬永成在2003年7月至2004年1月買賣7隻股票，半年內淨賺315萬元新台幣。
另外，陳水扁的侍衛長餘連發也被爆料說利用妻子柯銀花的人頭帳戶，在2001年至2004年間大肆買賣股票賺錢。
由於陳水扁身邊的人相繼被揭露出炒股牟利，使得檢調單位認為陳水扁的親戚和身邊的高官是在利用內部消息通過炒股斂財。
從2004年到2006年，台北地檢署偵辦了三起和陳水扁辦公室有關的涉股的疑案。但是，調查到陳水扁辦公室副秘書長陳哲男的時候，案件就不了了之了，查不下去了。原因可以一言以蔽之，執政權還在陳水扁的手上。
SOGO案撲朔迷離
陳水扁妻子吳淑珍曾涉嫌的太平洋SOGO百貨經營權案。這場被台灣媒體形容為“世紀大騙局”的弊案中，從商界的爾虞我詐發展到吳淑珍插手幹預，過程迷霧重重，同時，這起事件還把陳水扁的親信拖下水。
2001年，台灣百貨業龍頭、年營業額超過200億元新台幣的SOGO百貨出現了資金缺口，一些財團乘機爭搶SOGO的股權，最終，遠東集團的徐旭東以10億元新台幣輕鬆得到SOGO股權。2006年4月，有人向檢方舉報說，徐旭東是走了陳水扁夫人吳淑珍的路子，才拿到SOGO的經營權，事後，徐旭東還送給吳淑珍200萬元新台幣的SOGO禮券作為答謝。台北地檢署立案偵辦後認為，SOGO經營權的轉移過程涉嫌違法，於2006年10月將買方代表徐旭東、賣方代表李恒隆等6人起訴。至於吳淑珍，當時檢方隻查到她在SOGO使用了27萬元新台幣的禮券並認為涉嫌違法證據不足，因此對吳淑珍免予起訴。
駙馬內線狂炒股，陳水扁護短閃躲
就在陳水扁妻吳淑珍涉嫌SOGO禮券案全麵開花，台灣檢調部門正在如火如荼地偵查時，陳水扁家又曝弊案，駙馬爺趙建銘涉嫌台開股票內線交易，引發了轟動台島的“台開案”。
“台開案”是台灣土地開發股份有限公司股票內線交易案的簡稱，該案件是2006年5月被國民黨籍“立委”邱毅披露的。據邱毅掌握的資料，陳水扁的女婿趙建銘於2005年7月，用母親簡水綿的名義，以每股3.5元新台幣的價格，大量買進已經遭到停牌處分的台灣土地開發公司的股票。而在趙建銘大筆買進台開股票後不久，2005年8月底，台灣金融管理部門介入，使台開公司獲得多家銀行的聯合貸款165億元新台幣，台開股票也因此起死回生。這樣，趙建銘一家就在不到一年的時間裏，通過購買台開股票獲利7000多萬元新台幣。
“台開案”經過了檢察官起訴，一審、二審，現在已進入三審階段，一審、二審都已認定是犯罪事實，三審能否定趙玉柱父子的罪，時間會告訴我們答案。
“公務機要費”貪腐內幕引發台灣政壇大地震
陳水扁任台灣地區領導人時每年有4800萬元的“公務機要費”（以下簡稱“機要費”）。2006年7月20日，國民黨籍“立委”邱毅向媒體出示總金額逾70萬元的8張發票複印件，指稱這些發票被陳水扁妻子吳淑珍用來虛報“機要費”，並認為“機要費”的使用隱藏著重大貪腐內幕。陳水扁“機要費”貪腐案由此爆發。
到底什麼是“機要費”？就是台灣地區領導人用於公務的費用，包括去地方視察、犒賞的費用，宴請賓客，還有賓客接待等等。為什麼要編列“機要費”給領導人使用？主要是因為領導人的職務所衍生出來的相關費用，都用於公家上。所以，根據相關規定，每一筆錢都是要有單據來申報的，就是每一筆錢都要用在公務用途上。陳水扁任內的“機要費”是一年4800萬元，由出納領出，一個月400萬元。
這裏麵有一些比較有趣的故事。“機要費”在蔣介石擔任領導人時代就有編列了，那個時候，也就是二十世紀六十年代左右，台灣的很多進口物資都是被管製的，蔣介石為了要買日本的醬瓜，還有日本的一些研墨、墨汁等，要使用“機要費”。為此，蔣介石拿到會上公開討論，到底可不可以用“公務機要費”去買日本的醬菜、醬瓜等，蔣介石使用的時候非常慎重，每一筆錢，即使是小到醬瓜，都要報到會議上麵來公開討論。
在蔣經國時代，從擔任行政部門負責人開始一直到他擔任台灣地區領導人，他的每一筆“機要費”支出，在每個月月底的時候，都會公開在他的辦公室，讓每一個人都知道他這些錢用到了哪些地方。根據蔣經國的幕僚說，蔣經國所有的“機要費”都是用來犒賞他的員工，給他部屬一些加班費或者是加菜金，每一筆錢都用在公家的用途上，沒有進到他的私人口袋。這就是“機要費”的規定和使用範圍，不同的領導人有不同的風格。