再加上陳水扁有嚴重的政治陰謀操作的情勢。陳水扁發動“二次金改”，明顯在推動他的政治陰謀。
第一，他企圖把很多的官股銀行，出脫給綠色的財團。那麼在這個出脫的過程中，他並沒有完全尊重市場的機製，他的目的明顯是為了他自己離開權力舞台之後，預先留下他未來政商的實力。
第二，他的目的就是要切斷，如果國民黨再度執政之後，國民黨有可能所掌控的金融的金脈。那麼在這種狀況之下，國民黨不能掌控金脈，而這些官股銀行變成綠色財團掌控，而綠色財團就變成是民進黨或者是“獨派”勢力的金庫，也變成他們的金主。
第三，他的政治陰謀是，如果能夠把這些官股通通轉讓出去的話，那他在過去這 8年裏，在官股銀行裏麵胡作非為，並且做出來各種掏空的、見得不人的犯法行為，從此就永遠不見天日。
當然最後他透過這種方式培養了一群親近陳水扁，靠著陳水扁、吳淑珍能夠獲取利益的一些綠色財團。而這些財團不僅是民進黨未來的金主，更重要的，它成為陳水扁個人手中所掌握的各種籌碼，這才是陳水扁推動“二次金改”的真正目的。
國民黨籍的“立委”邱毅披露說，在“金改”的過程中，陳水扁家變成了所謂的“金改收錢中心”。
第二次金融改革完全由陳水扁主導。在具體實施過程中，陳水扁的妻子吳淑珍，陳水扁心腹邱義仁、馬永成等人涉嫌插手金融機構的並購。而陳水扁家與並購案中獲取暴利的公司關係密切，從陳水扁女婿趙建銘在台新金控有9個秘密賬戶就可見一斑。
2008年，國民黨重新上台，台灣檢方已開始對當年“二次金改”中的一些重大案例和疑點問題展開深入調查。但台灣分析人士認為，偵破“二次金改”弊案有難度。一是很多證據被湮滅了；二是要讓行賄的大財團站出來當“汙點證人”並非易事，“因為一旦承認行賄，該財團的社會形象及股票市值就會一落千丈，這需要涉案財團的非凡勇氣。”
這些金控集團，為了能夠抓到金控公司的主導權，或者是為了能夠以小吃大並吞這些官股銀行，所付給陳水扁、吳淑珍的金額，動輒是高達幾十億新台幣。現在，檢察官正在試圖從海外得到各種訊息，而且要銀行願意配合才可能有所突破。目前，該案還在審理中，結果如何，時間會告訴我們答案。
“炒股案”內線交易，吳淑珍成台灣“股神”
從2003年到2005年，陳水扁的妻子吳淑珍和陳水扁辦公室的親信“炒股案”曾經是轟動一時，那麼陳水扁辦公室的副秘書長陳哲男等人被查出涉嫌利用內部的消息炒股，而陳水扁的妻子吳淑珍因為穩賺不賠被外界稱為是台灣的“股神”，那麼陳水扁辦公室的炒股案的來龍去脈到底是怎樣的？陳水扁的妻子吳淑珍及其親信又是通過哪些手法炒股斂財的？
2008年10月，台灣的檢調單位在調查陳水扁海外“洗錢案”的同時，又重新調查陳水扁在任期間傳出的他的妻子吳淑珍的“炒股案”。調查發現在2003年至2004年間，吳淑珍曾經利用兒子陳致中、女兒陳幸妤等至少6個人頭賬戶，大量買賣股票，非法獲利。特偵組發現她在2003年，曾10次下單短線投資4隻股票，僅靠這10次交易，就輕鬆賺到了481萬元新台幣。
為什麼吳淑珍的炒股案會引起大家這麼高度的關切？因為在台灣，吳淑珍是最高權力中心的家屬。從理論上來講，她得到的資訊應該是最多的。在這種狀況下，全世界都一樣，都會嚴格的去規範或者要求。規範是法律麵，要求是道德麵。要求最高權力的家庭、家屬，要盡量回避跟股市交易有關的一些話題。可是吳淑珍不但沒有回避，而且還堂而皇之進入。
為什麼吳淑珍買萬通銀行的股票，都是買在低點，賣在高點。因為萬通銀行當時有合並的題材。對一個金融業者來講，如果能夠合並，那合並通常是一個炒作非常好的題材。但是問題在於，當這個炒作的題材還沒有出來之前，為什麼吳淑珍會先知道。另外，建華金控當時也有合並的題材。吳淑珍的股票在買賣建華的時間，也等於是在合並題材還沒有揭露之前。
為什麼內線交易在全世界都列為股市交易的禁忌呢？因為誰先掌握資訊，誰就可以坐享其成，把錢放進去，然後可能想二倍、三倍、五倍、六倍甚至很多倍的暴利。以上兩個例子，就可以證明為什麼吳淑珍這個案子，會引起這麼高度的重視。
那麼，行動不方便的吳淑珍，為什麼消息會那麼靈通？
對吳淑珍來說，她的內線消息的可能來源之一，是她的下屬。而這個下屬通常來講是非常機靈的，消息靈通的陳水扁的左右手，他們通常知道消息之後，自己可能賺上一筆之外。永遠不會忘記往上進貢，有福同享。
譬如以燁隆為例。包括陳哲男也好，吳淑珍也好，還有侍衛長餘發也好，他們都共同去買賣的這樣一個股票。這個股票在當年的時候，很明顯它有兩次讓吳淑珍，包括陳哲男在內，都是低買高賣。因為有兩次是利多消息。一次是2003年的時候，燁隆集團得到菲律賓首都銀行注銷了跳票。當時，一般外界都不知道。但是在這個事情之前，陳哲男跟吳淑珍先進去了，然後等事情發生了之後，馬上賺了一筆就出脫。
另外一個可能消息來源就直接來自於企業界了。因為企業界其實常常也進到官邸當中，跟吳淑珍閑話家常也好啦，煮個法國菜給她吃也好了，這樣的狀況其實屢見不鮮。而且都是沒有被否認的，一個確實的消息。所以企業界常常會跟吳淑珍告知一些比較消息靈通的狀況。
還有就是貴婦團，吳淑珍常常在家閑著無聊的時候，常常有很多貴婦團進到官邸，跟她閑磕牙、聊天。那這些消息都是吳淑珍透過這些耳目對外掌握所有可能的利益來源的管道。這也就是說為什麼吳淑珍人在家中坐，但是錢總是可以從天上掉下來的主要原因。