法：你剛剛說認了是認什麼？
扁：不是認罪的認。
扁自歎被汙名化：今天我真的非常難過，不信公義喚不回，也不相信我陳水扁從政30年，如今被汙名化，就如同所謂的過街老鼠，人人喊打，當然有很多值得檢討的地方，如家庭，我沒約束好、沒管理好……
25日
——扁出庭，專注筆錄挑錯字。
法：陳先生，“龍潭案”、“洗錢案”、“機要費案”，有關於證據方法和能力，要表示意見嗎？
扁：先請律師表示意見，24日開完庭，我看完筆錄有錯字的地方，我有在簽名的地方補注上去。
(律師陳述時間冗長，檢察官閉目養神，石宜琳朗讀起訴書證據清單，之後換鄭文龍補充，石宜琳續接)
法：石大律師，你等一下，這個部分你剛才不是已經念過了嗎？
石宜琳：有嗎？沒有啊，(問鄭文龍)你剛才補充的理由是哪一部分。
鄭文龍：我念的是1~7。
法：我確定你念錯了，我很認真在聽，我有在做筆記喔。
(庭上哄堂大笑)
——扁律證據清單漏念、多念，法官都能察覺。
法：大律師，先等一下，你好像漏了一段。
扁：今天我感謝法官、審判長，檢辯雙方和書記官、記者，大家辛苦了，相信大家都很累，我也很累，昨夜我沒有睡好，我一直在想，為什麼虎落平陽被犬欺、龍困淺灘被馬踢……
扁：將近2個月了，今天58天，明天59天，我知道審判長不急，也無所謂，但是作為一個卸任“總統”被押在那邊手銬銬來銬去，大家看我穿西裝但是不能打領帶，我們來到法庭不能穿自己的皮鞋，這樣一副狼狽相請審判長將心比心……如果未來我們的司法訓練所增加實習課程，就是要讓準司法人員訓練當中到監所去實習，做收容人一個星期，而且是要住進禁見房試試滋味，我相信比大法官解釋有用多了，雖然隻住一個星期，畢竟可以出來，總是讓司法人員是一個“鹹淡”。
26日
——法問身體狀況，扁：我受不了了。
法：你今天狀況怎麼樣？
扁：因為我非常疲倦，昨天都沒有睡，早上也吃不下飯，連續3天受不了，所以這是疲勞審問。
法：那如果我先讓你休息30分鍾，你有沒有意見？
扁：有必要連續3天審問嗎？昨天回到看守所已經深夜11點多，我受不了了，你受得了，我受不了。(蔡守訓動怒)
——誰讓阿扁很累？石宜琳：我已經念很快了。
石宜琳：今天本案檢察官列舉的證據清單共110頁，當然我們要一一提出討論，我們律師不過是將檢察官提出的證據清單，一一表示意見而已。
檢：我們不是在質疑你，你到底聽懂沒有？
石宜琳：我聽懂了，我們也是質疑審判長。(審判長在笑)
法：你們都不急被告的身體嗎？(哄堂大笑)
律：我們很急啊。
石宜琳：我昨天已經念很快了耶，還咳嗽。
候審室中備有行軍床，也鋪上軟墊，法警曾問陳水扁要不要睡一下，陳水扁則回“我這麼鬱悶，怎麼睡得著”，而法警依慣例到高院福利社買了波蘿麵包、花生麵包以及一瓶豆奶要給陳水扁，不過他看到這兩樣東西完全不碰，連開水都沒有喝，陳水扁在候審室裏呆坐了3小時，不願意躺下或是休息，也沒有吃午餐。
陳水扁比早上更虛弱，甚至無法開口說話，頭發也更亂了，不過審判長蔡守訓似乎采取較強硬態度，並沒有問陳水扁的身體狀況，隻是說“陳先生，你知不知道你今天的訴訟權利呢？你有權保持沉默或請律師發言”，陳水扁點點頭，接著直接要檢方就證據能力發表意見。
此時律師鄭文龍站起來表示，應該要問陳水扁的狀況，但是蔡守訓則說“這是我的訴訟指揮權，大律師你有異議嗎”，鄭文龍回答“沒有，但我隻是覺得你應該先問陳水扁的狀況，我隻是請你參考和斟酌”。
……
3月３日晚，台北地方法院駁回陳水扁提出“撤銷羈押”的聲請。台北地院合議庭的裁定再次指出，陳水扁等所涉罪責嚴重，且陳水扁為求自保，一再利用影響力阻礙司法程序進行，企圖掩蓋或拖延司法訴追。依現實情況來看，如果不羈押陳水扁，很難進行後續審判，尤其是陳水扁有湮滅、變造證據及勾串共犯或證人之虞，即使以具保或限製住居的方式也無法取代羈押，因此駁回陳水扁撤銷羈押的聲請，裁定陳水扁自3月26日起延押2個月。
截止2009年底，陳水扁一直被羈押。民調顯示，高達八成民眾認為“羈押條件未消失，扁案愈滾愈大，司法獨立裁量理應尊重。”