薑日廣的辭職，使很多忠直的大臣看到南明朝廷在馬、阮二人的控製下，已經不可救藥，尤其在他們的打擊排斥下，幾無生存之地。劉宗周、高弘圖也紛紛提出辭職。劉宗周在辭呈中非常誠懇地向福王提出五條建議：“修聖政，振王綱，明國事，端治術，固邦本。”此時的福王已完全被馬士英等奸臣迷惑，根本不予理睬。高弘圖更是尖銳地提請福王“逆案不可翻”，並建議他把宰相史可法召回任首輔主持朝政。福王都充耳不聞，視而不見。於是高弘圖、劉宗周等憤然離開朝廷。
馬士英、阮大铖等排斥了一批正直大臣出朝廷之後，更加快了網羅黨羽、打擊異己的步伐。
阮大铖對東林黨人及複社人士反對自己複出，恨之入骨，他時刻在找機會進行報複。首先，他以北京失陷後，有些東林、複社人士投降李自成農民軍等事例為借口，製造了震驚朝野的“順案”。他同馬士英串通一氣，上書彈劾曾歸順“大順”農民軍的東林黨人光時亨等人，接著便東拉西扯，大搞株連，沾邊就賴，逮捕了顧杲和左光先等人。又彈劾誣陷周鑣、雷祚等蓄謀不軌，橫加殺害，受誅殺和遭貶被流放的官員達數十人。
不久，阮大铖又預謀策劃了“大悲僧”案件。這大悲和尚素性癲狂，1644年的一個冬天，他夜敲南京洪武門，被京營戎政趙元龍的部下抓住。在審訊的過程中，該和尚語無倫次，一會兒說自己是烈皇，一會兒又稱自己是齊王，一會兒又稱自己是潞王之弟。阮大铖看這是個瘋和尚，便心生一計，想借此誅除自己的政敵。於是偽造了所謂“十八羅漢，五十三參”的名單，把史可法、薑日廣等名重當時的所有官員全列其中，然後再把這個名單放在大悲和尚衣袖中。隨後暗中指使親信上書揭發，南明朝廷被搞得人心惶惶。
同時，為了擴大自己的勢力，馬士英夥同阮大铖又廣收賄賂，隨便賣官鬻爵，大發橫財。很多從北方逃到南邊的官員，隻要花錢賄賂，便可以官複原職。就是一般的士卒，如果給足了錢財，也可以弄個總兵元帥當當。當時有句順口溜，十分準確地描繪出了腐敗的南明政權：“官職大員賤如狗，都督大帥滿街走。”
就在馬士英排斥打擊朝中大臣、爭權奪利的時候，清軍正南下進攻，南明政權已處在萬分危急之時。
1644年末，清朝軍隊推進到宿遷、邳州一帶，但沒過多久便又北歸。史可法傳警京師，要求加強防範。馬士英見了史可法的奏章竟譏笑不已，他的座上客楊士聰詢問因何而笑，馬士英造謠說：“你們以為真的有清軍南侵這回事嗎？這乃是史可法邀功請賞的妙計啊。眼看年末就到來了，河防將吏將要應命敘功，所耗費的軍餉等馬上結算了，史可法此次來書正是為了解決這些問題而偽造的假消息，以便請賞罷了。”真是以小人之心度君子之腹，馬士英全部的心思全用在了整人上，對國家的安危根本不掛在心上。侍講衛胤文當時兼任給事中，負責監視高傑的軍隊，高傑戰死後，衛胤文秉承馬士英的旨意，竟然上書將高傑的死歸罪於史可法統軍無方的結果。馬士英和阮大铖立即把衛胤文提拔為兵部右侍郎，總督原高傑的部隊，企圖用衛胤文來分離和削弱史可法的兵權，使史可法更加無法實現自己的宏圖。
寧伯侯左良玉擁有80萬大軍，駐紮在武昌以守衛長江上遊。由於他功勳卓著，被人們視為東林舊臣的有力後盾。馬士英對他怕得要命，恨得要命，認為他是自己的心腹大患。表麵上不敢得罪他，假意搞好關係，背地裏卻在想辦法對付他。在馬士英剛當首輔時，左良玉命守備太監何誌孔、巡按禦史黃澍等入朝拜賀，在覲見福王時，黃澍在左良玉的支持下，當麵痛斥馬士英的奸行。當朝見禮畢時，黃澍馬上呼奏道：“我今天已經準備好了棺材，誓以死擊奸賊！”福王十分吃驚，問：“奸賊是誰？”黃澍也不客氣，指著馬士英說：“這奸賊就是馬士英，此賊萬死猶有餘辜。”同時揭露馬士英等奸貪不法，並揭露他曾接受過張獻忠部將周文江的重賄和封賞，罪不容赦。黃澍越說越激動，邊哭邊訴，有根有據。還沒等他揭發完，太監何誌孔馬上作證說：“黃禦史所列馬士英穢行完全屬實，我當時奉差在側，可以作證。”他一邊對天發誓，一邊往馬士英身上吐口水。馬士英嚇得魂飛魄散，慌忙跪下，請求福王寬恕。福王被黃澍的言行所打動，當天晚上，便命令司禮太監韓讚周去催促馬士英趕快辭職。可是這韓讚周原是阮大铖的心腹，見事情如此緊張，便玩弄手段，這邊勸福王三思而後行，那麵便立即通知馬士英，讓他早些做打算。馬士英得到這一消息後，表麵上說自己有病，請求辭去職務，私下裏卻用重金賄賂宦官田成、張執中等人，請他們向福王求情。這些人受了賄賂之後，根本不顧及國家安危，進宮向福王求情：“皇上如果不是馬公擁戴，便不能即位。今天如果您罷了他的官，天下人會議論您背恩忘義。”福王便沒了準主意，又對馬士英加以挽留。馬士英受了黃澍的一番奚落指責後，對其痛恨極了，在他回武昌後，馬上找個理由把他免職，後來又借口將他下獄。左良玉手握重兵，暗中讓將士們呼籲釋放黃澍，並聲稱如果不釋放他，將士們就將到南京索要糧餉。馬士英嚇得慌了手腳，隻好放還黃澍，讓其留在左良玉軍中。從此之後，馬士英恨透了左良玉，但也最怕左良玉。