福王即位新君，諸臣們又在決定內閣大臣問題上發生了爭執。這是一次權力的重新分配，各方麵都想趁機擠進最高權力機構。誠意伯劉孔昭堅決要進入內閣，史可法認為勳臣沒有入閣的先例，表示反對。劉孔昭覺得在立福王的過程中，馬士英立有大功，並且與自己有默契。可是眼下竟沒人提他，於是就大聲喊道：“我不可以入閣，那麼馬士英為什麼不可以入閣呢？”他這一喊，史可法及各大臣都不好再加以反對，在福王的支持下，馬士英升任東閣大學士兼兵部尚書、都察院副都禦史，與史可法和戶部尚書高弘圖並列為內閣三輔，仍舊出鎮鳳陽督師。
馬士英位列宰輔，便開始為謀取更大的權力打擊朝臣。他此時首先要排擠的便是首輔史可法，他用十分卑鄙的手段，將史可法在給他的信中複述張慎言等開列立福王“七不可”的事告訴福王，並連信也一同呈上。並且暗中指使高傑、劉澤清上疏朝廷，讓史可法到外麵負責督統淮、揚二州的軍隊，而馬士英自己則留在京城輔佐朝政。當時清兵正大舉南下，從大局著想，史可法不得不請赴淮、揚二州督軍。馬士英取代史可法為首輔，主持朝政，完全壟斷了南明小朝廷的一切大權，諸臣無不為之側目。不久朝廷中論議推立之功，馬士英又加拜太子太師，蔭子錦衣衛指揮僉事。不久朝廷又追敘馬士英在長江北岸的戰功，晉位為少傅兼太子太師、建極殿大學士。第二年，又晉升為太保。
崇禎十七年五月十五日福王登基，改國號為弘光。就在南明小朝廷建立不久之時，中原地區大部分郡縣幾乎已全被清軍占領，高傑戰死在睢陽，各軍事重鎮的兵權無人統領。有的掌兵之將各自為政，不聽中央號令。左良玉擁兵在南京上遊，驕橫跋扈、懷有異心。可是馬士英掌握大權之後，沒有富國強兵的遠大誌向，一味地排斥異己，樹立黨羽。為了達到個人目的，他秉政後的第一件事便是起用阮大铖。福王最初可能是受史可法等人的影響，曾經下詔說：“魏忠賢逆案不可輕易推翻。”但馬士英卻暗中指使劉孔昭、湯國祚、趙子龍等連續上書攻擊張慎言，誣其結黨營私，不識大體，直到把張慎言罷免才完事。他們還在馬士英的唆使下，極力推薦阮大铖，吹捧他通曉兵事，可以大用。其實阮大铖早就同南京守備太監韓讚周相處得十分親密，北京陷落後，皇宮中不少太監逃到南方，阮大铖通過韓讚周的關係與他們廣為結交，並別有用心地在他們麵前誇大事實和製造謠言，大講東林黨人如何打擊鄭貴妃，反對立福王為太子的事，令宦官們將他說的事傳給福王，以討好福王，並陰謀離間福王與史可法等屬東林係統大臣的關係。那些無知的貴人和宦官們因此對阮大铖交口稱讚。同時馬士英也在福王麵前說阮大铖在立福王的問題上如何有功，並極力為阮大铖辯白，說東林黨人將阮大铖定為依附魏忠賢謀逆罪是沒有事實根據的。昏庸的福王在馬士英的鼓噪下，同意召見阮大铖。
阮大铖真是打蛇隨棍上，在覲見福王時專門獻上《守江策》，簡述防守長江的策略，並對福王哭訴自己是如何懷有赤誠的報國之心，竟被東林黨人孫慎行、魏大中、左光鬥等誣陷而遭受長期迫害的。同時還誣陷魏大中一向心懷叵測，圖謀不軌。對阮大铖的醜惡表演，滿朝大臣無不氣憤。大學士薑日慶、侍郎呂大器、懷遠侯常延齡等一致上書揭露阮大铖不僅依附魏忠賢，而且是魏氏宦黨謀逆案的魁首之一，千萬不能起用此人為官。呂大器同時還參劾馬士英，指明他結黨營私，為崇禎皇帝欽定逆案解案的罪行，並且告誡如果讓他們的陰謀得逞，國家將永無寧日。馬士英也上書極力為阮大铖辯白，而且攻擊薑日廣、呂大器等人結為朋黨，堵塞賢路，不僅如此，還暗中勾結、收買建安王朱統鏤等聯名上書誣蔑陷害他們。因為大學士高弘圖在崇禎朝當禦史時，對東林黨人的作法表示過反對，馬士英自以為他肯定會替自己說話，便對福王說：“高弘圖平素很了解我的情況，您問他就行了。”哪知高弘圖已經覺察馬士英與阮大铖互相勾結，危害朝廷，便上書建議福王：“魏忠賢宦黨逆案以及所牽連的人員，都是先皇帝所欽定，決不可以擅自改變。”馬士英弄了個大紅臉，不覺惱羞成怒，起而與高弘圖力爭，高弘圖義憤填膺，以辭職相抗爭，馬士英被迫暫罷重起阮大铖之議。雖然如此，但是馬士英並沒有就此罷休，阮大铖對他十分重要，這不僅僅是報當年阮氏對自己舉薦之恩，而是馬氏要想在朝中立足，缺了這個幫手不行。又經過一個多月的奔走，馬士英通過威脅、收買等手段大肆活動了一番，最後指使安遠侯柳祚昌出麵上書推薦阮大铖，自己則躲在背後支持，福王沒辦法，同意起用阮大铖，任命他為兵部添注右侍郎。阮大铖是魏忠賢的走狗，前朝大臣們哪個不曉，他跟著魏氏陷害東林係統大臣的罪行曆曆在目，如今他又東山再起，又將耀武揚威地在朝中橫行，滿朝皆驚。左都禦史劉宗周堅決反對，他憤然上書陳言：“前在北京，魏大中被誣害，凶魁雖為魏忠賢逆黨，而真正的主使者實為阮大铖。盡管阮大铖如人所言頗具才略，但臣實在擔心阮氏賊性不改，繼續結黨害人，其才終要病世誤國。阮大铖一人之進退，實關係南明之興亡，乞請主上廢止成命。”福王被馬士英的妖言所惑，不但不聽劉宗周的忠言之勸，反而使阮大铖以兵部侍郎職兼右僉都禦史，主持江防軍機。第二年又升任兵部尚書兼右副都禦史，仍巡視長江防務。從此，南明小朝廷的軍政大權便控製在馬士英、阮大铖手中。
馬士英、阮大铖掌握大權之後，更是肆無忌憚。他們一邊往各機構安插死黨，一邊繼續排斥打擊對他們有威脅的大臣。一時間，南明小朝廷被搞得烏煙瘴氣，國不像國。他們內結宦官田成之流，對外則與勳臣劉孔昭、朱國弼、柳祚昌、鎮將劉澤清、劉良佐等相勾結。馬士英還同時重新起用原魏黨逆案中尚存的人物，如楊維垣、虞廷陛、郭如、周昌晉、虞大複、徐複陽、陳以瑞、吳孔嘉等人。對在魏氏逆案中死亡之人，馬士英也都盡數給予撫恤。而對像張孫振、袁弘勳、劉光等曾在前朝獲罪的官員也大加起用，把他們任用為諫官，使之成為自己的爪牙。一時間朝廷政治混亂，賄賂公行。馬士英、阮大铖的倒行逆施，激起弘光小朝廷中正直大臣的無比憤怒，在馬士英、阮大铖的排擠下，不少大臣隻好上書辭職。
大學士薑日廣首先辭職，在辭呈中描述了朝中的混亂狀況，希望福王對馬士英、阮大铖之流要加以提防，最後他沉痛地說：“臣待罪南扉，半壁東南，有同暮雀，愧無死地，終夜拊膺，願乞骸骨還鄉裏。”他的辭呈所指，事事屬實，句句在理，馬士英怕福王發現他的陰謀，便立即組織黨羽以“誹謗先帝、誣蔑忠臣”的罪名，輪番上書對薑日廣進行攻擊。並且還采取了十分下流的手段對其進行陷害，福王不明真相，便下旨同意薑日廣辭職。在入朝向福王辭行的那天，薑日廣當著滿朝大臣的麵，向福王誠懇地表示：“我觸忤了權奸，自認為萬死不赦，今蒙皇上寬大，允許我還鄉，我回到家鄉後，還照樣會以國事為重的。”站在一邊的馬士英對權奸二字十分敏感，他甚至控製不住自己的情緒，狂怒地喊叫：“我是權奸，你是老不死的。”失態之極。他對著薑日廣破口大罵之後，急忙向著福王跪下，叩了幾個頭後說：“我從滿朝異議中擁立陛下做皇帝，現在願以犬馬餘生歸老貴陽。如果陛下留我，我將來隻會有一死。”他故意利用福王對一些大臣反對自己當皇帝十分氣憤的情緒，挑起福王對薑日廣等大臣的不滿。而自己是力排眾議支持擁立福王的極少數人，自然會得到福王的倚重。他真是得理不讓人，剛給福王叩完頭，便躍起來質問薑日廣：“當時你為什麼要求立潞王當皇帝，是什麼用心？”他步步緊逼。薑日廣也不甘示弱，據理力爭。二人在朝堂上互不相讓，最後竟然互相對罵起來，吵得難分難解。