即便這樣，依然不能打退宵小之徒的尋釁之舉。與其在朝廷與人周轉勞心費神，不如在基層做點實事，東坡因而再度自求外調。
元祐四年（公元1089年），東坡以龍圖閣學士的身份，被皇太後派遣到闊別十六年的杭州任太守。
東南形勝的杭州，城郭與自然山水連在一起，湖光山色，富饒美麗。東坡欣然前往。
杭州的神韻在於西湖，“杭州之有西湖，如人之有眉眼”，但元祐四年，東坡眼裏的西湖，“崶台平湖久蕪漫，人經豐歲尚凋疏”，水涸草生，滿目瘡痍。如果不加以治理，任其發展，二十年後，就再也看不到美麗的西湖了。東坡憂心忡忡。
事不宜遲，他連夜給朝廷打了一份詳細的報告——《乞開杭州西湖狀》，力陳西湖五個不可廢的理由，請求朝廷撥款疏浚西湖。得到朝廷批文後，蘇東坡發動二十萬民工投入治理工作，挖淤泥，除葑草。蘇東坡親力親為，從勘測、規劃，到具體實施，每個環節都一一過問，絕不疏忽。
怎樣處理挖出的葑泥，這個問題讓他絞盡腦汁，最終提煉出建設性的構想。他親自指揮廣大民工，用葑泥在湖中築一條橫貫湖麵的數裏長堤，像一條美麗的彩帶，把西湖分為兩半，堤的東麵是外湖，堤的西麵為裏湖，堤上有六橋相接，以便行人，兩邊栽植柳樹和桃樹，護住堤壩，後人稱為“蘇堤”。為保護疏浚後的西湖，東坡指導工匠在湖水最深處設立三座石塔，嚴禁漁民在石塔界線以內的湖麵種植菱藕。這三座石塔，是西湖“三潭印月”一景的雛形。
曆經三四個月的整治，西湖又重現煙雨浩渺、綠波蕩漾的西子風貌。桃柳相間的長堤，花開在畔，綠絛依依，波光樹影，鳥鳴鶯啼，有民謠唱：“西湖景致六吊橋，一株楊柳一株桃。”至今，“蘇堤春曉”仍是著名的西湖十景之一。
大澇之年，東坡率眾抗洪度荒，拯救饑民；大旱之年，東坡率眾清理運河，興修水利。他和水政專家一起，視察水位，勘察地理，製定措施，夜以繼日、緊鑼密鼓地付諸行動，約半年時間，完成運河治理工程。既解決了交通問題，更解決了百姓的飲水和供水係統問題。
東坡還帶頭捐獻五十兩黃金，並廣泛籌集捐款，在杭州創辦了第一家病坊，解決了杭州百姓看病難抓藥難的問題，史稱“安樂坊”，這是中國最早的公立醫院。
居杭期間，雖公務之瑣，案牘之勞，工程之累，但這位五十多歲的老人，活得意氣風發，精神百倍，做起事來得心應手，擁躉眾多，其樂融融：
憶在錢塘歲，情好均弟昆。
時於冰雪中，笑語作春溫。
——《送魯元翰少卿知衛州》節選
他和助手、同僚、下屬等，彼此之間開誠相見，親密合作，情同手足，誌同道合，通過小詩可見一斑。
可笑，王珪之“不會做人”終成謬談。
原來，不是“不會做人”，隻是道不同，不相為謀而已。