平叛中魏元忠立下汗馬功勞，也表現了他非凡的軍事天才和果勇的作風。
平亂後因功授司業正，不久遷洛陽令。當時酷吏橫行，他先後數度受害，首次入獄因平叛有功，被武則天救下，流放嶺南。一年多後又被召回任禦史中丞，又為來俊臣拘陷，麵對屠刀依然神色自若，毫無畏懼之色，這次又被武則天在刀頭救下，流放費州。
後來又被重新起用為中丞，不到一年被酷吏侯思止陷害，結果又一次被扔進大獄，在獄中大罵侯思止不停。
武則天愛惜人才，這一次仍然沒有殺害他，把他流放到外地。酷吏垮台後，武則天再一次恢複了他的原官。武則天對他累被牽進重案而不解，問他原因。他委婉地回答女皇，身為頭鹿，酷吏欲烹為美羹，故受害。
一個人在官場上過山車似的這麼來回折騰，可以說是九死一生。按說應該能夠做到雲卷雲舒，寵辱不驚。可所有的人生經曆對魏元忠來說，都沒有轉化為城府。要將一個性格剛猛之人修煉為徹頭徹尾的陰人，不是一件容易辦到的事。
聖曆二年（公元698年），武則天提升他為鳳閣侍郎、同鳳閣鸞台平章事，並命他檢校並州長史，任天兵行軍大總管，讓他防禦突厥。同時再遷升為左肅政台禦史大夫，檢校各州長史、同鳳閣鸞台三品，已成為出將入相的權要。
看來武則天對這個人還是極為倚重的，不然一個官場之上屢教不改的慣犯能夠成為首輔之臣，不是一般肚量的當權者能夠做到的。
魏元忠與他的前任狄仁傑、婁師德等相比較，缺乏後者的機智和通融，因此治理政務軍務、對上對下，可以說剛猛有餘，而柔韌不足。如果他能夠像狄仁傑那樣懂得一些官場的變通之術，四兩撥千斤地去處理一下矛盾，他應該可以走得更遠。
可惜他沒有選擇走別人的路，而是選擇了走他魏元忠自己的路。
我們就拿武則天寵“二張”這件事來說，狄仁傑和魏元忠都勸諫過，但卻收到了不一樣的效果，結果成全了狄仁傑一世良相的美名，魏元忠隻撈了個一根筋的稱呼。
執政後期的武則天以“二張”為近侍，整天宴飲笑鬧，遊山玩水，其行為自然為那些正派大臣們所不容。作為天子應該有一套行為和道德準則，親賢臣而遠小人，為天下臣民立德，這是正直官員所期望的好皇帝。
狄仁傑等雖勸諫女皇，但他們也清楚地看到武則天並不是一個昏庸的君王。雖然在某些方麵寵幸二張，但她也親和、尊重手下這幫大臣，朝中政務都是交給宰相處理，諸官任事也不許含糊。她絲毫沒有放權給那些近寵們，更沒有讓他們幹預朝政，也就是說大權沒有旁落，武周朝政仍然風正氣清，並無多少邪侫之氣。
狄仁傑等人還看到，女皇還是能正確處理工作與生活的關係的，並未因寵“二張”而耽誤了工作（政務），當然也不會因為工作而放棄自己的生活。
尤其能讓狄仁傑等可以接受的是，這時候的武皇已經是高齡老人，守寡已經十幾年（高宗離世十幾年），身為萬乘之君，卻又是孤寡老人，養幾個男寵，打發一下晚年的寂寞時光，能算個什麼大事呢？不要說七八十歲的老人已難有男女歡愛，就是有又能說明什麼？
作為一個帝王，三宮六院，佳麗三千也是最平常不過的事；想一想那些滿口仁義道德的大臣們哪個不是妻妾成群。女皇也是皇帝，作為皇帝就不能有幾個男寵？總而言之，作為女皇的股肱大臣，都是七八十歲的老人了，應該相互理解才對。所以，狄仁傑等勸諫女皇，讓她別玩得太出格，武則天也理解這些大臣們心中所想，所以能分清現實的重點，他們君臣之間許多年相處融洽。所以狄仁傑去世時，武則天當著眾官員的麵，大哭不止。一代鐵血女皇，也是血肉之軀。
尤其讓大臣們高興的是，晚景的女皇帝性格變得溫柔而有趣，有點兒老小孩的意思。大小事任你勸諫，不再動氣發火。即使是關於“二張”的勸諫，隻要不是當麵衝撞讓她下不了台，她也都不發火。如宰相韋安石，當著武則天的麵，逐走了“二張”的友人四川宋霸子等商人，武皇不僅沒有加罪，還表揚韋安石是個好同誌，能夠直言勸諫，這種風度讓在場的官員無不歎服。