《攝抉擇分》在以八大理由論證了阿賴耶識後，又以四相建立流轉，一相建立還滅。於建立的流轉四相中，特別清楚地提出了末那識說，以完成八識唯識的思想體係。卷五十一說：“又由有阿賴耶識故，得有末那，由此末那為依止故，意識得轉……雲何建立阿賴耶識與轉識等俱轉轉相？謂阿賴耶識，或於一時唯與一種轉識俱轉，所謂末那。何以故？由此末那，我見慢等恒共相應思量行相，若有心位若無心位，常與阿賴耶識二時俱轉，緣阿賴耶識以為境界，執我起慢思量行相。”末那識的性質是什麼，在這裏可說給予了大體上的說明。在前本地分，雖曾說到恒行依止性意，但還沒有明確地舉出末那的名稱，其性質亦不過是發生過程上的東西。到了攝抉擇分，以阿賴耶識為總基識，以前六識及末那識為俱轉識，於是有八識唯識說。末那識的有無，在唯識思想上是重要的一環，有他，八識說就圓滿；無他，八識說就不能成立，末那識的產生，不能不說是唯識學的一大進步。然為什麼到這時候，始有末那思想的產生？這當然有其不得不產生的原因。起初，隻重視阿賴耶識說，即怎樣才能證成阿賴耶識的存在？阿賴耶識的行相怎樣？經過一個相當時期的思考，賴耶的存在已經被論證，賴耶的行相已被指出，對於賴耶的實有已無疑問，心識問題到此，本可告一段落。但經再一深思，覺得還有一些存在的現象，不說用前六識無法解決，就是用阿賴耶識亦無法解決，必須另外找出一個東西來，方能圓滿地解決。唯識家於此深思熟慮的結果，在心識活動的潛流中，發現了末那識，而末那識在心識論上，也就擔負起了重要的角色。從其主要的特質說，就是以阿賴耶識為所緣境，並且妄執阿賴耶識以為我，恒與俱生任運的四種煩惱相應。從煩惱的立場說，不用說是含有重要意義的，若就本體論或認識論的意義說，自然沒有阿賴耶識來得重要。正因如此，所以流轉還滅的建立，在根本的阿賴耶識，不在隨轉的末那識。雖然末那識在《解深密經》及《瑜伽師地論·本地分》之後發展出來，但其在唯識思想發展史上，仍然值得注意。
阿賴耶識為建立流轉還滅的主體，所以在抉擇分的組織中，特別建立還滅相說：“雲何建立阿賴耶識雜染還滅相？謂略說阿賴耶識是一切雜染根本。所以者何？由此識是有情世間生起根本，能生諸根、根所依處及轉識等故；亦是器世間生起根本，由能生起器世間故；亦是有情互起根本，一切有情互為增上緣故……複次，阿賴耶識所攝持順解解分及順抉擇分等善法種……複次，此雜染根本阿賴耶識，修善法故方得轉滅……如是建立雜染根本故，趣入通達修習作意故，建立轉依故，當知建立阿賴耶識雜染還滅相。”阿賴耶識為一切雜染的根本，於此可說已被徹底揭露，因而它的性質，不得不判定為全是有漏，絕對沒有所謂本淨的餘地。賴耶唯染的思想，是虛妄唯識的一貫思想，不管是《瑜伽師地論》、《攝大乘論》及以後之《唯識三十頌》等，都是這樣講的。經雲“三界心心所虛妄分別”，可為此一思想的證明。如說唯識學有所謂淨識，那是轉依以後所顯的心境，在阿賴耶識自身，敢說是不具有這樣性質的。
在《瑜伽師地論·攝抉擇分》，就阿賴耶根本識，而創倡新學說的勇氣，固然值得讚美！若更進一步至卷六十三之有心地抉擇分，那就更感到創說者的意氣更高：“如是已說非三摩呬多地抉擇，有心地抉擇我今當說。當知諸心善別而轉，略有五相：一由世俗道理建立故；二由勝義道理建立故；三由所依能依建立故；四由俱有建立故；五由染淨建立故。雲何世俗道理建立？謂依世俗道理建立諸心差別轉義，當知如前意地已說。勝義道理建立差別，我今當說。雲何名為勝義道理建立差別？謂略有二識：一者阿賴耶識，二者轉識。阿賴耶識是所依，轉識是能依。此複七種，所謂眼識乃至意識。譬如水浪依止暴流，或如影像依止明鏡。如是依勝義道理建立所依能依差別。”接著又說：“複次，此中諸識皆名心意識。若就最勝，阿賴耶識名心。何以故？由此識能集聚一切法種子故，於一切時緣執受境，緣不可知一類器境。末那名意，於一切時執我我所及我慢等，思量為性。餘識名識，謂於境了別為相。如是三種，有心位中心意識，於一切時俱有而轉。”從來心意識的研究，雖則是權說方便，但以意地抉擇分所說，那意地所說的心意識說，大體也不過是世俗道理的建立。依勝義道理建立的心意識差別說，是這抉擇分所說阿賴耶、末那、意識的三識差別建立。如綜合意地抉擇與心地抉擇來看，可以發現三階段的心意識說的開展：初步是阿毗達磨論書的心意識說，其次是本地分意地之心意識研究，最後則是抉擇分之心意識的新說。而這第三次的意地、有心地抉擇分的七轉，第八阿賴耶識的研究，與菩薩抉擇分的研究相對，此為《瑜伽師地論》當時心意識研究的頂點，而阿賴耶說，高於阿賴耶唯識說。其後，關於識說，尚加幾個階段的進步改善，而始發展。