此後，地下卷宗便開始有了一些情報機構的秘密檔案，建設成為專門收集秘密信息的網上數據庫。此外，還會有一些和情報機構有密切聯係的人時不時傳送一些秘密信息。比如美國中央情報局（CIA）對伊朗和朝鮮“核威脅”的評估檔案；互聯網服務商經常向美國聯邦調查局（FBI）提供客戶資料的內幕……這些檔案都曾轟動一時。
用《華盛頓郵報》專欄作家和NBC新聞軍事分析家威廉·阿爾金的話說，地下卷宗是“國家安全的Google”，它是一個得到精心維護的網上信息綱要。在龐大的信息資料庫中，一部分是向公眾開放的，有些則不是。它的目的就是挖掘揭露情報世界的秘密。網站的設計幹淨簡潔。白色的背景上羅列了一些簡單的紅色鏈接和文本文件。約翰·揚收集的材料大多數枯燥乏味，但是另一些卻危險到甚至可以讓人呼吸急促。
約翰·揚對此解釋道，保密和泄密之間的戰爭幾千年前就開始了，“這場戰爭一直是技術與技術、一群人與一群人之間的對抗”。在地下卷宗公布的機密信息中，有相當一部分是前情報人員或者知情者匿名提供的。比如他曾獲得的日本國家安全局特工名單，就是一個對現狀不滿的前日本特工給他的，時間是在2000年7月。
約翰·揚也花錢買情報。他曾付給一名法庭記者9000美元，換取紐約法庭審判本，包括拉登和21名肯尼亞、坦桑尼亞美國大使館爆炸案嫌疑犯的法庭紀錄。
不過，約翰·揚更多的信息來自閱讀各大報章刊發的司法類報道，他盡力從字裏行間尋找蛛絲馬跡。約翰·揚每天閱讀《聯邦登記》（除假日外，美國政府每日一期的出版物，包括各政府機構公告），經常援引《信息自由法案》申請查看政府文件，搜集所有關於情報世界的新聞，追蹤法庭文件。
由於約翰·揚還有設計工作，所以隻有在空餘時間他才會閱讀和回複網友給他的郵件。如果碰到有意思的信息，他就會把它貼到網站上。這些誌願者的數量確實不能和維基解密相比，而且維基解密背後有強大團隊的支持，地下卷宗幾乎隻靠約翰·揚夫婦。
約翰·揚還曾把地下卷宗的全部文件刻製成了光盤出售，每張25美元，網站可以看到光盤銷售廣告。除此之外，經營維護網站的一切費用都是他掏腰包。
“地下卷宗好像國家安全領域的一個哨兵，”美國科學家協會政府保密工程組織負責人史蒂文·阿福特古德說，“約翰·揚看到了許多人看不到的東西，公布其他人不公布的東西。對我而言最有用的並非是那些瘋狂的內容，而是它每天堅持不懈地對國家安全版圖的監督。”
曝光英國軍情六處特工網
1999年5月13日，地下卷宗公布了一份軍情六處（又稱MI6）116名駐外特工名單。
軍情六處也稱秘密情報處，軍情六處與軍情五處同時於1909年成立，原為英國情報機構海外諜報係統。1939年改組，歸國防部領導。主要負責在國外進行情報間諜活動，如打入敵對國的組織內部進行策反、招募等。總部設在倫敦威斯敏斯大橋南邊一幢20層樓內，對外稱“政府電信局”，現在由外交部控製。
名單公布之後，軍情六處一片恐慌。
媒體紛紛猜測名單的真偽。在一番窮追猛打之後，終於挖出有價值的線索。比如，邁克爾子爵和劍橋大學退休教授普裏查德，很早以前就被猜測是軍情六處的秘密特工。邁克爾不到40歲就獲得英國頒發的英帝國軍官勳章。邁克爾很可能在正常外交工作之外，還有“卓越”的貢獻，否則不會獲得此項殊榮。普裏查德教授一直被認為是軍情六處在劍橋大學招聘特工的代理人。而在這次公布的特工名單上，真的有這兩個人的名字。
這份名單文件，一開始還用大量篇幅揭露軍情六處如何陰謀暗殺戴安娜王妃，如何秘密策劃車禍。文件還顯示，一位軍情六處的前特工人員認為，告訴英國人民戴安娜去世的真相，是自己身為英國公民的職責所在。名單最後注明：信息亦假亦真。
對此，軍情六處立刻作出反應。一方麵，通過英國政府緊急給美國政府發照會，要求立刻關閉地下卷宗。另一方麵緊急辟謠，召開新聞發布會稱此名單不真實，暗中卻通知所有名單中涉及的海外特工注意防範，以免發生危險。
很快，軍情六處就把名單的泄密者鎖定在兩個人身上。一個是被軍情六處掃地出門的前特工理查德·湯姆林森。因為他一直揚言要與軍情六處決一死戰，為自己討個公道。另一個是埃及百萬富翁法耶茲。他的兒子小法耶茲與戴安娜一起在車禍中身亡。法耶茲一直對兒子的死耿耿於懷，多次揚言要揭露軍情六處的肮髒內幕。
實際上，這份特工名單最初是在美國和瑞士的網站上公布的，在英國政府的強烈要求之下，這些網站都刪除了這份名單。但是約翰·揚早已把它拷貝下來。
“我們不討論個人，”一名軍情六處發言人說，“但是名單被公布顯然無助於我們的工作，並且是危險的。”