“秋災不出九月”，意思是過了九月就不許再向朝廷報災荒了，但江蘇那些地區恰在此時發生嚴重災害卻是不爭的事實。不報的話，百姓吃飯已然困難，那些賦稅又到哪裏去收繳呢？林則徐隻好據實奏請準予緩征災區錢糧。不料，奏折還沒遞上去，道光帝的聖旨先來了。也許是洞悉了陶林二人的心思，皇帝的口氣十分嚴厲：“近來江蘇等省幾乎沒有一年不緩賦稅、不需賑災，國家經費有常，怎麼可以這樣反複展緩、破壞典律，一年一年地相沿成例呢？”道光帝責備道：“該督撫等不肯為國任怨，不以國計為急，是國家徒有加惠之名，而百姓無取惠之實，無非不肖下吏私充囊橐，大吏隻知博取聲譽。”意思是陶林二人不顧社稷，隻知沽名釣譽。
口含天憲的皇帝，下了口氣如此嚴厲的聖旨，換任何人都會一身冷汗。冒犯龍顏、對抗聖旨，輕則丟烏紗，重則掉腦袋甚或誅九族，後果是十分嚴重的。皇帝已說了這樣的話，作為臣子除了服從再無別的辦法。但是，林則徐眼看災區民不聊生，認為非緩征不可。在巨大的壓力下，兩江總督陶澍猶豫不決，最後林則徐決定單銜上奏，並對陶澍說 ：“如果受處分，由我一個人承受。”他奮不顧身向皇帝遞交奏折——長達三千言的《江蘇陰雨連綿田稻歉收情形片》，訴說蘇鬆各屬秋後受災的實情和請求緩征錢糧的緣由。
這份奏折，即便今天讀來依然感人肺腑。道光帝見到呈報後，終於收回成命，批準了緩征蘇鬆等屬錢糧的請求。這篇疏稿也被人們爭相傳抄，平民百姓得知此事，無不感動得流下淚水。
籌集賑災款項已然艱難，而各省辦賑的積弊更是亟待破除。其中種種黑幕令人不忍卒說。
針對各色人等的舞弊積習，林則徐根據自己的經驗製定章程，規定了辦賑手續：一是戶必親填，二是人必麵驗，三是票必親給，四是查完一戶就以油灰書其門首以為標記，五是查完一村就將戶口張榜公開，六是查過數村之後就根據人口數量開出清折，先由委員申報司道，再將花名底冊移送該管州縣，七是賑票上蓋委員銜名戳記，使驗票者知道是誰所查。這樣一來，經過嚴格的手續，責任落實到個人，舞弊就很難了。如發覺印官和委員有弊不報，要嚴厲懲治。為了避免他們找借口挪用賑款，林則徐還會同總督及各司道捐出廉俸充當辦賑人員的薪水。他語重心長地對有關的州縣說：“地方官辦理命盜案件，如果出了差錯致人死亡，依例就必須抵償，那所涉及的還不過一人一事，但如果在辦賑中有所侵蝕，簡直就是向千萬個垂斃的災民搶奪他們的口糧而加速其死亡，即使有幸逃脫法網，天理也必不能容啊。”經過林則徐一番苦心孤詣的管理，那次辦賑，從州縣到胥吏以及民間生監、土棍等，一概不敢為非作歹，積弊盡除，災民都說這是“清賑”。為了賑災，林則徐還在蘇州衙門後麵修建了十間義倉，儲藏義米。創設義倉一事也得到了當地士紳的支持，據說義倉建成後剛剛三天就進糧兩千九百多石。
由於受災嚴重而官帑（國庫）撥給的賑款不夠用，林則徐同陶澍一起，找司道府縣募捐，並督飭各屬勸告紳商大戶勉力捐輸。募捐的成績也是空前的，善款總數是國庫賑款的好幾倍，經過按圖查戶發給了窮苦災民。林則徐從那年冬天起在蘇州設立粥廠向貧民施粥，直到次年春夏。看到許多貧民從遠處跋涉而來，擁擠之中，老弱病殘之人分不到粥，林則徐就率眾捐款置辦“粥擔”，每一擔粥可供一百多人食用，粥擔分散來開，遠處近處都有，這樣就免去了食粥時的擁擠，使災民都能喝到粥。他動員人們有力出力幫著挑擔，力氣小的可以幾個人共同挑一擔。救濟的範圍日漸擴大，遍及城鄉內外，各州縣官紳看到這個賑災方法靈活管用，紛紛效仿，一時各地都有粥擔。因此雖是大災之年卻沒有被餓死的人。在林則徐的感召下，有的有錢人家沒有囤積居奇，而是買了米平價賣掉，有收養幼童和流亡乞丐的，還有捐修各項工程以代賑濟的。江蘇就這樣度過了嚴重的災荒。
由於自然災害，江蘇積欠了朝廷許多錢賦，分年征收顯然也會給正在恢複中的民力帶來巨大負擔，林則徐時常為此擔憂。恰好道光帝於道光十五年（1835）降旨：“皇太後六旬萬壽，所有各省節年正耗，民欠錢糧，及因災緩征、帶征銀穀，並借給籽種、口糧、牛具、及漕項、蘆課、學租、雜稅等項，著各該督撫等將道光十年以前實欠在民者詳悉查明，按照該省所屬之某州某縣銀穀若幹開單具奏，候旨豁免。”文忠立即督促官吏翻查簿冊、逐年核對，會同陶澍等人將江蘇兩屬統共熟田未完銀十五萬三千多兩、米穀二千一百多石、因災遞緩銀四百八十四萬九千多兩、米豆麥穀一百三十九萬五千多石通通奏請豁免，減輕了百姓負擔。
林則徐說：“水利之廢興，農田係焉，人文亦係焉。”一句話道出了水利與社會生活的密切關聯。江蘇號為澤國，賦稅出於農田，而農田係於水利。林則徐認識到，在農業社會裏，水利是左右社會、文化興衰的基本因素。1833年的大災暴露了江南水利失修的嚴重性。江南境內有吳淞江、黃浦江、劉河（婁江），古稱“三江”，其北又有白茆河，與三江相為表裏。各江河的支流縱橫交錯，形成得天獨厚的水利灌溉網。但水利失修之後，三江逐漸淤塞，反而造成危害。早年他任江蘇按察使時，朝廷就曾令他總辦三江（吳淞江、黃浦江、劉河）水利，但林則徐因那時母親去世沒能就任。陶澍任江蘇巡撫時修浚吳淞江，黃浦江也隨之挑浚（清除淤塞，開通河道—），完成了一部分工作。但是，劉河及其北部的白茆河的修整因所需經費較多，拖延了十年還未興辦。林則徐就任江蘇巡撫時，河道淤塞十分嚴重，太湖很難適時泄流，水患頻發，造成連年荒歉的局麵。林則徐深知“水利為農田之本”，“水道多一分之疏通，即田疇多一分之利賴”，而且以工代賑還可以解決一部分災民的生活出路。連年不斷的災害促使他銳意興修水利，決定立即挑浚劉河和白茆河。