林則徐對鄉試取士工作非常重視。他就任江蘇巡撫不久就去視察當地鄉試工作，很快就發現這裏存在許多問題。不但考生進場秩序混亂，而且考場作弊現象也十分嚴重。江南人文薈萃，每屆入闈的士子多達一萬六七千人，設同考官十八房。同考官是明清時期鄉試、會試中協同主考或總裁閱卷的官員，因在闈中各居一房，又稱房考官、房官。試卷分發給各房官先看，由其加批薦給主考或總裁。按當時考試的人數來算，每房大概需要校閱八百多份試卷。工作量如此之大，房官閱卷稍有疏忽或草率就會失去公平取舍的標準。林則徐發現房官有著搶先薦卷的弊病，以為薦早則取中的機會多，薦晚則中額已滿難望入選，因此他們爭將先頭所閱的較好的卷子趁早薦上，對後來閱到的卷子就來不及細看，隻隨意在卷上寫“欠精警”或“少出色”的含糊籠統的批語，舍棄了事。林則徐過去多次擔任考官，他本人又愛才心切，豈容這種情形存在下去。他開始嚴加管理，先規定閱卷人選必須是文理優長、精神振作的人，絕不許年老昏庸者充任。為了明確製度，使閱卷有法可依，他還奏請擬定了對文章逐篇分別批閱的章程，責令考官遵照辦理。林則徐規定：二、三場的卷子的批語不做嚴格要求，但首場四篇卷子必須由簾官逐一加批，不許使用“欠精警”“少出色”之類的泛泛之詞——這樣一來，考官就必須認真閱讀每篇文章，對文章思想、結構、遣詞造句有真正的了解，以革除草率閱卷之弊，防止優秀人才被埋沒。不僅如此，成績揭曉之後，林則徐還要把落第的卷子重新查核，如果發現考官對一些並無大毛病的首場卷子草草閱視竟沒有看完，就要據實參奏，予以處分。
由於作弊者屢見不鮮，林則徐還格外關注對這方麵事務的處理。因當時盛行入場夾帶和抄襲成文的作弊方法，他特別留心雷同卷，一經查出就加以嚴懲。因應試士子過多導致的入場秩序極壞的情況，一經林則徐整肅就立刻消失。史料記載，當時江南鄉試應考的文人為數眾多，入考場時“竭一晝夜之力不能畢，有擁擠仆斃者”。林則徐參以兵法，有了好對策。清代文人黃鈞宰敘述過此法：“分為三路點名，先期核計各屬人數多寡，按照時刻分配均勻，而刊印章程隨卷給發，某時某路點某學，一目了然。每屆一時，則發炮懸旗大書三路應點之學分、由內而外，以及街衢巷渡，無不周知。”對於場內的謄錄、對讀與粥飯水夫之事，林則徐無不親自稽察，甚至親自品嚐飯食。林則徐對士子的體貼到了無微不至的地步，考生無不感激讚頌。
據《清實錄》記載，嘉慶、道光年間，江蘇、安徽一帶水旱災情不斷。林則徐就任江蘇巡撫前一年，江蘇就因運河決口釀成大災，以致“顆粒無收，哀鴻遍野”。接任江蘇巡撫後，水旱兩災幾乎年年都有。江蘇是當時的“天下糧倉”，但由於連年災荒，這裏百姓的生活越來越艱難。
林則徐就任江蘇巡撫時，江蘇已連年遭受水災，淮揚一帶繼上年水災後，洪澤湖又漲了水，致使下河各低窪地區多處被淹。林則徐立刻修堵堤壩，讓災民可以在積水漸漸消去後及時補種作物。災民生計已然艱辛，如再征賦稅，無異雪上加霜，於是他又上奏緩征災區錢糧。百姓無不感恩戴德，但其中有些百姓鑒於去年受災流亡時曾因沿途州縣留養救濟而額外獲得過好處，就認為逃荒很劃算。因此，這一次他們仍然以避水為借口跑到外麵，不事農耕。有些人一看就知道不是災民，卻也混在其中想撈取好處，甚至還有脅迫貧民冒充災民的，想通過讓人們接受救濟從中漁利。經過林則徐的努力，當時災區積水已經消除，糧價也已平定，官廳也不追欠，一些災民卻仍不回來耕種。為了不影響農業生產，林則徐又采取措施——倡議官員捐錢，向確實貧困的災民發放口糧，並雇船將他們遣送回原籍，冒充貧民或脅迫貧民流亡的，一經查出從嚴懲辦。與此同時，林則徐還讓淮揚府縣認真查看當地情況，如果因水災或農時已過一些地方確實無法補種，要給當地百姓口糧以便其維持生活。這些舉措，讓受災百姓切身體會到林則徐愛民的良苦用心，流亡在外的也迅速返回從事農耕，災區的滿目瘡痍和混亂景象迅速被農業生產的繁忙景象取代了。
水災肆虐，真是“按下葫蘆浮起瓢”。道光十三年（1833）七八月間，江蘇沿江的上元、江寧、句容、江浦、六合、江都、儀征、丹徒等縣又受了水災。除了六合縣已經自行勸捐賑恤、江都縣民力尚可支持外，其餘各地都急需賑災。按照規定，向災區發放賑款，要等勘定受災程度、報請皇帝批準後才行，但看到災民忍饑挨餓、痛不欲生的樣子，林則徐不禁心如刀割。他先行撥款撫恤災民，然後才向道光帝呈遞奏折報告情況。道光帝知情後許可了林則徐的做法。上元等縣的賑災工作剛剛結束，九十月間，太倉、鎮洋、嘉定、寶山四州縣因秋雨過多影響了收成，交糧困難，林則徐立刻會同陶澍奏請準許緩征以減輕農民負擔。
當時，蘇州、鬆江各屬是江蘇的農業中心，那裏的稻子生長得好，林則徐以為可以借江南的豐收來彌補其他地區的歉收。蘇州、鬆江地區種的都是晚稻，成熟得晚。偏偏晚稻開花時遇上冷雨寒風，導致結實艱難，後來又有不少禾稻因雨大被淹。當地不少人以紡織為生，而木棉也因災害歉收。民以食為天，荒年的淒慘景象日甚一日，令人憂心忡忡。特別是蘇、鬆、常、鎮、太倉四府一州，本來江蘇全省十分之九的錢漕從這裏出，現在卻陷入了嚴重的荒歉，繳納錢漕成為最嚴峻的問題。