理的上海廣智書局當駐日編輯。(他的工作是修改留日學生所翻譯的書籍。)
他和秦力山、馮自由等人在壬寅年(1902年)發起“支那亡國二百四十二年紀念會”之時，生活全賴廣智書局的編輯費維持。革命的潮流激動了他，使得他始則與唐才常絕交，繼則寫文章忠告康、粱，三則不惜與梁也斷然分途，發起而貫徹了“支那亡國二百四十二年紀念會”的行動。
這一年7月28日，多數留日學生因清廷公使蔡鈞不許自費生鈕鍰、李顯等九人進“成城學校”學軍事，有十二個留日學生由保證人吳敬恒(稚暉)等率領。陪同這九人到公使館請願，到了夜深而不肯走，被蔡鈞叫了日本警察來加以驅散。第二天，日本政府下令押解吳敬恒與一位姓孫名揆均的出境。吳在被押解到神戶上船之時跳水自殺，被救。上海有若幹人士，在張園開了一次大會，對留日學生表示同情。吳在回到上海以後不久，和蔡元培等人組成了“中國教育會”。章炳麟也回了上海參加。大家準備在上海租界上自辦一所學校。
十月間，南洋公學發生風潮。有一部分學生，以何靡施、穆湘瑤、胡敦複等為首，為了爭取談政治的自由而自動退學，組織了一個社團化的學校，稱為“愛國學社”，社務由學生自己管理，教習也由學生自己去聘請。他們獲得中國教育會精神上與物質上的支持。
南洋公學的風潮，對於上海以及全國各地的學生們所施的影響很大。這是“學潮”，而實際上也是“革命潮”。潮的力量，足以推動停滯在港灣之中的大小船隻，足以喚醒酣睡著的人心，使得稍有了解的人更加堅決，稍有傾向的人頓增勇氣。潮，而且會越卷越大，把成千成萬，數不清的不知不覺的群眾，卷入了革命的巨浪之中。
繼南洋公學的學生而起的，有南京陸師學堂的學生林礪、章士釗等多人。林礪與章士釗其後也來了上海加入愛國學社。中國教育會用本身的力量，支持愛國學社，支持到了第二年春天，捉襟見肘，便寫了一封通函，給海外各地的華僑，募捐。這一封通函，文字遒勁老練，很像是章炳麟的手筆，或經過他的潤飾。裏麵有這麼幾句露骨的話：“專製之毒，痛於學界，遞積遞演，則國民之萌蘖者愈受摧殘，一也。外人利我教育權者，將陰施其狡獪，益深我奴隸之資格，二也。循斯二者，已足以夷吾族姓矣。……比來各省官學多有由同胞資助以成者，此足以表愛國之盛心矣，然官學生之宗旨，不過造軟骨派之奴隸。愛國學社之前途，雖不敢決其如何，而學生固多誌趣不羈，向學甚篤，儼如昔日英民移居北美者。具此善因，或有勝果。可以慰我同胞者也。……”
正如這一篇通函所說，愛國學社的學生確是“誌趣不羈”。他們在學社裏麵，充分享受談政治的自由，和他們所自己請來的教習，天天“高談革命”。教習是哪些人呢有蔡元培，有吳敬恒，也有章炳麟。
上海當時有一家報紙。叫做《蘇報》，原為托名日商報紙，因生意清淡而賣給了湖南衡山人陳範(夢坡)。陳範在庚子、辛醜(1900、1901年)之間，很擁護變法及君主立憲的主張。他的報，被社會認作保皇黨的喉舌。到了壬寅、癸卯(1902、1903年)兩年，他看到清廷對俄國之竊占東北，而不敢收回主權，對留日自費學生之請求學習陸軍而加以阻撓，對留日學生之組織“拒俄義勇隊”而大施壓迫，深深地感到康、梁的保皇主張絕對不是一條可走的救國的路。便終於決心和革命分子站在一起。他自動把《蘇報》貢獻出來，作為中國教育會的“附屬權關”。凡是中國教育會的文告，以及愛國學社的種種活動，都免費照登。而且，學社內部的鼓吹革命的講義與演講詞，也一字不漏地登了出來。章炳麟被他聘為撰稿人。