為首的立憲黨（政聞社）於光緒三十三年六月初八日（1907年7月17日）在東京開成立大會，被同盟會員張繼等人搗散。其後，政聞社的分子參加了清廷在各省所設的谘議局，以谘議局的名義派出代表，向清廷請願“早開國會”。汪兆銘的供詞，可算是避重就輕，不強調反清，而集中火力攻擊這些請願早開國會的人。
肅親王善耆是民政部尚書，民政部統轄全國警察，因此這炸彈案歸他主管。程家檉在他麵前，替黃複生與汪兆銘說好話。他也親自看了黃、汪二人的供詞，忍不住對汪的洋洋大作，十分欣賞。
善耆向攝政王疏通，說“冤仇宜解不宜結”。攝政王本想置黃、汪兩人於死，聽了善耆的話，就答應從寬，判以“永遠監禁”。善耆自己親自到拘留所裏分別看了黃複生與汪兆銘一次。不久，在三月二十日這一天，又叫人把他們二人帶到他的王府，在客廳裏閑談，從上午八點談到下午三點。他說，“我生平最愛讀《民報》。出一期，我讀一期。我當時曾說過，《民報》增刊‘天討’所插的畫很好（指蘇曼殊所畫的翼王夜嘯圖、射孤圖等等）。我說，民黨內有如此的人才，可以言革命矣。但是《民報》所標的三民主義，我猶稍嫌狹隘得一點。我想將來不但五族大同，即世界亦將有大同的時候。不悉我這種主張，你們二位以為如何”汪兆銘說：“兆銘和複生的主張，已在《民報》上披露。今天王爺所說，我等向來尚無此種觀念，不能作答。”善耆聽了，便豎起大拇指，說：“到了這個生死關頭，還能堅持自己的宗旨。真是令人佩服!”
這一天，黃、汪二人被起解到刑部，正式入獄。和他們同時入獄的，有一位羅偉章（召勸），是守真照相館的“司事”。羅被判了十年。
他們三人在刑部監獄裏住了十七個月，因辛亥年武昌起義成功，資政院議員劉鴻岷、易宗夔等向民政部及刑部提出質問，而於九月十六日（1911年11月16日）被釋放。汪兆銘於釋放以後，與袁世凱攀上交情（傳說與袁世凱的兒子袁克定也拜了把子、結為兄弟），又和袁的清客楊度共同組織了一個什麼“國事共濟會”，勸孫中山下野，捧袁世凱當大總統。黃複生卻在釋放以後去了天津，與居住北方的革命同誌彭家珍、呂超、田桐、楊禹昌、張先培、稅紹聖等人，組織了“京津同盟會”，努力於支援革命軍、策動京津響應的工作。羅偉章的下落，待考；他本來就不曾參加刺攝政王的事，白白地陪了黃、汪二人坐牢。
黎仲實與陳壁君在香港聽到黃、汪被捕的消息，去了庇能（檳榔嶼）一次，籌款營救。陳璧君生在庇能，她的母親住在庇能。黎、陳二人回到香港，特地在九龍城外租了一座房子，住在一起，籌劃營救的事。喻培倫也從日本趕來，共同進行。李佩書也搬進去住。胡漢民從新加坡回香港，也常去那裏，秘密商談。胡漢民一向與汪是最好的朋友（到了民國十五年[1926年]才絕交。汪在北上以前，寫了血書給胡，寫的是“弟今為薪，兄當為釜”。意思是，死容易，活著難，因為活著的人要繼續奮鬥，忍受煎熬。胡把這血書，一直藏在身邊。到了辛亥年廣州光複，才在“石錦泉部闖入水師公所”（索餉）之時，於倉猝之中失去。胡在新加坡與馬來亞與黎仲實、陳璧君、趙聲、鄧澤如為救汪之事竭力募捐，隻募得了少數款項，帶來香港。其後，黎仲實與陳璧君再去北京，想設法保黃、汪出獄。胡留在香港，不久應孫中山之召，到庇能（檳榔嶼）開會。開會的結果，產生了廣州三月二十九日之役。