玉帶門仍在革命軍之手。臨行，黃興還頒命令給各部隊，叫他們“守原陣地待援。萬不得已，得漸退漢陽，沿襄河布防。”同時，黃興也下了命令給在漢陽的第一協協統宋錫全，叫他“到漢口維持”。
《細說民國創立》六一、漢陽之戰
可恨宋錫全聽了胡瑛的話，竟然帶了他所統率的第一協的若幹人，擅自離開漢陽，說是退守嶽州，而事實上一口氣帶了衛隊乘輪船到了長沙。他這樣的舉動，極影響軍心、民心，幾乎弄得漢陽立刻入於清軍之手。漢陽知府衙門的職員，逃散一空。（知府李亞東同誌，去了漢川，找梁鍾漢，其後招集了革命軍從漢口、漢陽潰散下來的兵，組成了一個遊擊隊，設遊擊司令部於沔陽的仙桃鎮。）
黃興接到了宋錫全逃走的消息，請黎元洪打電報給新任湖南都督譚延閭，迎捕宋錫全，就地正法，將首級送回武昌，示眾三日，譚延闓照辦。宋錫全之死，就軍法而論，罪有應得。
在漢口失守之時，革命軍在武昌、漢陽的處境十分危險。幸虧清軍於惡戰多日以後，需要休息與補給，不曾隨即渡過襄河（漢水）來攻漢陽，或渡過長江來攻武昌。同時，也因為九江已經獨立，若幹海軍軍艦的官長與士兵已經反正，清軍也未嚐無後顧之憂。再加上，袁世凱被“資政院”選舉為內閣總理大臣，袁世凱正在從他的葫蘆裏把他的各種怪藥一樣一樣地搬了出來。
武昌軍政府任命蔣肇鑒為第一協協統，同時授權蔣肇鑒補足兵額，負責守衛漢陽兵工廠。所好，熊秉坤已經率領了第五協約二千六百餘人，張廷輔率領了第四協約二千人，胡效騫率領了第二協的第四標約一千二百人，李占魁率領了工程營第一營（人數不詳），曾繼梧也帶了兩營的炮兵與兩營山炮——都到了漢陽。而且，焦達峰於被害身故以前遣來的湘軍兩協，也先後到達。於是武昌與漢陽才暫時轉危為安。
黎元洪依照居正的建議，為了安定民心，重振軍心，在九月十三日（11月3日）這一天補行隆重的拜將典禮，拜黃興為戰時總司令官。
黃興在十四日到漢陽，把總司令部設在“淮軍昭忠祠”，以李書城為參謀長，設糧台於歸元寺，以王安瀾為糧台總辦。
六天以後，袁世凱的代表蔡廷幹與劉承恩二人來到武昌，黎元洪開會歡迎。蔡、劉二人宣布，隻要革命軍肯接受君主立憲，清軍便可以停戰。胡瑛、胡瑞霖代表軍政府致詞，“必須改建五旗共和，……如能按照共和製度實事求是，則滿清（皇室）永久立於優待地位，享共和幸福。……請轉達項城（褒世凱），不必固執。”
幕後，另有一番交涉。黎元洪向袁世凱開出“支票”，隻要袁肯讚助共和，就推戴他作大總統。這生意一時無法成交。
黃興於積極準備了十二天以後，在九月二十六日（11月16日）下午五點鍾命令各部隊渡河，開始對漢口清軍反攻。事前，從下午三點鍾開始，工程第一營已經在東亞製粉工廠附近，架設“軍橋”，於五點鍾架成。
渡河的次序是：王隆中的湘軍第一協，甘興典的湘軍第二協，熊秉坤的鄂軍第五協（欠第十標），尚安邦的炮隊第一標（欠一營），與工程營一隊，李占魁的工程第一營（欠一隊），鄂軍第十標。
任務是：湘軍第一協擔任右翼，展開在博學書院北端與襄河之間。湘軍第二協擔中央一路，展開在博學書院以北堤防之線，鄂軍第五協第九標擔任左翼。盡量向北展開。炮隊第一標，由工程營一隊掩護協助，架炮於博學書院西南端，以玉帶門為射擊目標。工程第一營（欠一隊）負責保護“軍橋”。鄂軍第十標及其餘部隊為預備隊，在博學書院西端集合。