台灣當局對金門會談極為重視，對會談成果持肯定態度，但極力掩蓋其官方色彩。台灣當局強調這次會談是“民間行為”，“不帶任何政治色彩”。台灣有關部門稱，金門會談“是純技術性的、毫無政治意義”，“金門會談是以務實態度解決問題，並沒有其他政治上的涵義”，並重申台灣當局“堅持不與中共接觸的立場並未改變”，但“樂見如紅十字會等民間組織解決兩岸間的一些問題”。
盡管島內對“金門協議”鬧得沸沸揚揚，但當時參與兩岸紅十字組織商談的雙方代表，在公開反應上舉重若輕、十分平和務實，對外界的疑慮和誤解從各自立場出發，進行了恰如其分的解釋。陳長文在台北強調，“會談選在金門，主要是為了方便”，“一切程序並無違法”，“直航遣返，不至於是通航”。他還表示，“所有政府該做而不能做的，都應由中介團體來做。在中介團體尚未成立之前，紅十字會正扮演這樣的角色。”韓長林在北京表示，“在雙方都有相當的誠意下，未來執行海上遣返工作將可順利完成。”“此次大陸方麵商談代表都是紅十字會的身份參加。”他強調，“我們是以人道為出發點盡力工作而已。”“兩岸本來就是一家人，在這樣的基礎上建立共識，沒有外界所臆測的特別目的或問題。”“兩岸將以人道為出發點在彼此信任下辦事。”“海峽兩岸百姓都應該為此感到高興。”韓長林還解釋了樂美真這次參加商談並無任何政治意識形態的考慮。他說，“樂美真也是中國紅十字會88位理事之一。紅十字會辦理的是社會各界的事務，樂美真由於和台灣新聞界熟悉，又因為職務關係有利於事情的進行，如此而已”。韓長林語意深長地說，“到金門是個偶然，也是個必然。”
當年9月19日雙方同時公布“金門協議”，我方隻是由新華社向全世界發電訊稿，未召開記者招待會。此刻樂美真正忙於亞運會新聞部的事務。對台灣新聞記者的“騷擾”，樂美真一概讓他們去找韓長林秘書長。《中國時報》王美玉女士是位相當優秀的台灣記者，她此刻正在采訪亞運會，但跑政治線的記者對海峽兩岸運動員比賽的事情完全不感興趣。樂美真說，我們在五洲大酒店的餐廳裏吃午飯聊天，談笑風生。第二天，台灣報紙上赫然發出一篇題為“大原則不能解決的事，可先從事務性問題著手”的專訪。這篇專訪，我們的《參考消息》也轉載了。“專訪”報道說，樂美真講，“大家應該以平常心來看待這項協議，站在擁護兩岸中國人安全的立場上，中國人都應該以務實的眼光來麵對。”“對於兩岸問題，樂美真認為雙方在事務性的問題上可以進行商討，以解決問題。像這次兩岸紅十字組織成功地簽署協議，說明雙方可以商談得很好。”“樂美真認為兩岸應該珍惜已取得的交流，經由漸進、逐步方式來拓展兩岸關係。”“許多事務性問題可以先解決，例如直航。”“樂美真一再強調中國人要務實一點，很多問題不是隻有坐而言還要起而行。”一般地說，這篇報道還是相當客觀的。
台灣當局對金門會談極為重視，對會談成果持肯定態度，但極力掩蓋其官方色彩。台灣當局強調這次會談是“民間行為”，“不帶任何政治色彩”。台灣有關部門稱，金門會談“是純技術性的、毫無政治意義”，“金門會談是以務實態度解決問題，並沒有其他政治上的涵義”，並重申台灣當局“堅持不與中共接觸的立場並未改變”，但“樂見如紅十字會等民間組織解決兩岸間的一些問題”。