第四個時段是在11月5日，那天晚上，海協會代表團在晶華飯店出席吳伯雄舉辦的晚宴時，被民進黨支持者圍困了整整8小時。陳雲林之所以在酒店呆那麼長時間，主要是為了避免引發衝突，甚至流血事件，而這正是那些幹擾破壞兩岸關係的極端‘台獨’勢力所希望看到的。同時代表團要維護應有的尊嚴。當時有朋友勸他從地下通道乘車返回，他沒有答應，也不可能答應，因為這是一個基本的尊嚴問題。他堅持從哪裏進來，就從哪裏出去。從陳雲林抵台的那一刻起，民進黨和“台獨”勢力就舉行了花樣百出的抗議活動。出於對海基會和台灣有關方麵維安考慮的尊重，他取消了同許多台灣朋友見麵的計劃。然而，令人意外的是，他在宴會上又一次見到了不久前才在福建永定土樓見過的嘉義鄉親，他們專程從家鄉趕往台北。看到鄉親們，讓他倍加感受到廣大台灣人民的支持和期待。事實已經充分證明，廣大台灣民眾對於兩會協商是高度肯定的，是希望通過兩會協商深化兩岸交流合作、實現互利雙贏、促進兩岸關係和平發展的。對於在晶華酒店外麵鬧事的民眾，他一直認為他們是被一小撮“台獨”份子蠱惑煽動而來。從某種意義上講，他們中的大多數人也是無辜的被騙者，而曆史會有一天讓他們為自己的行為感到懊悔。
第五個時段是在11月6日晚。在海協會答謝宴會上，陳雲林用“欣慰、憧憬、感謝”六個字概括在台北期間的感受。他欣慰的是，兩會能夠為兩岸同胞作一些實實在在的事情，而且得到兩岸同胞的理解和支持。他憧憬的是，兩岸關係和平發展的道路越走越寬廣。他還特別提到了感謝。在7日早上臨別台灣前，他專門和夫人一起，向台灣朋友們三次鞠躬，分別感謝台灣有關方麵的周到安排，圓山大飯店、台北101、晶華酒店、國賓飯店員工無微不至的服務，警察和維安人員的辛勤操勞。這三次鞠躬，他把它們看作是一個整體，希望借此能表達對所有關心、支持兩岸關係和平發展的台灣同胞的感謝和敬意。