清軍南路軍從普安州（今貴州盤縣）進入雲南。
北路清軍由吳三桂帶領從遵義出發，行至七裏關，受到南明白文選部阻擊。
此地兩岸高山夾峙，水勢凶險，誠為天然關隘。不料想，吳三桂在當地少數民族向導的帶領下，走小路直抄烏撒軍民府（今貴州威寧），反而控扼了七裏關的大道。中路清軍也趕來會戰，白文選頓時腹背受敵。慌亂之下，南明軍倉皇撤軍。
三路清軍，成功在曲靖會師，直接向昆明推進。
李定國等將的敗訊傳來，永曆帝急得眼淚都掉下來了。數年顛沛，剛剛在昆明過了些舒服日子，如今又要重新踏上逃亡之路。
逃離昆明是肯定的，但往哪個方向跑，永曆朝臣，莫衷一是。
商量了許久，有朝臣建議先奔建昌，依靠那裏豐足的糧草，入嘉定養銳。如果清軍勢猛，可以乘船直下重慶方向，與夔東十三家餘部會師，憑借蜀地，直搗荊襄。考慮過後，永曆帝、李定國皆讚同此議。
奸臣馬吉翔與其弟馬雄飛和女婿楊在皆打著自己的小算盤。讓他們擔心的是：入蜀後控製不了永曆帝，會遭到清算。思前想後，他們就一起力勸李定國的心腹謀士金維新。
金維新本是雲南人，當然不想離開鄉土，幾個人一拍即合，由金維新出麵，最終說服了李定國。於是，李定國一改初衷，改向滇西撤退。馬吉翔等人這樣忖度，清軍追擊不緊，可在滇西四處逃避；萬一事急，則可逃入緬甸避難。對此，黔國公沐天波也表示支持，他覺得自己可以掌控雲南等地的地方勢力。
其實李定國曾想往湖南、廣西方向撤退，但架不住金維新、馬吉翔等人的勸說，最終走了下下策。
撤退之時，由於南明剛剛征得的秋糧充盈，李定國沒能做到堅壁清野，反而嚴禁各營焚毀餘糧，怕清軍向雲南百姓報複。這樣一來，清軍如虎添翼，日後再無缺糧之憂。清軍入昆明，沒有遇到任何抵抗，凱旋一樣入城。沒跑的南明朝臣，絕大多數降清。
從昆明撤退時驚慌忙亂，南明永曆君臣狼狽至極。聽說皇帝往蠻荒地帶撤退，不少朝臣大感失望，連吏部尚書、兵部尚書等官員以及左僉部禦史錢邦芑這樣的鐵杆支持者，皆中途離去，躲避藏身。
在逃難途中度過了新年。1659年正月初四，永曆帝跑到永昌，總算敢停下喘口氣，但身邊隨駕官員已經不多了。
永曆帝很後悔西奔，但事已至此，又要依靠李定國，不好責備他，就囑托大臣以自己的名義發“罪己詔”。李定國也深感內疚，上疏要求自削官職。所有這些，皆是虛文而已，於事無補。
沒待多久，守衛玉龍關的白文選兵敗的消息傳來，清兵迫近。永曆帝隻能率眾又逃，奔往騰越。
吳三桂率清軍步步逼近，磨盤山一戰，如無叛徒告密，李定國的南明軍差點兒獲得翻盤大勝。
李定國渡過潞江（今怒江）後，在磨盤山上借助蔽深的地勢，埋伏下三哨人馬，遍布地雷，準備趁清軍誌驕意滿、大肆追擊的時機打埋伏戰，首尾相擊，盡殲吳三桂一軍。萬事俱備，清軍已經進入埋伏圈。可惜的是，李定國手下參軍盧桂生叛變投敵，把實情稟告吳三桂。
吳三桂驚出一身冷汗，立刻命令前軍止行，下馬向草中搜索南明伏兵。這樣一來，明軍原來以號炮為應的計劃全盤打亂，首尾不應，各自為戰，埋伏戰變成了短兵相接。如此一來，李定國奇兵設伏沒搞成，隻能硬著頭皮出戰。
南明軍、清軍在山上展開殊死搏鬥，雙方死傷都很多。
本來人數就處劣勢，損兵折將之下，李定國隻能率殘軍退往孟定。他之所以擇路另走，主要是怕清軍尾隨追擊，暴露永曆帝的行蹤。
李定國心是好心，但如此一來，把永曆帝弄成了獨行人眾，皇帝頓時成為沒有大軍護衛的孤旅。
兵敗如山倒，南明諸軍東竄西逃，很難再組織起成規模成建製的反擊。