常遇春在開平奪回傳國玉璽，回大都途中，中暑而亡。胡大海征安南得勝還朝途中，中毒而亡。徐達兵出玉門，征天山，把蒙古察哈爾國趕到印度去了。
洪武二年，也就是1369年，朱元璋製定內侍官製，編撰《祖訓錄》，決定興建中都——鳳濠府，下管八個州。
洪武三年，也就是1370年，二月，明軍兩路北征。四月，徐達率西路軍大敗擴廓帖木兒部於沈兒峪口，戰果甚大。四月二十八日，元順帝駕崩於應昌。五月，李文忠所率東路軍克應昌，元太子逃竄。七月，楊憲被誅。十一月，朱元璋大封功臣，李善長、徐達、常茂（常遇春之子）、李文忠、馮勝、鄧愈等六人封公，湯和、廖永忠等三十人封侯。
洪武八年，也就是1375年，詔天下立社學。劉基被毒死。元將擴廓帖木兒卒。
洪武三年至九年，也就是1370—1376年，朱元璋重點抓三事。第一，發展生產，洪武三年從蘇州、鬆江、嘉興、湖州、杭州等地強行遷移無業農民四萬戶到濠州墾荒，又號召黃河以北的山西、山東居民到淮河兩岸開墾，發農具，規劃土地，免征三年稅賦，結果山東等地遷到兩淮居民達二百萬人。
朱元璋認為“養兵而不病於農者莫若屯田”。同時沒收元蒙古貴族財產，在鳳陽地區圈地強迫他們從事農業生產，最多時達到六十萬戶，洪武八年正式頒布《屯田法》。
第二，堅決殺貪除暴安民，禁止流民流動，就地安排生產自食。
第三，加強中央集權製，大封諸子為王，鎮守邊防要塞。同時大封功臣，提倡興辦社學，設科舉取士廣攬天下人才。最有名的著作是《拔儒僧入仕論》《儒道佛三教合一論》。
洪武十年，也就是1377年，李善長辭官，告老還鄉。
洪武十三年，也就是1380年，左丞相胡惟庸以擅權誅，坐其黨死者甚眾。廢中書省及丞相等官，提高六部官秩。安置宋濂於茂州，死於道。
洪武十五年，也就是1382年，皇後馬氏卒。空印案發，誅傷者數萬人。
洪武十七年，也就是1384年，曹國公李文忠被毒死。
洪武十八年，也就是1385年，魏國公徐達亡。戶部侍郎郭桓坐盜官糧誅，被殺者數萬人。
洪武二十三年，也就是1390年，韓國公李善長黨胡惟庸案發，坐誅，牽連被殺者甚眾。
洪武二十五年，也就是1392年，四月，太子朱標薨，年三十八，諡曰“懿文”。六月，沐英病卒於雲南，年四十八，追封“黔寧王”。沐英係朱元璋養子，自小陪伴朱標一起長大，感情異常親密，因哀傷太子過度而染病。
洪武二十六年，也就是1393年，二月，“藍玉案”發，涼國公藍玉等被殺，此案牽連被殺者前後達一萬五千餘人。鑒於殺戮過重、枉法難製，朱元璋正式廢除錦衣衛。
洪武二十七年，也就是1394年，潁國公傅友德坐誅。
洪武二十八年，也就是1395年，二月，馮勝被逼死。三月，二子秦王朱樉病死。八月，湯和病死，年七十，追封“東甌王”。截至朱元璋生前，開國元勳僅剩下長興侯耿炳文與武定侯郭英。
洪武三十年，也就是1397年，正月，耿炳文為征西將軍，郭英副之，巡西北邊。八月，命李景隆（李文忠之子）為征虜大將軍，練兵河南。“南北榜事件”發生，劉三吾等考官被打成了替罪羊，或充軍或被殺。
洪武三十一年，也就是1398年，朱元璋七十一歲，病死南京，葬鍾山孝陵，與馬皇後合葬深山處，諡號高皇帝，廟號太祖。長孫朱允炆繼位，年號建文。