蔡元培等五專使在迎賓館下榻，北京、天津各團體代表紛紛前來拜訪。或座談、或請願、或上書，眾口一詞都說袁世凱不可離開北京。蔡元培等便婉言解釋。來訪者絡繹不絕，軍事將領也拍來電報，專 使們窮於應付，疲憊不堪。
到正月十二日晚間七時半，忽然駐紮朝陽門外東獄廟的第三鎮第九標炮營一聲槍響，士兵們呼嘯擁上街頭，個個歪戴軍帽，手持鐵器棍棒，搶街掠巷，然後衝進朝陽門內。接著，祿米倉、帥府園、煤渣 胡同及東城土地廟駐軍群起響應。散兵滿街，呼嘯過市。
一時槍聲大作，火焰騰空，變兵沿途騷擾，土匪、流氓趁火打劫。凡金店、錢莊、首飾樓、鍾表鋪、飯館、廣貨店等均遭搶劫。商民百姓哭天不應，哭地不靈。
南京政府五專使下榻迎賓館，地處煤渣胡同。兵變之時，正在餐廳準備用飯。飯菜已經擺好，剛要入座，忽聞遠處槍響，接著胡同內一片嘈雜聲，亂槍猝發，附近燃起大火。專使們大駭，忙問：
“外麵發生什麼事？”侍者前來報告道：“駐軍鬧兵變了，反對袁宮保離開北京。”侍者又來商量說：“亂兵鬧事不得了，躲避一下吧！隔壁是教堂，有洋兵保護，亂兵不敢進去，不如把飯菜搬到那邊 去吃。”五專使膽戰心驚，隻好答應去教堂用餐。忽然，侍者又跑進來說：“亂兵進街了，外麵不能走，趕快搬梯子翻牆頭去教堂。”果然門口已被亂兵圍住，一片吵鬧聲，亂兵在喊：“我們找南京專 使說理。”專使急隨侍者翻牆，蔡元培、汪精衛還未走脫，亂兵已持槍衝進賓館。蔡、汪轉身躲進一間小屋，把門閂緊。亂兵闖進飯廳，亂喊亂叫，尋找南京專使，人未找到，便把飯桌掀翻，呼嘯而去 。
亂兵騷擾經宵，商民遭搶劫的有數千家。天亮後，袁世凱派副大臣梁士詒到賓館看望五專使。見麵寒暄，梁士詒歎道：“現在全國倡行革命，人心浮動，北方秩序很難維持，像目前這種情形，如果不能 及時調度、彈壓，確保地方安定，就很容易引起外國對我國用兵的禍事，這一點是切實應該注意的。”專使們既受兵變驚嚇，又看到馬路上洋兵進城保護使館，早已心慌意亂，不知如何是好。梁士詒道 ：“此地也不安全，諸位還是搬到六國飯店下榻吧！”
至此，南京五專使隻有聽人擺布。住進六國飯店後開會磋商，致電南京政府，提議取消對袁世凱南下要求，準許袁世凱在北京宣誓就職。
袁世凱則發表通電，述說北京兵變，不能南下之苦衷，建議由副總統黎元洪到南京代受職權。武昌黎元洪複電：“不能前往。”同時，黎元洪也通電全國說：“舍南京不至亂，舍北京必至亡。”北京段 祺瑞、薑桂題、馮國璋三軍統亦發通電：“臨時政府必應設於北京。”湖南都督譚延闓亦通電：“……非建都北京，不足以謀五族之統一……”
保定、天津亦相繼發生兵變，搶劫，焚毀，與北京如出一轍。
北京兵變產生預期效果。3月6日，南京參議院議決六條，允許袁世凱在北京就職。
3月10日，袁世凱身著大禮服，在北京宣誓就職中華民國第二任臨時大總統。蔡元培等專使出席儀式。時間僅隻半年多，袁世凱由高臥彰德賦閑之廢員而東山再起，由湖廣總督、欽差大臣，直至內閣總理 大臣。最後，取得中華民國臨時大總統寶座。
4月1日，孫文以大總統名義公布參議院法後，至參議院行解任禮，將印綬交還參議院並發布解職令。袁世凱立即致電孫文：“……公為民國第一華盛頓，功成自退，萬眾傾心……乞即日北上，惠我方針 。”
孫文閱電報後鄙夷一笑，自語道：“何來功成自退？真偽善之極。”正這時，胡漢民持電報前來說道：“武昌黎副總統及湖北公電，邀請先生赴鄂巡視。”