一、第十三條修改為：“稅法第四條第三項所說的按照國家統一規定發給的補貼、津貼，是指按照國務院規定發給的政府特殊津貼、院士津貼、資深院士津貼，以及國務院規定免納個人所得稅的其他補貼、津貼。”
二、第十八條修改為：“稅法第六條第一款第三項所說的每一納稅年度的收入總額，是指納稅義務人按照承包經營、承租經營合同規定分得的經營利潤和工資、薪金性質的所得；所說的減除必要費用，是指按月減除1600元。”
三、增加一條，作為第二十五條：“按照國家規定，單位為個人繳付和個人繳付的基本養老保險費、基本醫療保險費、失業保險費、住房公積金，從納稅義務人的應納稅所得額中扣除。”
四、第二十六條改為第二十七條，修改為：“稅法第六條第三款所說的附加減除費用，是指每月在減除1600元費用的基礎上，再減除本條例第二十九條規定數額的費用。”
五、第三十五條改為第三十六條，修改為：納稅義務人有下列情形之一的，應當按照規定到主管稅務機關辦理納稅申報：
（一）年所得12萬元以上的；
（二）從中國境內兩處或者兩處以上取得工資、薪金所得的；
（三）從中國境外取得所得的；
（四）取得應納稅所得，沒有扣繳義務人的；
（五）國務院規定的其他情形。
年所得12萬元以上的納稅義務人，在年度終了後3個月內到主管稅務機關辦理納稅申報。
“納稅義務人辦理納稅申報的地點以及其他有關事項的管理辦法，由國家稅務總局製定。”
六、增加一條，作為第三十七條：“稅法第八條所說的全員全額扣繳申報，是指扣繳義務人在代扣稅款的次月內，向主管稅務機關報送其支付所得個人的基本信息、支付所得數額、扣繳稅款的具體數額和總額以及其他相關涉稅信息。”
“全員全額扣繳申報的管理辦法，由國家稅務總局製定。”
同時，對條文的順序作了相應調整。
本決定自2006年1月1日起施行。
《中華人民共和國個人所得稅法實施條例》根據本決定作相應的修改，重新公布。
中華人民共和國個人所得稅法實施條例
（1994年1月28日中華人民共和國國務院令第142號發布根據2005年12月19日《國務院關於修改〈中華人民共和國個人所得稅法實施條例〉的決定》修訂）
第一條 根據《中華人民共和國個人所得稅法》（以下簡稱稅法）的規定，製定本條例。
第二條 稅法第一條第一款所說的在中國境內有住所的個人，是指因戶籍、家庭、經濟利益關係而在中國境內習慣性居住的個人。
第三條 稅法第一條第一款所說的在境內居住滿一年，是指在一個納稅年度中在中國境內居住365日。臨時離境的，不扣減日數。
前款所說的臨時離境，是指在一個納稅年度中一次不超過30日或者多次累計不超過90日的離境。
第四條 稅法第一條第一款、第二款所說的從中國境內取得的所得，是指來源於中國境內的所得；所說的從中國境外取得的所得，是指來源於中國境外的所得。
第五條 下列所得，不論支付地點是否在中國境內，均為來源於中國境內的所得：
（一）因任職、受雇、履約等而在中國境內提供勞務取得的所得；
（二）將財產出租給承租人在中國境內使用而取得的所得；
（三）轉讓中國境內的建築物、土地使用權等財產或者在中國境內轉讓其他財產取得的所得；
（四）許可各種特許權在中國境內使用而取得的所得；
（五）從中國境內的公司、企業以及其他經濟組織或者個人取得的利息、股息、紅利所得。
第六條 在中國境內無住所，但是居住一年以上五年以下的個人，其來源於中國境外的所得，經主管稅務機關批準，可以隻就由中國境內公司、企業以及其他經濟組織或者個人支付的部分繳納個人所得稅；居住超過五年的個人，從第六年起，應當就其來源於中國境外的全部所得繳納個人所得稅。