長期股權投資的會計處理與稅法規定差異較大，主要表現在：投資收益的確認時間和金額不同、投資轉讓成本的確定不同、稅收上不確認長期股權投資減值準備和股權投資損失等。
長期股權投資準則與稅法的差異，不采用按稅前利潤調增或調減應納稅所得額的企業所得稅計算模式，企業在申報納稅時，對投資所得、投資轉讓所得和投資轉讓成本的確定不能從會計賬戶上直接引用數據，必須按照稅收政策進行分析調整。
1.取得成本的差異
（1）成本法下的差異。
稅法規定，企業可以用現金資產（包括現金、銀行存款和其他符合現金特征的票證）購置投資，可以用非現金資產換取投資，也可以用上述兩種方式的結合取得投資。
①企業以現金資產購置投資。稅法上規定，所取得投資的計稅成本是指實際支付的全部現金資產的金額，包括取得股權投資所支付的直接費用。會計和稅法的差異主要是：會計上規定股權投資的成本為合並日按照取得被合並所有者權益賬麵價值的份額，而稅法規定，股權投資的計稅成本是指實際支付的全部現金資產的金額，兩者的金額不同在於包含為此項投資支付的直接費用。
②企業用非現金資產換取投資。稅法規定，企業以非現金資產換取投資的計稅成本一般以交易中所放棄的非現金資產的公允價值（或市場價格）為基準，加上交易中發生的其他稅費後確定。除企業改組、企業清算等特殊情況另有規定者外，企業以非現金資產換取投資，必須在有關交易發生時確認非現金資產交易的轉讓所得或損失。交易中放棄的非現金資產的公允價值超過其原賬麵計稅成本（或調整計稅成本）的差額，應計入交易發生當期的應納稅所得；反之則確認為當期的損失。
合並方以轉讓非現金資產方式支付對價的投資方式，實際上構成了非貨幣性資產交換，由於是同一控製下的企業合並，所以，新準則考慮此種交易不具有商業實質，采用了賬麵價值的計量模式。兩者的差異主要表現在：
當按新準則的規定，合並日按照取得被合並方所有者權益賬麵價值的份額與按稅法規定的轉出資產的公允價值與轉出資產支付的稅費的金額一致時，股權投資的會計與計稅成本一致，會計上計入資本公積或留存收益的金額按稅法規定應計入當期應納稅所得額。
當按新準則的規定，合並日按照取得被合並方所有者權益賬麵價值的份額與按稅法規定的轉出資產的公允價值與轉出資產支付的稅費的金額不一致時，股權投資的會計與計稅成本不一致。而且，計算所得稅時，交易中放棄的非現金資產的公允價值超過其原賬麵計稅成本（或調整計稅成本）的差額，應計入交易發生當期的應納稅所得。
（2）權益法下的差異。
①以現金資產購置投資。會計上要求，以支付現金取得長期股權投資，應當按照實際支付的購買價款作為初始投資成本。初始投資成本包括與取得長期股權投資直接相關的費用、稅金及其他必要支出。
稅法規定，以現金資產購置投資，所取得投資的計稅成本是指實際支付的全部現金資產的金額，包括取得股權投資所支付的直接費用。
兩者的差異主要是：長期股權投資的初始投資成本小於投資時應享有被投資單位可辨認資產公允價值份額的，其差額應當計入當期損益，同時調整長期股權投資的成本，而稅法規定，股權投資的計稅成本是指實際支付的全部現金資產的金額，兩者的金額不同。
②以發行權益性證券取得的長期股權投資。會計上要求，此種方式取得的股權投資，應當按照發行權益性證券的公允價值作為初始投資成本。而稅法規定，被投資企業接受非貨幣性投資，按評估價值確認成本，包括取得股權投資所支付的直接費用。兩者的差異主要是：長期股權投資的初始投資成本小於投資時應享有被投資單位可辨認淨資產公允價值份額，其差額應當計入當期損益，同時調整長期股權投資的成本。
③投資者投入的長期股權投資。會計上要求，投資者投入的長期股權投資，應當按照投資合同或協議約定的價值作為初始投資成本，但合同或協議約定價值不公允的除外。而稅法規定，被投資企業接受非貨幣性投資，按評估價值確認成本，包括取得股權投資所支付的直接費用。兩者的差異主要是：長期股權投資的初始投資成本小於投資時應享有被投資單位可辨認淨資產公允價值份額的，其差額應當計入當期損益，同時調整長期股權投資的成本。
④通過非貨幣性資產交易取得的長期股權投資，其初始投資成本應當按照《企業會計準則第7號——非貨幣性資產交換》確定。
以放棄非現金資產出資，適用非貨幣性交易準則，采用公允價值計量模式的情況下，以所放棄的非現金資產的公允價值作為初始投資成本，所放棄非現金資產的公允價值與賬麵價值之間的差額直接計入當期損益。換出資產為存貨的，視同銷售，按公允價值確認為營業收入，按賬麵價值結轉銷售成本。當投資企業占被投資企業賬麵淨資產公允價值小於初始投資成本時，投資成本不變；當投資企業占被投資企業的賬麵淨資公允價值大於初始投資成本時，兩者之間的差額計入投資收益。采用賬麵成本計量模式的，其原理與公允價值計量模式的原理一致。
由此，我們看出，在公允價值計量模式下，當投資企業占被投資企業的賬麵淨資產公允價值大於初始投資成本時，會計上會調整投資成本，而稅法按初始成本作為計稅成本。
新準則與稅法的差異主要表現在：公允價值計量模式下，當投資企業占被投資企業的賬麵淨資產公允價值大於初投資成本時，會計上會調整投資成本，而稅法按初始成本作為計稅成本；賬麵成本計量模式下，企業換出的非貨幣性資產包括的轉讓損益會計處理時未實現，所以無論會計上的初始投資成本是否調整，則此項投資的計稅成本均為初始投資成本與應實現而未實現的資產轉讓損益的和。
⑤通過債務重組取得的長期股權投資。會計上規定，通過債務重組取得的長期股權投資，其初始投資成本應當按照收回投資的公允價值確認，收回投資的公允價值與應收債權的賬麵價值不一致的，差額計入當期損益。稅法規定，企業債務重組方式取得的長期股權投資，股權投資的計稅成本按公允價值確定。因此，此種方式取得的長期股權投資的投資成本和計稅成本基本一致。
2.持有期間投資成本的差異
（1）成本法下的差異。
存在控製關係的長期股權投資，當被投資方分回利潤時，會計處理時增加長期投資成本，同時增加投資收益。對此，稅法不確認長期股權投資計稅成本增加，分回的利潤按分回股利或利潤的處理方式進行處理。
不存在控製關係的長期股權投資，股權投資持有期間投資成本的差異要區分如下情況分別進行處理：
①持有期間被投資企業宣告分配現金股利或利潤。新準則規定，被投資單位宣告分派的現金股利或利潤，確認為當期投資收益。投資企業確認投資收益，僅限於被投資單位接受投資後產生的累積淨利潤的分配額，所獲得的利潤或現金股利超過上述數額的部分作為初始投資成本的收回。
而稅法規定，被投資企業分回的利潤，無論是投資之前產生的還是投資之後產生的均作為投資收益處理。
由此，新準則與稅法在將成本法核算的長期投資對外處置時，持有期間的投資成本和計稅成本也就產生了差異。
②持有期間通過被投資方企業分配股票股息而取得的股權成本的確定。新準則規定，宣告分配股票股利時，投資方企業在會計核算上不作處理，隻作備查登記，登記增加被投資方企業股票數，視同為取得的投資成本為0。
稅法規定，投資方企業取得的股票股息，按股息麵值確定股息所得。股東取得股票股息，應視為取得股票麵額相當的分配支付額，同時，又以股票麵額購買股票處理。因此，在確定稅收成本時應注意，企業發放股息股票要調整增加投資的計稅成本。
（2）權益法下的差異。
①被投資企業發生盈虧時，投資成本的差異。投資企業取得長期股權投資後，應當按照應享有或應分擔的被投資單位實現的淨損益的份額，確認投資損益並調整長期股權投資的賬麵價值。投資企業按照被投資單位宣告分派的利潤或現金股利計算應分得的部分，相應減少長期股權投資的賬麵價值。
②被投資單位除淨損益以外其他所有者權益增加，新準則與稅法的差異。
新準則規定，投資企業對於被投資單位除淨損益以外其他所有者權益增加，應當調整長期股權投資的賬麵價值並計入所有者權益。
稅法對於被投資單位除淨損益以外所有者權益的其他變動，投資企業不需要做任何處理。
③被投資單位發放股票股利的差異。
新準則規定，宣告分配股票股利時，沒有造成被投資企業所有者權益總金額的增加，投資方企業在會計核算上不做會計處理，所有股權投資的成本不變動。
稅收政策規定，投資方企業取得的股票股息，按股票麵價值確定股息所得。股東取得股票股息，應視為取得股票麵額相當的分配支付額，同時，又以股票麵額購買股票處理。因此，在確定稅收成本時應注意，企業發放股息股票要調整增加投資的計稅成本。
另外，對於被投資方以盈餘公積或未分配利潤轉增資本，隻是使被投資方的所有者權益結構發生了變動，由於被投資方的所有者權益總額未發生變動，投資方在會計處理上不做任何處理，所以投資成本未發生變動。按照稅法的規定，被投資方以盈餘公積或未分配利潤轉增資本，視同投資方分回利潤處理。但是，同樣不會引起被投資方股權投資計稅成本的變化。
3.投資收益的差異
（1）成本法下的差異。
①持有期間產生的收益。
企業以盈餘公積或未分配利潤轉增資本以及分配股票股利。新準則規定，以盈餘公積或未分配利潤轉增資本以及分配股票股利，屬於被投資方內部所有者權益結構的調整，並沒有增加企業所有者權益總額，投資企業不進行會計處理，也不作為投資所得。
稅法規定，以盈餘公積或未分配利潤轉增資本，以轉增資本的金額確定為股息或紅利收益；企業取得的股票股利，按股票麵值確定投資所得（由於我國股票麵值為1元，所以確定投資所得的金額仍為轉增資本的金額）。
從被投資企業分回股利的差異。
新準則規定，投資企業從被投資企業分回的利潤，僅限於被投資單位接受投資後產生的累積淨利潤的分配額，才能確認為投資收益，所獲得的利潤或現金股利超過被投資單位接受投資後產生的累計淨利潤的分配額的部分作為初始投資成本的收回。
稅法規定，企業的股權投資所得是因股權投資關係從被投資單位稅後利潤中分配取得的，這部分所得已在被投資方企業征收過企業所得稅，屬於股息性投資所得，原則上應該盡可能避免重複征收企業所得稅。按照現行的政策規定，對被投資單位適用的企業所得稅稅率低於投資方企業適用稅率的，應補征稅率差部分的稅款。以下三種情況下，投資企業與被投資企業稅率不一致的情況下，投資企業計算所得稅時無需補征稅款：被投資方企業所得稅稅率高於或等於投資方企業所得稅稅率；國家級高新技術開發區內企業分回利潤不補稅；被投資方企業是享受國家規定的定期減免稅的企業。
也就是說，隻有在由於地區差異產生的稅率不一致而且投資方適用高稅率的情況下，才需要補繳稅款。
投資企業分回的，超過被投資企業累計盈餘（包括盈餘公積）的差異及處理。
新準則規定，被投資企業對投資方的分配支付額，如果超過被投資企業的累計未分配利潤和累計盈餘公積而低於投資方的投資成本的，視為投資收回，應衝減投資成本，分回利潤超過會計成本的部分，作為投資收益處理。
稅法規定，被投資企業對投資方的分配支付額，如果超過被投資企業的累計未分配利潤和累計盈餘公積金而低於投資方的計稅成本的，視為分回的投資收益；超過投資計稅成本的部分，視為投資方企業的股權轉讓所得，應並入企業的應納稅所得，依法繳納企業所得稅。
②處置期間產生的收益。
我們分析長期股權投資計稅成本與新準則核算確認的成本之間的差異的目的，很大程度上是為了在處置長期股權投資時，正確區別按新準則確認的投資轉讓所得和按稅法確認的投資轉讓所得。
新準則規定，處置長期股權投資，其賬麵價值與實際取得價款的差額，應當計入當期損益。這裏的賬麵價值是指投資成本餘額扣除長期投資減值準備後的金額。成本法核算不考慮商譽及長期投資損益調整。
國稅發[2000]118號文件規定，企業股權投資轉讓所得或損失是指企業因收回、轉讓或清算處置股權投資的收入減除股權投資成本後的餘額。這裏所說的投資成本是指計稅成本。
企業因收回、轉讓或清算處置股權投資而發生的股權投資損失，可以在稅前扣除，但每一納稅年度扣除的股權投資損失，不得超過當年實現的股權投資收益和投資轉讓所得，超過部分可無限期向以後納稅年度結轉扣除。同時按照《財產損失稅前扣除辦法》的規定，如果發生股權投資損失，必須經過稅務機關審批後才能在稅前扣除。結合國稅發[2000]118號文件的規定，我們得出如下結論：
當企業發生股權投資損失時，如果經過稅務機關批準可在稅前扣除的，每一納稅年度扣除的股權投資損失，不得超過當年實現的股權投資收益和投資轉讓所得，超過部分可無限期向以後納稅年度結轉扣除。每一納稅年度尚未扣除的財產損失的所得稅的影響，可作為遞延所得稅資產處理。
當企業發生股權投資損失時，如果未經過稅務機關批準可在稅前扣除的，股權投資損失於發生當期不得在稅前扣除，同時以後年度也不得扣除，由此形成永久性差異。
（2）權益法下的差異。
①投資時產生收益的差異及處理。
新準則對於長期股權投資的成本確定的規定，首先根據投資企業取得長期投資支付的代價確定長期投資的初始成本，然後視初始成本與投資時應享有被投資單位可辨認淨資產公允價值的份額的不同情況確定投資成本（新的投資成本）。
長期股權投資的初始投資成本小於投資時應享有被投資單位可辨認淨資產公允價值份額的，其差額應當計入當期損益，同時調整長期股權投資的成本。因此，按照新準則的規定，投資時會產生兩種收益：
投資時確認初始投資成本的金額與投資時投出資產或應收債權的賬麵價值之間的差額，即資產轉讓損益、非貨幣交易損益和債務重組收益。如以非貨幣資產對外投資的，按新準則的規定，初始成本以投出資產的公允價值確認，這一點與非貨幣性交換準則一致。這樣，初始成本與投出非貨幣資產之間價值不一致，其差額為資產轉讓收益。債務重組損益與非貨幣資產交換道理相同。
長期股權投資的初始投資成本小於投資時應享有被投資單位可辨認淨資產公允價值份額的，兩者的差異計入投資收益。
按照稅法的規定，非貨幣資產交換股權投資，需將非貨幣資產交換股權投資按照出售非貨幣資產和進行投資兩步驟進行處理，確認轉讓非貨幣資產的轉讓收益或損失。也就是說，資產轉讓的損益應計入應納稅所得額。
以債務重組方式收回長期股權投資的，稅法規定，應確認收回長期股權投資的公允價值，長期股權投資公允價值與賬麵債權之間的差額確認為債務重組收益或損失。也就是說，債務重組損益應計入應納稅所得額。
從稅法及新準則的規定來看，對於對外投資時產生的第一種收益，兩者的規定基本一致。
對於第二種收益，即由於投資計價產生的投資收益，由於這項收益在稅法上並未實現損益，所以稅法不確認損益，因此，兩者在損益的確認上存在差異。由於投資計價產生的投資收益，計算應納稅所得額時調整減少應納稅所得額。
②權益法核算的股權投資持有期間的投資收益的差異及處理。
投資期間實現淨損益的差異及處理。投資企業取得長期股權投資後，應當按照應享有或應分擔的被投資單位實現的淨損益的份額，確認投資損益並調整長期股權投資的賬麵價值。投資企業按照被投資單位宣告分派的利潤或現金股利計算應分得的部分，相應減少長期股權投資的賬麵價值。
稅法規定，投資企業持有投資期間被投資企業實現的利潤，會計上按權益法確認投資收益的，稅法不確認投資收益的實現。
企業的股權投資所得是因股權投資關係從被投資單位稅後利潤中分配取得的投資所得，這部分所得已在被投資方企業征收過企業所得稅，屬於股息性投資所得，原則上應該盡可能避免重複征收企業所得稅。按照現行的政策規定，對被投資單位適用的企業所得稅稅率低於投資方企業適用稅率的，應補征稅率差部分的稅款。
兩者的差異主要是：
對於被投資單位實現的淨利潤，會計上按照應享有或應分擔的被投資單位實現的淨損益的份額，確認投資損益並調整長期股權投資的賬麵價值，而稅法上不確認投資收益的實現。
對於投資企業按照被投資單位宣告分派的利潤或現金股利計算應分得的部分，相應減少長期股權投資的賬麵價值，不做投資收益處理，而稅法規定，投資者從被投資企業分回的利潤要確認投資收益，對被投資單位適用的企業所得稅稅率低於投資方企業適用稅率的，應補征稅率差部分的稅款。
在會計上確認投資收益後，計算企業所得稅時，將會計上確認的投資收益調整減少應納稅所得額；在企業分回利潤時，雖然會計上做衝減長期股權投資賬麵價值處理，但是稅法上須作為投資收益處理，如果被投資單位適用的企業所得稅稅率低於投資方企業適用稅率的，應補征稅率差部分的稅款。
投資期間被投資企業發生虧損的差異及處理。
投資企業確認被投資單位發生的淨虧損，應當以長期股權投資的賬麵價值以及其他實質上構成對被投資單位淨投資的長期權益減記至零為限，投資企業負有承擔額外損失義務的除外。 被投資單位以後實現利潤的，投資企業在其收益分享額彌補未確認的虧損分擔額後，恢複確認收益分享額。
稅收規定，不能將被投資單位的虧損在投資企業的所得稅前扣除，被投資企業發生的虧損隻能由該企業用以後年度實現的納稅所得來彌補，投資方企業不得在計算企業所得稅時進行稅前彌補。
以盈餘公積或未分配利潤轉增資本以及分配股票股利，成本法核算與權益法核算的會計處理基本一致。新準則規定，以盈餘公積或未分配利潤轉增資本以及分配股票股利，屬於被投資方所有者權益結構的內部調整，並沒有增加企業所有者權益總額，投資企業不進行會計處理，也不作為投資所得。