堅持組織幹部學習成為中直機關和中央辦公廳的優良傳統。毛澤東對中直機關組織幹部學習和辦文化學校曾給予充分肯定。1961年7月，毛澤東在寫給江西共產主義勞動大學的一封信中還提到中央辦公廳的兩個文化學校，他說：“一個是中央警衛團辦的，辦了六七年了，戰士、幹部們從初識文字進小學，然後進中學，然後進大學，1960年，他們已進大學部門了……另一個，是去年（1960年）辦起的，是中南海黨的各種機關辦的，同樣是半工半讀。”他認為黨政機關辦學校是一件大事，要堅持辦下去。
擔任“三反”運動中央一級機關總黨委第三書記
20世紀50年代的政治運動，主要是抗美援朝、土地改革、鎮壓反革命三大運動和“三反”、“五反”、整風反右運動。在抗美援朝、土地改革、鎮壓反革命三大運動中，中直機關黨委做了大量、細致的工作，動員廣大幹部參加運動，使他們受到了深刻的愛國主義教育和階級教育。在幹部、職工中引起較大震動的是“三反”運動和整風反右運動。
1951年12月，中共中央決定在全國範圍內大張旗鼓地開展一次“三反”運動。為了統一領導中央直屬黨政軍機關的“三反”運動，12月22日，中央決定成立中央一級機關總黨委，任命周恩來為第一書記，安子文為第二書記，楊尚昆為第三書記，蕭華為第四書記。這樣，楊尚昆除了要抓中直機關的“三反”運動，還要參與指導中央黨政軍民各機關的“三反”運動。那時毛澤東對“三反”運動抓得很緊，親自起草指示、批文件，有時一天就批發幾個文件。楊尚昆的主要任務是督戰。1951年12月31日，中央一級機關總黨委召開有黨政軍群處以上幹部幾百人參加的擴大會議，楊尚昆在會上講話，強調要“限期發動”，限1952年1月10日前各單位毫無例外地發動起來，發動不起來的單位，其首長一律撤職。楊尚昆當場宣布撤銷軍委總參謀部技術部部長的職務，全場為之震動。1952年1月4日，毛澤東在《中共中央關於立即抓緊“三反”鬥爭的指示》中，肯定了中央總黨委召開擴大會議造聲勢、推動運動的做法，批示“這一經驗，供你們參考”。“三反”運動結束時，根據安子文的統計，全國縣以上黨政機關不包括軍隊，參加“三反”運動總人數383.6萬人，查出貪汙分子和犯貪汙錯誤的人120.3萬人，占參加“三反”運動總人數的31.4％。這些人中，受到刑事處分的占3.6％，受到行政處分（包括開除公職）的占20.7％，其餘75.7％免於處分。在中直機關內，特別是在中央辦公廳，運動發展相對穩健。1952年2月25日，中直機關黨委向總黨委作“打虎”情況報告，強調“打虎”不能隻信口供，要算細賬，要進行調查核實，對已承認犯罪事實的“老虎”和中小貪汙分子要拿出一定力量進行甄別，並進行追贓工作。毛澤東閱後予以肯定，批示：“此件很好，發各同誌參考。強調要材料，要證據，普遍推行算大賬、算細賬，追贓款、追贓物的方法，是目前打虎作戰是否能取得完全勝利的關鍵所在。”
整風反右
楊尚昆說：
1980年，小平同誌在一次談話中指出：“1957年反右派鬥爭還是要肯定。三大改造完成以後，確實有一股勢力、一股思潮是反社會主義的，是資產階級性質的。反擊這股思潮是必要的。我多次說過，那時候有的人確實殺氣騰騰，想要否定共產黨的領導，扭轉社會主義的方向，不反擊，我們就不能前進。錯誤在於擴大化。”在反右鬥爭開始後，我作為中央書記處候補書記、中直黨委書記，也曾應邀到一些單位作過幾場報告，闡述黨的政策，當然也講了一些過頭的話。後來，全國約有50多萬人被劃為右派，即使按當時《劃分右派分子的標準》，也有許多是錯劃的。中直機關在右派定案工作中還是比較謹慎的，同“三反”運動中“打虎”一樣，中直機關強調實事求是，不事先規定指標，至於具體到人，哪個人該劃不該劃，中直機關黨委以當時高級黨校上報的、經中央書記處批準劃為右派的一個同誌的材料為標杆，對各單位上報的材料逐一反複認真討論，最後定案。中直機關劃定的右派比例，相對來說是比較低的，但是在當時的大氣候下，也不可避免地存在錯鬥、錯劃現象，傷害了一批同誌。
楊尚昆說：
如果評價我這個中直黨委書記的工作，也是四平八穩的話，那麼，到了1958年，在秘書室整風反右運動中，我被指責為“扶右反左、插黑旗”，就茫茫然了。事後，我辭職未成，但已開始物色適合擔任中直黨委書記的人選，準備換屆交班。