畢達哥拉斯學派還強調和諧，第一次提出“宇宙”這個詞，主張宇宙就是各個天體的和諧，數目和諧是按照了一定的比例關係。他們還認為世間一切美好的事物都是和諧，把樂音的和諧和宇宙天體的和諧秩序對應，數目的和諧可以淨化靈魂，美、音樂等都是和諧的。
畢達哥拉斯學派關於宇宙是一切天體之間的和諧的說法，與伊奧尼亞學派主張的宇宙生成的觀點有很大的不同，畢達哥拉斯學派把抽象的、非物質的數作為萬物的本原，具有原始唯心主義的傾向。
到了後期，民主運動的衝擊使學派分裂為兩大派別：一個派別恪守信條，另一個派別研究數學、天文學。在長達兩個世紀的時間裏，畢達哥拉斯學派一直繁榮，他們的學說既有積極的一麵，也有消極的一麵。這種唯心主義的世界觀使得他們在後來的研究中受到了極大的阻礙，失去了探索的正確方向。但是，這些消極影響並不能否定畢達哥拉斯學派在哲學史上做出的傑出貢獻。
在早期宣傳學說時，畢達哥拉斯除了演講關於“數本原”的主題外，還經常談到道德倫理的問題。他主張要維持公正的秩序，不要破壞和諧。他認為幸福是新的人格，是實現信念和向往的滿足感。他提倡重視人的價值，提高人的潛能和思維能力，鼓勵人們建立積極的人生態度。在家庭關係中，父親應該用自己的言行舉止去贏得兒女的敬愛，子女應該珍惜父母的愛。在團體、組織、製度中，人與人之間要保持和諧。他還談到自律的問題，自律能使人身心健康，意誌堅定。他從培養自律的方法延伸到教育的重要性，認為接受理性的教育後才能做到自律，強調教育的重要性。
為了建立聖人的統治，畢達哥拉斯和他的弟子在克羅頓建立了一個宗教、政治、學術合一的團體，他們給加入的人製定了諸多禁忌，例如禁食豆子、不碰白公雞等。團體的成員有著一定的學術水平、共同的哲學信仰和政治理想，學派的教義要求他們純潔、自律、節欲、服從。畢達哥拉斯通過這個團體和學說證明了奴隸製存在的合理性。
愛利亞派與論辯盛行
愛利亞學派因發源於意大利南部的城邦愛利亞而得名，活躍在公元前6世紀至公元前5世紀。他們主張世界的本原是“不變的一”，和伊奧尼亞學派“變化的一”、畢達哥拉斯學派“不變的多”的觀點不同。愛利亞學派善於邏輯辯論，從對手的話中找出悖論，有辯證法的特點，也有詭辯論的傾向。古希臘時期，愛利亞學派推動了哲學界論辯盛行，深化了哲學思維，使哲學係統更加完整。
克塞諾芬尼居住在愛利亞地區，既是吟遊詩人，也是歌手，人們通常認為他是愛利亞學派的創始人。他流傳下來的哲理教育詩片段揭露了哲學對宗教神學的大膽抨擊。他的哲學有反宗教的傾向，與畢達哥拉斯學派的宗教神秘主義哲學對立。他批判荷馬和赫西俄德的觀點，因為他們把一些偷竊、欺騙和通奸等無恥的行為強加在神靈身上。他嘲笑把神人格化的想法，他認為如果動物有手，能夠為它們的神塑像的話，肯定也會把神製作成動物的樣子，就像人把神塑造成人的樣子一樣。實際上，人不知道也不可能知道神長什麼樣子，神是沒有形象的，容貌上不像人，思想也和人的思想不同。克塞諾芬尼肯定：不存在眾多的神，也不存在一種神統治另一種神的情況。他還認為神無處不在，神靈和宇宙是等同的。我們可以把這個觀點稱為“泛神論”。
克塞諾芬尼把神等同為一切存在的東西，不同於後來古希臘哲學家們所說的“神”是超乎凡人、統領世界的觀點。泛神論的提出，使他順理成章地成為一個學說的創始人。他還批判宗教，但沒有徹底地轉化為無神論，他的學生巴門尼德繼承和改造了他的學說，創立了存在論。
巴門尼德，約公元前515年出生於愛利亞，是前蘇格拉底哲學家中最具代表性的哲學家之一。他把克塞諾芬尼的觀點“神是唯一的、不變的”發展成“不變的一”的“存在”概念。他認為事物不會改變，人類的認知不可信。
他的出現是哲學史上的重大轉折，在他之前樸素的、原始的自然哲學走向衰亡，具有邏輯思維的哲學才能繼續發展。他提出的“存在”概念，在整個西方哲學史中尤為重要。在他之後，每一個西方哲學家都把確定“存在”的概念作為研究哲學的重點，甚至一些哲學體係以此為研究方向，比如20世紀的存在主義哲學。
前文介紹的伊奧尼亞學派、畢達哥拉斯學派思考問題都是從“萬物的本原是什麼”開始，研究萬物怎樣生成變化。但巴門尼德不同，他的存在觀點大致可分為五點：一是存在是唯一的、連續的和不可分的。存在的唯一性在於它的連續性和不可分性；二是存在是不生不滅的，存在隻能是現在，並且永遠保持同一種狀態；三是存在是“連續的一”，不可分割，各個部分完全相同；四是“不變的一”是完滿的存在；五是存在是思想的對象。
巴門尼德的“存在”思想最終成為西方哲學研究的主要對象，對西方哲學史產生了劃時代的重要影響。巴門尼德創造了基於邏輯的形而上學論證形式。
芝諾（愛利亞的），是巴門尼德的學生與朋友，也生活在古希臘的愛利亞，鼎盛期約在公元前468年。柏拉圖所記載的關於芝諾的觀點被後人認為十分準確。芝諾維護了巴門尼德的“存在論”，但他是從歸謬法的反麵去證明的。他最重要的學說是否認運動的四個悖論。
芝諾否定運動的悖論有以下四個：一是二分法；二是阿基裏斯追烏龜說；三是“飛矢不動”；四是“運動場”。這些都涉及了運動和靜止、連續和非連續性的矛盾。芝諾悖論不存在於現實中，它形成的根源是辯證法和形而上學思維的矛盾，芝諾用辯證法證明運動中的矛盾，用形而上學的思維來否定運動。亞裏士多德讚揚他發現了辯證法，黑格爾也把他譽為概念辯證法的創始人。
麥裏梭是巴門尼德的學生，鼎盛期約在公元前444年。他同樣對巴門尼德的存在論進行了邏輯論證，修改了某些觀點。他的觀點包括以下幾點：一是關於存在的時間性。他把“永恒”解釋為“永遠如此”；二是關於存在是無限的；三是關於無限才是完滿的。