在塞勒斯河，數量眾多的聯邦軍追上了李軍，迫使後者倉促應戰。戰鬥結果是李軍又損失了近半數兵力。這時，李軍中不但糧食匱乏，炮彈也所剩無幾，情況岌岌可危。
4月8日晚，波托馬克軍團進逼李軍的後部，緊緊咬住不放。聯邦第五軍軍長查爾斯·格裏芬和另一軍軍長愛德華·奧德的兩支強大步兵部隊，4月8日晝夜兼程，於4月9日黎明時分趕到阿波馬托克斯村，援助謝裏登的騎兵部隊，準備一舉全殲羅伯特·李軍。在西竄李軍的左翼，還部署了聯邦軍的其他部隊。
在腹背受敵、四麵楚歌的困境中，羅伯特·李在進行幾次信函試探之後，終於再次致函請求投降。這與格蘭特“在不再死一個人的情況下解決種種難題”的願望不謀而合。格蘭特將軍當即複函，並把會晤地點通知了羅伯特·李。
1865年4月9日，在弗吉尼亞阿波馬托克斯村，舉行了兩軍總司令的曆史性會晤。
當天下午，兩位將軍在一間簡陋的小會客室裏相會，並討論相關事宜。格蘭特一如往常地不修邊幅，他沒有帶刀，且他穿的製服和軍中每一個士兵所穿的一樣，隻是他在肩上掛著三顆銀星表示他的身份。
貴族化的李將軍戴的手套鑲著珠子，佩劍上又嵌著珠寶，看上去好像是剛從銅版雕刻畫當中走出來的某個威嚴的戰勝者一般，然而格蘭特看起來簡直像是密蘇裏州的一個農夫剛到城裏賣一批豬和一些皮革似的。唯有這一次，格蘭特自慚形穢，他為了沒有穿戴整齊前來赴會而向李將軍禮貌地道歉。
格蘭特提起鋼筆和墨水，潦草地寫下投降條件。這四年的血戰以來，北方的激烈分子一直要求李將軍和西點軍校出身而背叛的其他軍官們，都要因叛變的罪名處以絞刑。但是格蘭特寫出的條件卻沒有刺傷人的地方。
李將軍的軍官們被獲準保留他們的軍械，而士兵們則釋放回家。每個要求馬匹或騾馬的士兵都可獲得，可騎回到自己的農莊或棉花田去，再度耕耘家園。
為什麼投降的條件如此寬大和平呢？因為這些是亞伯拉罕·林肯親筆列述的投降條文。
於是，這一次已經殺害了60多萬人的戰爭，終於在一個弗吉尼亞的小村落中的阿波麥托法院中正式結束了。當天下午，林肯搭乘著“河上女皇”號船返回華盛頓。他花上幾個小時向他的朋友們大聲朗誦著莎士比亞的作品。
至此，一場南方同盟和北方聯邦的內戰，最終以林肯為首的北方聯邦政府獲勝而告終。
南方同盟政府首腦傑弗遜·戴維斯，那個誓言“定能獲得獨立”的人，於1865年4月3日倉皇逃離裏士滿，5月10日在佐治亞州伊爾文維爾被捕入獄。
這就是戰爭的結局，當然，勝利是來之不易的。
當舉國若狂之際，林肯卻並不高興，或者說是輕鬆不起來。他所要麵對的任務還很繁重，因為關於重建問題已經因路易斯安那州而起了爭議。1865年4月11日晚，他就此問題作了演講。
林肯說，重建工作困難重重，“你無法找到一個全權機構作為打交道的對象。任何人也無權代表其他人放棄叛亂。我們隻能完全從一些無組織的意見不一的分子開始，慢慢從中理出一個眉目來。”
林肯指出，路易斯安那曾根據一項計劃試行成立了州政府，那麼，“要恢複路易斯安那州與聯邦之間的正式的實際關係，到底是支持新政府能快一些呢？還是擯棄新政府能更快一些？”
林肯接著談及該州已取得的成就和擯棄所導致的後果。然後說：“假使說路易斯安那州的新政府和應當建立的那種政府的關係不過像雞蛋和小雞的關係，那麼我們要很快得到小雞，就隻能讓雞蛋孵化，而不能把雞蛋打碎。”
林肯煞費苦心地為路易斯安那州政府的被接納而尋找各種理由。他希望人民對叛亂各州寬大為懷，同時自己也在努力讓激進派靠近一些，他提及路易斯安那州沒有給黑人以選舉權使一些人感到不滿，但“我個人倒讚成現在就能夠使那些最聰明的，那些為了我們的事業而當兵的黑人享有那種權利”。
林肯深知北部多數白人不會讚成給黑人以選舉權，但如果同意給部分黑人這種權利，那無異於已將腳套進鞋裏，要穿上就隻是時間問題了。
林肯還說在目前形勢下他也許會考慮發布一個新的宣言。但他“也許”正在考慮，卻是永遠“發布”不了了，因為4月14日星期五，因在複活節前，故稱耶穌殉難日，這一天，林肯的頭部挨了致命一槍。