漢武帝大為震驚，派酷吏杜周調查此事。杜周按照朱安世提供的線索，果然挖出木偶人，漢武帝下令逮捕宰相公孫賀。經過調查，巫蠱案屬實，父子兩人在獄中被處死，整個家族全部被殺。
這起巫蠱案並沒有結束。
與公孫敬聲通奸的陽石公主，是漢武帝與皇後衛子夫的親生女兒。衛子夫為漢武帝生了兩個女兒，另一位諸邑公主也被卷進巫蠱案之中，具體她參與了什麼事，史載不詳。俗話說，虎毒不食子。但漢武帝絕對是個例外。他對他人的生命漠視到極點，即使自己的女兒、兒子的性命，他也毫不在意。涉案的兩個親生女兒，竟然都被他下令處死。
同時被殺的人，還有衛青的兒子衛伉。這件巫蠱案，是衛氏家族遭遇到的最大打擊。被處死的人，都與皇後衛子夫有密切的聯係。從衛子夫在平陽公主家中遇寵，到巫蠱案的爆發，已經過去四十五年了。衛子夫從一名歌伎成為一國之後，年老色衰的她，早失去皇帝的寵幸。唯一令她安慰的，是兒子劉據立為太子。可是現在，兩個女兒竟然被殘暴的父親處決，姐姐衛君孺一家遭到滅族的命運，侄兒衛伉被殺。她忽然覺得山崩地裂，天旋地轉。
這一切，似乎都是衝著皇後與太子而來，衛子夫有一種大禍臨頭的強烈預感。
山雨欲來風滿樓。皇後與太子的命運，早就岌岌可危。
皇太子劉據的性格，與父親劉徹明顯不同，倒與曾祖父文帝有些類似，性情溫和，富有同情心。在武帝看來，皇太子這些性格是缺點，他以後要繼承皇位，就應當雷厲風行。隨著衛子夫的失寵，漢武帝對太子劉據開始疏遠。
漢武帝喜歡任用酷吏，用法嚴苛，劉據打心眼裏反對這種暴政，他總是反複核對案件，發現了不少冤情，救了不少人。可是，太子的做法引起當權派酷吏集團的強烈不滿，隻是憚忌大將軍衛青，未敢大肆報複。公元前106年，衛青病逝，使得皇後與太子失去一座靠山，酷吏集團便反攻倒算，頻頻陷害太子。不過，一來太子做事謹慎，沒有給當權派抓住致命的把柄；二來漢武帝雖然殘暴，還不是老糊塗，劉據雖然不受寵，仍然得到信任。
自從漢武帝夢到被小木偶人攻擊後，性情大變。他身體欠佳，精神狀態不好，容易忘事。這使他深信有人在搞巫蠱法術，企圖以此摧殘其意誌。他的疑心更重，對誰都不信任。在公孫賀父子一案中，他的兩個女兒居然卷入其中，更使他震驚。
這一切，被當權派酷吏看在眼中。皇帝現在是六親不認，正好可以乘機整垮太子。一場針對太子的陰謀已在悄悄的醞釀之中，策劃這個陰謀的，是酷吏江充。
江充是漢武帝後期最凶殘的酷吏之一。
他本是趙國人，因告發趙國太子立功而得到皇帝的器重，被指派為繡衣直指。繡衣直指是朝廷的特派官員，專門督察巡視地方官員，權力很大。江充很懂得維護皇帝的權威，有一回，太子劉據栽在江充手上，他的馬車違規駛入皇帝專用馳道（高速馬路），被江充逮個正著。劉據向江充求情，江充鐵麵無私，告發到皇帝那裏。這樣，江充便與太子劉據結怨了。
眼看著漢武帝一天天地老去，要是駕崩，劉據將成為帝國的繼承人。江充憂心忡忡，若是劉據上台，自己肯定沒有好下場。正好宮中傳出皇帝夢到受小偶人的攻擊，江充便心生一計。他對皇帝說：“皇上的疾病，乃是因為有巫蠱作祟。”漢武帝深信不疑，便令江充為特使，專治巫蠱案。一時間巫蠱案掀起腥風血雨，隻要被誣為巫蠱，立即被判處大逆不道。從京城到全國各地，因卷入巫蠱案而被處死的，前後多達數萬人。
在取得了反巫蠱的重大“勝利”後，江充將矛頭對準皇太子劉據。
江充指使巫師檀何向皇帝密告：“皇宮中的蠱氣，如不鏟除，皇上的病不能康複。”漢武帝急令江充入皇宮，掘地搜尋巫蠱道具。江充將嬪妃後宮、皇後宮、太子宮等掀了個遍，掘地三尺，結果在太子宮挖出許多木偶人，還有寫著大逆不道文字的帛書。
其實這些所謂的木偶人，隻是江充栽贓嫁禍。太子劉據明知是江充搞的鬼，可是有口難辯。他陷入深深的恐懼之中，怎麼辦呢？
此時漢武帝在長安以西八十裏處的甘泉宮養病。太子少傅石德建議太子劉據矯詔抓捕誅殺江充，並暗示皇上病重，奸臣當道，不要被奸臣算計，落得個像秦朝太子扶蘇的下場。
劉據本打算前往甘泉宮向父親解釋，可是江充步步緊逼。事到如今，與其坐以待斃，不如鋌而走險。他聽從石德的建議，派心腹冒充皇帝的使者，逮捕江充。與江充一同辦案的韓說懷疑使者身份，不肯受詔，當即被格殺。江充被綁到太子劉據麵前，劉據怒責道：“你以前陷害趙王父子還不夠，現在又要害我們父子！”說罷，親自操刀，一刀結果了江充的性命。
事到如今，劉據不得不考慮自保了。他把矯詔誅殺江充之事，報告給母親衛子夫，而後打開武器庫，將兵器分發給長樂宮侍衛。長安城內一片混亂，“太子謀反”的傳言四起。
有官員逃出長安，出奔甘泉宮，向漢武帝報告太子謀反。漢武帝不相信，隻是淡淡地說：“太子肯定是害怕了，對江充等人很氣憤，才會有此激變。”便派人返回長安城，召太子前往甘泉宮。當使者到了長安後，怕死不敢前去見太子，跑回來謊報道：“太子已經謀反，還想殺我，我逃了出來。”
漢武帝大怒，認定太子謀反屬實，指示丞相劉屈氂，對叛逆者格殺勿論，不許一人漏網。
劉屈氂指揮大軍進攻長安，太子劉據困獸猶鬥。劉據赦免首都監獄中的囚犯，發給武器，以烏合之眾對抗政府軍。雙方血戰五天，死亡數萬人，長安民眾紛紛逃離太子陣營，形勢對劉據相當不利。無奈之下，太子劉據隻得逃出長安城。漢武帝下詔收回皇後衛子夫的璽綬，衛子夫自知無法置身事外，遂以自殺的方式，結束了自己的生命。