太子逃出長安城後，藏身在湖縣一窮人家中，隱姓埋名，生活極為艱難。過不慣窮日子的太子冒險向一位朋友求助，不幸暴露行蹤。地方官府派兵圍捕，劉據無處可逃，無奈之下上吊自殺，兩個兒子一並遇害。
漢武帝大開殺戒，太子門客以及追隨叛亂者，一律誅滅全族。一時間，長安城一片腥風血雨。
太子死後，巫蠱之禍仍在蔓延。
很快，恐怖的巫蠱案落到鎮壓太子的宰相劉屈氂身上。劉據死後，太子位出現空缺，究竟哪位皇子可以繼承皇位呢？宰相劉屈氂與貳師將軍李廣利爭取扶劉髆成為皇太子。劉髆是李廣利的妹妹李夫人所生，劉屈氂與李廣利是兒女親家，隻要劉髆日後能成為皇帝，兩人便可永保榮華富貴。
不料此事被人告發，稱宰相劉屈氂的夫人大搞巫蠱，詛咒皇帝早死，與李廣利合謀擁立劉髆為皇帝。又是一個巫蠱案！隻要與巫蠱沾邊，必死無疑，連太子劉據、皇後衛子夫都不能身免，宰相算什麼呢？
劉屈氂被逮捕，漢武帝命令將他囚在廚車上遊街，進行一番人身羞辱後，綁赴東城腰斬。劉屈氂的妻子兒女未能幸免，被拉到華陽街斬首示眾。同時，李廣利的妻子與兒子也被逮捕下獄。
此時李廣利手握重兵，率軍北伐匈奴。漢武帝投鼠忌器，暫時沒處決他的家人。當劉屈氂全家被屠的消息傳來時，李廣利嚇得魂不守舍。他抱著一絲僥幸心理，希望能夠以一場輝煌的勝利，換得皇帝的寬恕。偏偏事情節外生枝，軍中長史密謀逮捕李廣利向皇帝邀功。李廣利先下手為強，誅殺長史。然而內訌一起，士氣低落，軍隊不堪再戰，隻得撤軍回國。
撤退途中，李廣利遭遇鹿姑單於五萬騎兵的包圍，絕望之下，向匈奴人投降。冷血無情的武帝劉徹聞訊，立即下令將李廣利家族全部屠殺。
從公元前92年到前90年的三年間，是巫蠱的恐怖時期。帝國皇後、太子、兩任宰相都死於非命，從政府高級官員到平民百姓，都陷入深深的恐懼不安之中。
公元前90年，從民間發回的調查報告顯示，所謂的巫蠱案，基本上都是屬於誣告栽贓。這時，漢武帝有所醒悟，他開始體會到太子劉據叛亂是出於恐懼不安，並非真的想奪權謀反。想到太子的悲慘下場，他有所悔意，建了一座思子宮、一座歸來望思台，以寄思念之情。
是到反思的時候了。
曾經盛極一時的大漢帝國，如今一團亂麻。對外戰爭一敗塗地，自從漢匈重新開戰以來，沒有贏得過一次重大勝利，反而連遭敗績，趙破奴兵敗被俘，李陵兵團全軍覆沒，最後李廣利也投降。與對外戰爭相比，內政更是一片混亂。幾年巫蠱事件下來，血流成河，酷吏橫行，冤獄屢興，民不聊生，各地武裝起義紛起。這個曾橫掃四方的大帝國，岌岌可危！
也許是太子之死刺激了漢武帝，在他生命的最後幾年，一改以前的暴政與對外擴張政策，為結束帝國政治混亂局麵打下了基礎。
公元前89年，一次麵對群臣時，漢武帝說了一番懺悔的話：“自我即位以來，所作所為，狂妄而有悖於事理，使天下百姓陷於愁苦之中，現在想起來，不可追悔。從現在開始，凡有傷害百姓、浪費天下錢財之事，一概停止。”
治粟都尉桑弘羊、丞相田千秋等人上疏，提議政府增派士兵到西域輪台屯田。漢武帝沒有批準這項軍事計劃，他發了一道詔令，即“輪台詔令”:“今有大臣請求屯田輪台，修築碉堡、開鑿山道，這將擾勞天下，這樣做並非優待百姓，這是我所於心不忍的。”又說：“當今急務，是禁止官員對百姓的苛暴與擅自征收額外的賦稅，力耕務本，發展農業，重修‘馬複令’（馬複令是指民間養馬，給予優惠政策，可以代替差役），以補戰馬的缺乏，勿使武備荒弛。”
在這道詔令中，武帝劉徹改變長期奉行武力擴張的國策，使百姓得以休養生息，以緩和國內日益嚴重反抗政府的暴動，鼓勵發展農業。
漢武帝已經六十多歲，自知時日無多，要考慮接班人的人選。在所有兒子中，他最喜歡的是小兒子劉弗陵。但是劉弗陵還年幼，若是繼位，大權肯定會落入母親鉤弋夫人之手，到時會不會重演呂後專權的故事呢？漢武帝一咬牙，決定殺掉鉤弋夫人，以除後患。宮廷內向來母以子貴，但情形總有例外。為皇帝生下皇子，是後宮女人們的心願，這也是保持地位與富貴的手段。對於鉤弋夫人來說，產下皇子，竟然惹來殺身之禍。
鉤弋夫人被賜死後，漢武帝麵臨的第二個問題是：劉弗陵年幼，一定要有賢臣輔佐，誰是最佳人選呢？他暗中觀察很久，選定四位輔佐大臣，分別是大將軍霍光、車騎將軍金日（左石右單）、左將軍上官桀、禦史大夫桑弘羊。
不久，漢武帝病逝。他在位五十四年，是中國曆史上最傑出的帝王之一，他既是明君，也是暴君。司馬光曾有一段評價：“孝武窮奢極欲，繁刑重斂，內侈宮室，外事四夷，信惑神怪，巡遊無度，使百姓疲敝，起為盜賊，其所以異於秦始皇者無幾矣。然秦以之亡，漢以之興者，孝武能尊先王之道，知所統守，受忠直之言，惡人欺蔽，好賢不倦，誅賞嚴明，晚而改過，顧托得人，此其所以有亡秦之失而免亡秦之禍乎！”頗為中肯。