青少年時期的斯賓諾莎，開始對猶太的聖經感到不滿，甚至懷疑，開始對猶太人的金錢觀念形成了衝擊，逐漸走上“異端”道路。他曾到過因懷疑猶太教義而受迫害致死的猶太哲學家尤利爾·阿克斯坦的墓地憑吊。盡管他還不知道事實的真相，但他卻想知道為什麼持有不同意見的人會遭受迫害，幼小的心靈在迷茫中徘徊，顯示了自由追求的理想。
長大之後，斯賓諾莎運用分析型頭腦的過濾器，對《聖經》和猶太經典進行了研究，他不僅從猶太哲學家斐洛、邁蒙尼德和伊本·伽比羅爾的道德形而上學，而且從非猶太哲學家柏拉圖、卡爾丹諾、布魯諾和笛卡兒的形而上學與道德學中吸取精華。
這些知識拓展了他的視野。為了擴大自己的領域，他孜孜不倦地學習各種世俗學問和科學知識。
正在這時，斯賓諾莎結識了對他一生發生最大影響的老師凡·丹·恩德。這位法國自由思想家和人文主義者是1619年被火刑處死的意大利無神論者梵尼的崇拜者。
恩德在阿姆斯特丹開了一所拉丁文學校，而斯賓諾莎正好在這所學校裏學習拉丁文，但他更多地是與恩德先生探討非宗教的世俗科學的問題。在這所學校裏的學習是他擺脫猶太神學進入新哲學的轉折點。
1654年，父親去世後。斯賓諾莎則幹脆搬進學校，專門從事哲學研究。然而，斯賓諾莎敬仰的這位老師，卻遭到了厄運。當時，恩登本人的新思想及無神論傾向招致市民的不滿，終於，阿姆斯特丹當局查封了這所學校並驅逐了法蘭西斯·凡·登·恩登。
不久，恩德因其倔強的懷疑論，遭人譏刺，從而引起法國國王路易十四的不悅，不久被處以絞刑。
斯賓諾莎了解到這位老師的悲慘結局，深深感到人類無知的可悲。自相殘殺隻能帶來肉體的毀滅，思想卻是永存的。他曾自己給自己畫了一張肖像畫，身穿托馬斯·安尼魯斯式服裝，表現了其內心的反叛精神。安尼魯斯是意大利1647年因反抗西班牙統治而犧牲的起義領袖。斯賓諾莎要用精神的利箭洞穿封建專製的愚昧和野蠻，開啟人類求知的欲望之門。
這個時期，斯賓諾莎的思想深受布魯諾的自然哲學和笛卡兒的新哲學的影響。當時，哲學上的“三百年戰爭”已經開始，笛卡爾、萊布尼茨、休謨、康德先後加入，這場戰爭既促進又踐踏了近代哲學。
笛卡爾認為，在上帝給了最初的推動後，天文地理以及所有的非精神進程，都可以用一種最初以分散形式存在的均質實體來解釋；並且，各種生物的運動，都是一種機械運動。整個世界，以及每個軀體都是一部機器。但是，在世界之外還有上帝，軀體裏還有靈魂。
笛卡爾停在了這裏。斯賓諾莎滿懷渴望的向前走去。他開始用神、自然、實體三個概念來表現同一個最高存在，並以此來建立自己的哲學體係。
斯賓諾莎的天才在於能兼容並蓄地接受各種哲學思想，並站在更高的水平上對之加以綜合，從而完成自己哲學體係的創造。他繼承了他能夠繼承的一切，然而他堅持自己原有的觀點。
顯然，斯賓諾莎的異端思想愈來愈和猶太教的教義格格不入。他漠視猶太教的教規儀式，拒不執行猶太教的繁瑣無比的種種規則。他不相信靈魂不滅，認為靈魂的本義即生命，生命斷絕，靈魂消滅。他否認天使存在，認為天使不過是我們想象中的幻影。他否認上帝是超越於世界之外的精神主宰，認為它應是表現在自然中的有廣延的存在。
在斯賓諾莎的異端思想被猶太教會堂的長老們知道後，他們把他叫來“盤問”，對其“危險思想”的懷疑被證實了。長老們無法容忍他的那些簡直是叛經背道的瀆神言論。
開始，長老們企圖用金錢來收買他，答應每年給他500佛羅林年金，條件是要他保證起碼在外表上忠誠於他的教會和宗教。斯賓諾莎憤怒地拒絕了。
1656年7月27日，斯賓諾莎被按照希伯來儀式中的一整套陰森的程序開除了教籍。長老們決定對他采取“小開除”的懲罰手段，即暫時開除他的教籍，禁止他在一個月內與任何人發生來往。
但這種“治病救人，以觀後效”的辦法對哲學家沒有發生任何作用。他並沒有被迫就範，他堅信自己的觀點。教會惱羞成怒，竟指使狂徒暗殺斯賓諾莎。有一次，當他從劇場出來時，一把短刀向他飛去，幸而他命大，躲得快，未被刺中。
1656年7月27日，也就是在斯賓諾莎24歲時，猶太教的長老們采取了最極端的“大開除”懲處手段，斯賓諾莎被永遠開除出教籍，並加以詛咒。詛咒裏這樣說：
讓他白天遭到詛咒，晚上也遭到詛咒；讓他躺下遭到詛咒，站起來也遭到詛咒；出門遭到詛咒，進門也遭到詛咒。願主永遠不再寬恕或承認他；願主的不悅和憤怒把他燒毀，在他身上壓下《律法書》上所有的詛咒，從天底下抹去他的名字；願主切斷他的邪惡同以色列所有家族的關係，把《律法書》中所有的天譴加在他身上。願所有服從我主上帝的人今天都得到拯救。
這一年斯賓諾莎才24歲，從這天起，這個“道德上的麻瘋病人“就”按照天使的審判和聖徒的裁決，受到譴責、詛咒、謾罵，被清除出猶太種族。”處分決定明文規定：“誰都不得以口頭或書麵方式同他交談，不得對他進行任何幫助，不得與他同住一屋，不得同他並肩站著，不得閱讀他編寫的任何東西。”
總之，在長老的心目中，這個人是魔鬼，誰與他交往，就意味著靈魂的墮落。
開除教籍是苛刻的，但猶太長老們堅信是正確的，因為處處遭受迫害的猶太人隻能在宗教信仰中才能找到寧靜的堡壘。誰敢於攻擊這個堡壘，誰就是猶太民族的叛徒。曆史是這樣嘲弄人，主持這次審訊大會的首席長老正是昔日稱讚斯賓諾莎品學兼優的老師莫泰勒拉比。