但是，斯賓諾莎認為真理是高於一切，甚至高於自己的生命的，如果放棄對正統教會教義的批判，就是對真理的背叛。因此，他被同胞從日常生活世界趕進孤寂的哲學王國，是不可避免的事了。對於對自己的處罰，斯賓諾莎的回答是：“很好，這樣我就不必強迫我去做我本意所不願意做的任何事情了”。
就這樣，24歲的斯賓諾莎沒有一個人和他交往，他也就成為了世界上最孤獨的人。同時，他也被驅逐出了阿姆斯特丹，來到了一個叫做奧特德克的小鎮，開始了自己孤獨的生活。
隱居生涯
由於與猶太教會斷絕關係，斯賓諾莎把希伯來文的名字巴魯赫改為拉丁文的名字別涅狄克特，拉丁文的意思即為“祝福”。
斯賓諾莎本性淡泊，不求於人，在奧特得克的小鎮，靠打磨鏡片為生。因此，斯賓諾莎不是靠學問吃飯，而是靠手藝，因為那樣會辱沒了學問。斯賓諾莎視金錢如糞土，錢僅夠吃飯、房租就成。
以磨製光學鏡片為謀生手段，而以哲學為畢生和事業。在這一點上，他是完全繼承了祖先的傳統，“用你的雙手謀取世俗的物品，用你的頭腦獲得神聖的思想”。
此時的斯賓諾莎精神苦悶，在追求真理的信念下，他積極思考著上帝的神秘和人生的意義問題。塵世的欲念和理性的召喚的劇烈衝突，使斯賓諾莎深深認識到唯有堅決放棄財富、榮譽和感官快樂這些虛幻的東西，而全力追求人人都可分享的真善美，才是他的新生活目標。
幸喜在暴風惡浪的時期中，斯賓諾莎並沒有缺少真誠的朋友，這給他帶來了勇氣、信心和力量。他的第一部哲學著作《略論神、人和人的幸福》就是在這時期為朋友們撰寫的，目的是供朋友討論，而非公開出版。故直到1860年此書才正式出版。
1661年，在《知性改進論》中斯賓諾莎寫下這一段文字：
當我受到經驗的教訓之後，才深悟得日常生活中習見的一切東西，都是虛幻的、無謂的。……因為那些在生活中最常見，並且由人們的行為所表明，被當作是最高幸福的東西，歸納起來，大約不外三項：財富、榮譽和感官快樂。縈擾著人們的心靈，使人們不能想到別的幸福，就是這三件東西。
……現在我既然見到，所有這些東西實在是尋求別的新生活目標的障礙，而且不僅是障礙，實在是和它正相反對，勢不兩立，二者必去其一，……我徹底下決心，放棄迷亂人心的財富、榮譽、肉體快樂這三種東西，則我所放棄的必定是真正的惡，而我所得到的必定是真正的善。
斯賓諾莎的內心已經寧靜，終於，在這一年，28歲德斯賓諾莎跟隨磨鏡片的老板遷到萊茵斯堡。因為那裏是一個美麗、安靜而又古雅的村莊。他在那裏住到了1663年。
萊因斯堡距離著名的萊頓大學隻有六七公裏，在這裏住著這樣一位哲學家不會不引起萊頓大學那些教授與學生們的注意，因此斯賓諾莎所住的那所小房子（現在已經是斯賓諾莎博物館）成了許多教授們經常光顧的地方。
同時，又有一些社會名流開始與斯賓諾莎接觸並且保持了良好的關係，其中特別值得一提的是不來梅人享利·奧爾登堡，他是一位經常往返於歐洲大陸與英國之間的外交官。
而且經常與當時一些知名學者保持著聯係，也為斯賓諾莎帶來當時歐洲最新的科學信息，也為世界帶來斯賓諾莎的哲學思想。奧爾登堡與斯賓諾莎之間的通信是現在研究斯賓諾莎思想的重要文獻。
雖然此時的斯賓諾莎有一些交往，但大部分時間裏，他更像“繭裏的蠶”一樣禁閉自己，把大部分時間花在研究和著作上。除了散步，購買牛奶、麵包，間或有些葡萄幹等簡單食品，常常是好幾天閉門苦研。
此時，他追求真理的熱情是如此強烈，以至於他用於娛樂的時間很少很少。當他偶爾由於太專心於哲學沉思而勞累時，他就下樓清新一下。他與同房的人談論一些瑣事，也以抽煙鬥來取樂，但主要的消遣是觀看蜘蛛結網的滑稽動作，就像天使觀看人類的滑稽動作一樣。他向蜘蛛網上投幾個蠅子，看它們之間搏鬥，這種事情使他非常高興，以至笑得眼淚都流了出來。所以老板娘從屋裏掃除了蜘蛛網後，他發了一頓脾氣。
當斯賓諾莎在那裏觀看蜘蛛網的同時。也編結著自己的哲學之網。在這個時期，他完成了兩部重要的哲學著作，即《笛卡兒哲學原理（附形而上學思想）》和《知性改進論》。
前者是斯賓諾莎生前用自己的真名發表的唯一著作，這是用歐幾裏德的幾何方法論述哲學問題的最初嚐試。他認為，數學不研究目的，隻研究形相的本質和特征，可提供給我們一種真理的典型。後者是關於認識論和方法論的著作，是其代表作《倫理學》的導言性著作。
斯賓諾莎的人品和學問令人仰慕。他結交了許多朋友，吸引了眾多的追隨者，甚至受到了世界上某些大人物的信賴。此時，他結交了英國皇家學會的首任秘書奧爾登堡，並建立了友誼。
當時，一些大科學家，諸如波義耳、惠根斯、胡德和萊布尼茨都與他建立了通信聯係。他舉止上的禮貌和文雅，他具有的知識，包含了一種迫使具有豁達胸懷和自由主義教養的人們對他產生鍾愛的魅力。
他在這樣的情況下來到了萊因斯堡，斯賓諾莎在萊因斯堡隻住了三年，也許是因為他的朋友越來越多，使他的工作受到了影響，他決定搬去海牙附近的伏爾堡。