到大學三年級結束時，弗洛伊德總結了三年學習生活，他說：“經過大學頭三年的學習，我發現由於我的天賦能力的特殊性和局限性，我將不能在我年輕時所熱衷的那些科學領域中取得成功。……我終於在布呂克的生理實驗室找到歸宿，獲得滿足。同時，我也在那裏找到我所尊敬而以之為模範的人物，即偉大的布呂克本人及他的助手西格蒙特·艾克斯納和厄納士特·馮·弗萊斯爾·馬茲科。”
接著，弗洛伊德說：“布呂克把一項神經係統組織學問題交給我研究，我很圓滿地解決了那個問題。由於對布呂克很滿意同時也為了我自己著想，我就更進一步的探索下去。”
1876年秋，弗洛伊德正好是20歲，布呂克教授要他到生理學研究室當他的正式助手。弗洛伊德同布呂克生理研究室的結合，在他的一生和科學研究活動中是一個重要的轉折點。
1879年，弗洛伊德被應征入伍。當時，奧匈帝國正同沙皇俄國爭奪巴爾幹半島。當時的德奧兩國實際上是一個大軍營。全國大中小學都實行軍事訓練。任何適齡青年，不管作什麼工作，也不管是否在校讀書，都要參軍。
弗洛伊德就是在這樣的條件下服兵役的。根據當時的規定，參軍的醫學院學生隻能留在國內服役；如果要派往國外，也隻能在醫院裏服務。
在1880年5月6日，弗洛伊德24歲生日那天，在軍隊裏被關禁閉，因為他未經請假外出。
退伍後，弗洛伊德又回到了維也納大學。
從1873年到1881年，弗洛伊德在維也納大學醫學院學習期間，是他為一生中的偉大事業奠定知識基礎的時期。他把大量的時間用在學習生物學、醫學、病理學、外科手術等課程上。
同時，在這裏，弗洛伊德結識了許多著名的學者。除了布呂克、克勞斯以外，還有著名的外科醫生比爾羅斯、皮膚科專家赫伯拉、眼科專家阿爾德等人。他們都是在全世界負有盛譽的學者和醫生。弗洛伊德從他們那裏學到了許多寶貴的知識，學到了進行科學研究的正確方法。
1881年3月，弗洛伊德終於以優異的成績通過了醫學院的畢業考試。他並不需要用很多時間去複習功課，因為他平時始終都踏踏實實地掌握了每門功課的內容，沒有一門功課是糊裏糊塗地通過的。對於每一門功課，不管自己是否愛好，他都務求精通。
弗洛伊德自維也納大學醫學院畢業後，他繼續留在布呂克教授的生理研究室裏。他在這裏從事研究工作已經有十五個月了。但那時，他還要兼顧聽課；如今，他可以把全副精力投入到研究工作。
和其他剛從大學畢業的初級研究人員一樣，在從事研究工作的同時，弗洛伊德還擔任了大學助教的工作。從1881年5月到1882年7月，他順利地完成了研究項目和助教教職。在這一年多的時間裏，弗洛伊德要承擔贍養父母弟妹的重任，而他的收入又很微薄。
1882年，弗洛伊德愛上了他妹妹的朋友瑪莎·伯納斯。瑪莎比弗洛伊德小五歲，出身於漢堡一個頗有名望的猶太家庭，那時正住在維也納。
和瑪莎訂婚後，弗洛伊德開始考慮要為結婚準備必要的資金。顯然，繼續擔任研究室和助教工作，不能滿足經濟上日益增多的需要。所以，在完成第三學期助教工作的時候，他決定接受父親和布呂克教授的勸告，改行做專職醫生。
弗洛伊德的這一轉業，從它的實際效果來看，遠遠地超出了他自己的設想。當弗洛伊德在精神分析學的研究工作中取得累累碩果的時候，他回過頭去重新評價自己在1882年的轉業決定，才看出了它是他的一生中的真正轉折。
行醫生涯
1882年7月，弗洛伊德正式地到維也納全科醫院工作。開始時，他擔任了外科醫生。因為感覺到太疲勞，2個月後，在西奧多·梅納特的推薦下，弗洛伊德當上了著名的醫生諾斯納格的診療所的實習醫生。
諾斯納格的診療所是維也納全科醫院的一個分院。六個半月以後，弗洛伊德轉到梅納特的精神病治療所。在這裏，他當上了副醫師。
西奧多·梅納特同弗洛伊德以前的老師布呂克一樣，是一個著名的神經病學專家，他在維也納大學醫學院兼任教職。弗洛伊德大學時代很喜歡聽他的課，並且從聽他的課開始對神經病學發生了興趣。弗洛伊德曾說，他對梅納特的崇拜達到“五體投地的程度”。
梅納特是當時最著名的的腦解剖學專家，他對大腦神經錯亂症頗有研究。所以，在醫學上把這種病例命名為“梅納特精神錯亂症”。患有這種病的病人，有嚴重的幻覺出現，以致精神錯亂、意識顛倒。這是以後數年弗洛伊德研究潛意識及各種變態心理現象的開始。
在梅納特診療，弗洛伊德第一次親自得來的精神病治療經驗。在工作期間，弗洛伊德深受他的老師梅納特的高尚品質的感染。此時，他每天工作七小時，並用剩餘時間大量研讀有關精神病的著作。在這時候，弗洛伊德已經顯露出從事精神病研究工作的卓越才能。
到1885年2月，全科醫院院長通知他說，神經病科主任希望他離開那裏，這顯然是弗洛伊德與這位神經病科主任的矛盾的表麵化和尖銳化。
在此以前，神經病科主任舒爾茲一直與弗洛伊德問意見。舒爾茲是一位心地狹窄、無所作為的醫生。他不希望弗洛伊德長期留在神經病科，因為他看到弗洛伊德在神經病方麵的研究成果不利於鞏固他自己的主任職位。
就這樣，3月份，弗洛伊德滿懷怨恨轉入該院眼科。在這裏，他工作了3個月。在眼科，奧柏爾斯泰納請他到維也納郊外的奧柏爾道柏林兼任私人精神病院的臨時代理醫師，這樣，他可以稍微增加他的收入。