1849年夏末，洪秀全、馮雲山又回到廣西。拜上帝會在廣西有四個中心，大致在桂平城西、北方，呈半弧形分布。若以這四塊區域的外緣而計，東西綿延約六十英裏，南北約八十英裏。其中一處中心在紫荊山，但如今已包括山腳平原一帶富裕的金田村。第二個中心在賜穀村一帶。拜上帝會教徒黃玉珍一家一直幫助洪秀全。另一個中心更偏西北，包括若幹山村，此地已是象州地界，洪秀全、馮雲山曾至象州搗毀甘王像。第四個中心是最近才發展起來的，位於紫荊山東北，沿鵬化山脈蜿蜒，包括了鵬化和花州諸多小市集。
雖然朝廷官員和廣西一帶的人把拜上帝會當做宗教組織，還不到進行彈壓的地步，但是這一帶已有十多起土匪暴亂，且都與天地會脫不了關係。別的省份也是多事之秋，但廣西已引起朝廷關注，焦慮之情與應對之方在朝廷與南方的封疆大吏之間來來往往。同年，以香港為基地的英國在華艦隊指揮官決定對遊弋於南海的中國海盜發動一次全麵總攻，局勢更加混亂。海盜的據點一一被摧毀，船隻被擊沉，糧倉和藏身處被燒毀，殘餘的海盜逆河而上，逃入廣西境內，與幾年前循同樣路線來到此地的海盜接上了頭。
拜上帝會分布的四塊區域，彼此之間有崎嶇的山地相隔。這些地方或由充滿敵意的非客家人控製，或由盜匪，或由地方官府掌控。在這四塊地區之間行走不那麼容易。洪秀全和拜上帝會的其他首領一樣，在半夜三更到五更之間行進。他們手提燈籠，“齊齊同行，莫有先莫有後也”。在初秋的一天，洪秀全違犯這些安全程序，在他指定的隨從還未集中時就偷偷騎馬先行，結果又一次路遇強盜，幸運的是他未受傷害便逃脫了。由於這次莽撞行為，洪秀全受到天兄耶穌的公開責備--當然是通過蕭朝貴代言--耶穌責問洪秀全“緣何不遵命”，膽敢壞了上帝設下的規矩?洪秀全立即表示非常痛悔，公開認了錯。
雖說有這些風險，拜上帝會的首領們仍然時常往來各處。由於信徒散居於偏僻的孤村，“真教”常與當地民俗、信仰和迷信摻雜不清，就連已經皈依拜上帝會的教徒也常對自己入教的動機、投入程度及誠心有所懷疑。洪秀全知道地方上各個團體之間有紛爭，他的工作之一就是要細查教徒在意識不清之際所說的預言，依教義真諦來判別下凡附體的神靈，盡量判別何者為真，何者為偽，何者來自上帝，何者來自魔鬼。有些教徒顯然得到奇跡式的治愈，如果他們的治愈是因為楊秀清替天父代言，蕭朝貴替天兄代言，那他們的靈魂附體便是“虔誠不假”的。但也有反對上帝的話語，“引入歧途”或“受惑於妖魂”。在這類疑難事例中，據時人所言，無人能像洪秀全善於運用權威，對各式各樣的人行使嚴格的教規7。太平天國對洪秀全在這個時期的記載，天兄耶穌“因眾心未盡通道，欲天王等各處散居，愛諭天王、南王、韋正曰:‘今信真道各小，敬一半，反草一半，爾們何能識得各草也?’”這些首領雖然回以:“不能完全識得他們!”但他們還是接受天兄耶穌的警告。