選擇撤圍北上至關重大，因為過了桂林，便越過中國戰略和地理的分水嶺，河流從由北向南流轉而為由南向北流。太平軍出桂林，向北行進六十多英裏抵達興安，此地的古運河連接漓江和北流的湘江，湘江一路流經湖南腹地入洞庭湖，由此接長江。
讓人驚訝的是，興安居然毫無防備，5月23日，太平軍連打都沒打就進了興安。但太平軍亟須北進，且官軍尾隨在後，無暇在此滯留。於是太平軍立即揮師直逼河運樞紐全州，太平軍先遣部隊於次日(5月24日)便已進抵全州城下。全州不同於興安，守備堅固，但既然太平軍意不在取全州，水陸兩軍便繞城而過，南王馮雲山安然端坐裝飾華麗的轎輿，夾在行伍之間。全州城上一名官軍炮手向這頂轎輿發炮，不意竟擊中轎輿，打碎轎上的飾物，重傷了馮雲山。
代天兄發言的西王蕭朝貴在永安被清妖擊中之時，太平軍的首領對此大惑不解，並出現意見不一的情形。而此刻在全州，馮雲山受重傷的消息不脛而走，太平軍卻步調一致。太平軍停止前進，包圍全州城，輪番攻城達數日之久，全州附近的官軍將領懾於太平軍的凶猛無敵，按兵不動，即使全州知府寫血書求援，也拒絕增援全州。太平軍於6月3日攻破城門，進城後也不安營，見人就殺。這情形是以往沒有的。不到兩日工夫，全州居民全遭殺戮，隻有及時逃離的人得以幸免。
6月5日，太平軍撤離全州廢城繼續北上，顯然是想沿湘江而下，直取長沙。太平軍一如以往，兵分水陸兩路前進，此時陸路沿湘江西岸行進。太平軍的船隻數量又有增加，更多的步卒登船而行。太平軍在全州圍城一役囊括了停泊於全州的大小船隻至少兩百艘之多。太平軍在全州屠城後頗為疲憊，連忙趕路，沒有照往例，每至生地必先詳加偵察，結果，隻出了全州以北八公裏，就中了團練首領江忠源在蓑衣渡設下的埋伏。
太平軍勢必要麵對新型的對手，而江忠源是最早的典型;比起紫荊山的士紳財主王作新和拜上帝會的其他敵人，無論在物資、財力、家庭規模還是與官府的淵源，江忠源都更勝一籌。江忠源是湘南的秀才，比洪秀全年長兩歲。他在1840年代後期就有組織地方團練保護家園不受瑤民和別的團體侵擾的經驗，此時太平軍還未出現。這些在社會上無所掛搭的人借著“黑蓮教”或“棍棒社”等秘密結社而有了勢力，這些結社將武藝、佛教信仰和吃素連在一起。這些年來，這類組織的勢力在江忠源老家的湖南越來越大，尤其碰上大旱，地方糧商與贓官聯手哄抬米價，加入秘密結社的人更多。
江忠源招募鄉勇的目的之一是先發製人，以免族人和那些可能造反的組織有所瓜葛。這種有防禦作用的團練，其成員相當複雜，這點和廣西一樣:有豪門大族的代表，有當地農民，有沒活可幹的人，也有半職業化的兵勇，這些兵勇與當地沒有什麼淵源，隻是找到能讓他們有固定收入的雇主。到了1840年代末，江忠源的團練人數已達兩千多。江忠源到外省做官，但團練仍由他的兄弟和一些出身湖南精英的世交掌控。1850年，江忠源按朝廷禮規回湖南老家服父喪時，有些朝廷將領注意到江忠源會帶團練，便召他率部馳援永安圍城和桂林破圍，這雖然已經離鄉甚遠，但江忠源還是加入這兩場會戰，不過為時不長，他對朝廷各路官軍畏縮不前，無法當機立斷、協同作戰大感沮喪。