如他父親所預料的那樣，米開朗琪羅這種既不衛生又不健康的生活習慣，使他經常患病。從他的信中，我們可以看出他生過14或15次大病。甚至有幾次高燒差點兒要了他的命。他的眼睛、牙齒、頭和心髒都有病。他常常受到神經痛的折磨，尤其當他睡覺的時候，真是苦不堪言。因為這些病的緣故，他提前衰老了。42歲時，他便感到自己老了。48歲時，他說他工作完一天後，得需要4天的休息時間來恢複。但是他的性格太頑固了，即便如此，他不肯請醫生來診治。
這種工作狂的生活狀態，使他的精神更是受到了極大的影響。悲觀主義不斷侵蝕著他。這是一種遺傳病，他的父親也有同樣的病症，那時候，他得想盡一切辦法去安慰受迫害妄想的父親。可是米開朗琪羅的病比他父親的更嚴重。永無休止的工作，不僅使他疲憊不堪，更使他的精神常常陷入一種迷亂狀態。他猜疑他的敵人，甚至猜疑他的朋友、兄弟和他的養子。他總覺得他們都在盼著自己早死好獲得遺產。
生活中的一切都讓他感到不安。他的家人嘲笑他整天心神不寧。他也總感覺自己處於一種悲哀的甚至瘋狂的狀態中。
經受的痛苦多了，米開朗琪羅就開始享受痛苦，似乎可以從中獲得一種苦澀的快感：“愈使我受苦的我愈喜歡。”
對於米開朗琪羅來說，包括愛和善良在內的所有事，都成為痛苦的主題：
“我的歡樂就是享受痛苦。”
他比任何一個人都要更喜歡接近痛苦，而遠離歡樂。在廣闊的宇宙中，他所看到的和所感受到的隻有痛苦。他曾絕望地呼喊：“世界上千萬的歡樂都比不上一種苦惱！”這也許是全世界最能概括悲觀主義的呼聲了。
孔迪維說：“他身上具有強大的力量，這種力量讓他幾乎脫離了人群。”
因此，他是孤獨的。他恨別人，也被別人怨恨。他愛別人，但卻不被別人所喜愛。人們對他既欽佩，又畏懼。
到了晚年，人們對米開朗琪羅產生了一種宗教般的崇敬之情。他站在了整個時代的最高峰。他從高處俯瞰整個人類，人們從低處瞻仰他的風貌。他一生都在工作，從沒有好好地休息過，也不曾享受過人世間的溫柔，在他一生中，甚至都沒有享受過別人一分鍾的愛撫。他也沒有真正得到過愛情，隻有維多利亞·科隆娜純潔的友誼，像一道光照亮了他的天空。
在米開朗琪羅的世界裏，全都是黑夜，隻有他的思想像流星一般劃過黑暗的天際，他的意念在黑暗中劇烈地回蕩。貝多芬就從沒有過這種情境。因為貝多芬天性是快樂的，並且一直在追尋著快樂，隻是社會上種種不如意使他顯得有些憂鬱。米開朗琪羅則不同，他的內心就是黑暗的，充滿濃濃的憂鬱，這種憂鬱令人害怕，所有的人都本能地選擇遠離他。他活在自己的世界裏，在自己的周圍造成了一片空虛。
這種身處孤獨的狀況還不是最糟糕的，最糟糕的是米開朗琪羅常常自己和自己過不去。他的自控能力很差，總是在不斷地否定自己、反對自己，甚至摧殘自己，這使他不能像正常人那般好好地生活。他雖然是個天才，卻長著一顆背叛這種天才的心。世人常說他有一種“反對自己”的宿命，這使得他不能實現任何偉大的計劃。導致他一生不幸和悲劇的關鍵，就是缺乏意誌力和猶豫的性格，而這正是人們往往很少看到或不敢去看的。
米開朗琪羅不僅在藝術和政治上優柔寡斷，在他一切行動和一切思想上都是如此。他不能在兩件作品、兩項計劃中間做出選擇。他在建造尤利烏斯二世的紀念建築、聖洛倫佐的屋麵、美第奇的墓等等的表現都足以證明他的這種猶豫不決。他總是在不斷地開始，卻又總是完成不了。每次剛做出選擇，他就開始懷疑。這種性格使他直到生命的最後，什麼都沒有完成：他早已厭倦了這一切。有人說，他的工作是別人強加給他的，正是因為這個緣故使他不能完成任務。其實如果他拒絕的話，他的委托人是毫無辦法的。可是他不敢拒絕。
他很軟弱。由於他道德或是內心的膽怯，使得他在各個方麵都表現得像個弱者。不管做什麼事情，他都要思前想後，而對於一個性格果斷的人來說，這些考慮全都是多餘的。他往往放大自己的責任，覺得所有的工作他都要親力親為，這無形中增加了許多壓力。其實，這些工作任何一個工人都可以做好，甚至可以比他做得更好。但他卻不肯放手讓別人來做，結果他常常不能履行承諾。
他的怯懦是由於他的謹慎和恐懼造成的。尤利烏斯二世稱他為“可怕的人”，瓦薩裏說他是一個“謹慎者”，這個“使任何人，甚至連教皇也害怕的人”卻害怕一切。他最瞧不起在親王權貴麵前表現怯弱的人，並形容他們是“為親王們負荷工作的驢子”，但他在親王權貴麵前卻也表現得很怯弱。他曾想要躲避教皇，但最終卻留了下來，而且對教皇表現得很服帖。他可以容忍委托人蠻橫無理的要求，並且還會恭敬地答複他們。有時，他也會反抗，說話態度變得十分強硬，但最後還是做出了退步。一直到他生命的結束，他都在努力掙紮著，卻又無力抗爭。克雷芒七世看穿了米開朗琪羅的這個弱點，對他頗有憐憫之心，他是所有教皇中對他最慈和的一個。
他在愛情麵前喪失了全部的尊嚴，在他的敵人麵前表現得十分卑怯。他甚至將托馬索·卡瓦列裏，這樣一個可愛卻十分平庸的人稱為“了不起的天才”。
他的這種怯懦隻不過是痛苦可憐的表現。當他因為恐懼而顯得怯懦時，他會突然陷入一種神誌錯亂的恐慌中，並且會被這種恐慌逼得在意大利各處奔竄。1494年，他被自己的某種幻想嚇得逃出了佛羅倫薩。1529年，佛羅倫薩被圍，擔負守城重任的他又因為恐懼逃亡了。他一直逃到威尼斯，幾乎臨近法國。後來他覺得這種行為很可恥，重又回到被圍困的城裏，肩負起他的責任，一直堅守到圍城結束。當佛羅倫薩被攻陷後，許多人被流放，他又嚇得魂不附體。他甚至去討好法官瓦洛裏，而這個法官曾將他的朋友巴蒂斯塔·德拉·帕拉處死。真是可憐啊！他甚至跟自己的朋友劃清界限，與佛羅倫薩的流戍者斷絕關係。