9月23日，米開朗琪羅來到費拉雷。由於精神過度緊張，他拒絕當地大公的邀請，不願住到他的宮堡中去，而是繼續逃跑。9月25日，他到了威尼斯。當地的諸侯得到消息，便立刻派兩個使者接待他。但米開朗琪羅性情孤僻，而且心裏有愧，就拒絕了人家的好意，躲在朱得卡。他還覺得自己躲避得不夠遠，打算逃到法國去。就在他到達威尼斯的當天，給巴蒂斯塔·德拉·帕拉寫了一封很急切的信，他的這位朋友正在替法王弗朗西斯一世在意大利代辦藝術品。
“巴蒂斯塔，我已離開了佛羅倫薩要到法國去。到了威尼斯，我詢問怎麼過去，人家說必須要經過德國的境界，這對於我是十分危險的，並且我很難做到。你還打算到法國去嗎？如果可以的話，我們可以一起過去，請你告訴我在什麼地方會合。我請求你，收到此信後給我一個答複，越快越好，因為我急著去法國。萬一你不想去了，也請告訴我，那樣我就會不惜任何代價單獨前往……”
駐威尼斯的法國大使拉紮雷·特·巴爾夫趕緊寫信給弗朗西斯一世和蒙莫朗西元帥，催促他們乘機把米開朗琪羅留在法國。法國國王立刻向米開朗琪羅致意，隻要他留在法國，就答應送他一筆豐厚的年俸和一座房屋。但信劄來返畢竟需要一些時日，當弗朗西斯一世的回信到達時，米開朗琪羅已回到了佛羅倫薩。
此時的米開朗琪羅居住在靜寂的朱得卡，瘋狂的熱度退盡後，他有了閑暇時間來反省自己的行為，並為他的恐懼而暗自慚愧。關於他的逃亡，在佛羅倫薩傳得沸沸揚揚。9月30日，佛羅倫薩執政官下令：所有逃亡的人如果在10月7日之前還不回來，將處以叛逆罪。到了指定的那天，所有的逃亡者果然被宣判為逆賊，並沒收全部的財產。然而這張名單裏卻沒有米開朗琪羅的名字，執政官給了他最後的一個期限，駐費拉雷的佛羅倫薩大使加萊奧多·朱尼通知佛羅倫薩共和邦，說米開朗琪羅獲悉命令的時候已經晚了，如果能夠寬赦他，他是準備回來的。執政官答應寬恕米開朗琪羅。他又托采石匠巴斯蒂阿諾·迪·弗朗切斯科把一張居留許可證帶到威尼斯交給米開朗琪羅，同時轉交給他十封朋友寫的信，這些信都是要求他回去的。
在這些信中，寬宏的巴蒂斯塔·德拉·帕拉表現出深沉的愛國之情：“你所有的朋友，不論是什麼派別的，都異口同聲地渴望你回來，希望能保住你的性命、你的財產和你的榮譽，好讓你享受這個新時代。”
巴蒂斯塔相信佛羅倫薩重新回到了黃金時代，他以為美好的事業已經成功。事實上，美第奇宗族重新上台之後，巴蒂斯塔卻成為反動勢力中第一批犧牲者中的一個。
他的一番話打動了米開朗琪羅。米開朗琪羅決定回來了，但行動卻很緩慢。到盧克奎去迎接他的巴蒂斯塔·德拉·帕拉等了好久，以致後來都開始有些絕望了。他又寫信給米開朗琪羅，敦促他快點兒回來。11月20日，米開朗琪羅終於回到了佛羅倫薩。23日，執政官撤銷了他的判罪狀，但給以3年內不得出席大會議的處分。
從此，米開朗琪羅恪盡職守，直至生命的最終。他重新回到已經被敵人們轟炸了一個月的聖米尼亞托。他把山岡重新築牢，並發明了一些新的武器，還用棉花與被褥遮蓋住鍾樓，因此，這個著名的建築物才得以幸免於難。人們所得到的他在圍城中的最後活動，是1530年2月22日的消息，說他爬到大教堂的圓頂上，窺測敵人的行動和視察穹隆的狀況。
可是預料的災禍還是到來了。1530年8月2日，馬拉泰斯塔·巴利翁叛變了。12日，教皇的使者巴喬·瓦洛裏控製了佛羅倫薩，並展開了瘋狂的殺戮。最初幾天，什麼也阻止不了戰勝者的報複行為，米開朗琪羅最好的友人——巴蒂斯塔·德拉·帕拉，最先被殺。據說，米開朗琪羅十分恐懼，藏在了阿爾諾河對岸的聖尼科洛教堂的鍾樓裏。有謠言說他曾想著毀掉美第奇宮，但克雷芒七世並沒有失去對他的喜愛。
據皮翁博說，教皇知道了米開朗琪羅在圍城時的情形後，表示非常不快，但他隻聳聳肩說：“米開朗琪羅不該如此，我從沒傷害過他。”當怒氣稍稍平息了些時，克雷芒立刻寫信到佛羅倫薩，命人尋訪米開朗琪羅，說如果他仍願繼續為美第奇墓工作，他將得到應有的待遇。
雖然他曾反對克雷芒七世，但還是走出他的隱蔽所，重新回來工作。他還為巴喬·瓦洛裏雕塑了《抽箭的阿波羅》，這個人曾殺掉了米開朗琪羅的好友巴蒂斯塔·德拉·帕拉，他就是一個為教皇做壞事的工具。不久，米開朗琪羅甚至和那些流戍者斷絕了朋友關係。為了保全他的藝術夢，他不得不卑怯地在物質和暴力麵前低頭。他將他整個晚年完全奉獻在為使徒彼得建造一座超人的紀念物上。
在現實的逼迫下，米開朗琪羅不得不去說謊話，不得不去討好瓦洛裏，不得不去頌讚洛倫佐和朱利阿諾，他痛苦和羞愧得快要崩潰了。他將自己完全投入到工作中，把內心的狂亂全都發泄在工作中。他不是在雕塑美第奇宗室像，而是在雕塑他自己絕望的像。
當人們向他提出他所雕的洛倫佐和朱利阿諾的肖像跟他們本人並不像時，他驕傲地答：“幾千年之後，誰還能看出像不像？”這兩個雕像，一個是表現“行動”，另一個是表現“思想”。台座上的許多雕像仿佛是給這兩座主像所做的注釋——《日》與《夜》，《晨》與《暮》，道出了生命中所有的苦惱和憎厭。1531年這件作品完成了。
意大利的詩人喬凡尼·斯特羅齊看到這美妙的《夜》時，寫下了一首詩：“你所看到的嫵媚地睡著的夜，卻是由一個天使在這塊岩石上雕成的；她睡著，證明她還活著。如你不信，將她喚醒，她將與你說話。”
米開朗琪羅回答：“如果世界上充滿了無盡的罪惡和恥辱，那睡覺就是最甜蜜的，成為一塊頑石也是最幸福的一件事。對於我來說，不見不聞才是最大的歡樂。因此，不要驚醒我！輕些說話吧！”