他還寫道：“佛羅倫薩，你不要惶惑。相信把我從你那裏剝奪了的人，是不會長久地享受這份成功的。因為他心懷恐懼，就不能無所畏懼地做任何事情。些許的歡樂，就能使相愛的人們感到快樂無比，就會熄滅他們的欲念，而苦難卻會使欲念增長。”
當羅馬被掠奪、佛羅倫薩被攻陷時，對人們的心靈產生了太大的觸動，許多人因此而一蹶不振。
皮翁博變成一個追求享樂的懷疑主義者：“我到了這個地步，哪怕宇宙崩裂，我都不在乎了，我笑看世界的一切。我覺得我已經不是羅馬被占領前的那個我了，我不能再回到原來的那個樣子了。”
米開朗琪羅想要自殺。“如果可以自殺，那麼，一個滿懷信仰卻過著奴隸般悲慘生活的人，最應該享受這種權利了。”
他的精神正處在一個動蕩的時期。1531年6月他病倒了。克雷芒七世竭力撫慰他，可是沒有任何效果。他命令他的秘書和皮翁博轉告他不要過度勞累，要不時地出去散散步，不要把自己弄得像個罪人一般。1531年秋天，大家都為他的生命感到擔憂。他的一個朋友寫信給瓦洛裏，說：“米開朗琪羅消瘦了許多，明顯感到衰老了。我最近和布賈爾迪尼、安東尼奧·米尼談過，我們一致認為，如果不用心看護他，他活不了多久了。他工作太累了，吃得又少而且沒有營養，睡得更少。一年以來，他老是頭痛、心髒痛。”
克雷芒七世不安起來。1531年11月，他下令，除了繼續進行尤利烏斯二世陵墓和美第奇墓這兩項工程外，米開朗琪羅不需要再做其他的工作，否則將驅逐出教，他認為隻有下達這樣的命令，才能讓米開朗琪羅花更多的時間用來好好調養他的身體，活得長久一些，以便為羅馬、為他自己的家族，以及美第奇家族的榮譽做出貢獻。
克雷芒七世保護著他，不讓他受到別的人的糾纏，因為總是有些人要求米開朗琪羅替他們做新的工作。克雷芒七世對他說：“別人讓你幫他畫一幅畫的時候，你就應該把筆係在腳下，在地上劃出四條線，說：‘完成了。’”當尤利烏斯二世的繼承人對米開朗琪羅施壓時，他又出麵幫忙調解。1532年，米開朗琪羅和他們簽了第四張關於尤利烏斯陵墓的契約：米開朗琪羅承諾重新做一個極小的陵墓，在3年之內完成，費用全由他個人負擔，還須付出二千金幣以償還他以前收的尤利烏斯二世及其後人的錢。皮翁博寫信給米開朗琪羅說：“隻要在作品中稍稍表現出一些你的氣息就夠了。”多麼低微的條件！但這次計劃卻沒能實現，為此他還須付出一筆錢！年複一年，米開朗琪羅沒有實現的計劃，事實上是他生命的破產，整個“人生”的破產。
在尤利烏斯二世的陵墓計劃破產之後，美第奇墓的計劃也泡湯了。1534年9月25日，克雷芒七世駕崩。幸運的是，米開朗琪羅不在佛羅倫薩城內。一直以來，他在佛羅倫薩過著惶恐不安的生活，因為亞曆山大·特·美第奇大公恨他，要不是因為有著教皇的袒護，他早已遭到迫害了。
自從米開朗琪羅拒絕為佛羅倫薩建造一座威臨全城的要塞後，美第奇大公對他的怨恨更深了。但對於膽怯的米開朗琪羅來說，做出拒絕美第奇大公的決定，已經算得上是一樁勇敢的舉動，表明了他對於故土存在著偉大的愛。從那時起，米開朗琪羅就隨時準備接受來自大公的打擊。而在克雷芒七世去世後，他恰好不在佛羅倫薩城內，這也許是偶然獲得的幸運吧。從此，他沒有再回到佛羅倫薩，他永遠和它訣別了。
修建美第奇教堂的計劃擱淺了，而且它永遠也不會完工了。我們今日所看到的美第奇墓，和米開朗琪羅所構想的，隻有很少的關聯。它留給我們的僅僅是壁上的大致輪廓。米開朗琪羅不僅沒有完成計劃中雕塑和繪畫的一半，就連後來他的弟子想重新尋找和補全他的構想時，米開朗琪羅自己都不能說出最初的構想了。他就這樣放棄了他的事業，將一切都忘記了。
1534年9月，米開朗琪羅重又回到羅馬，在那裏一直住到去世。他已離開羅馬21年了。在這21年中，他製作了尤利烏斯二世墓上的3座未完成的雕像，美第奇墓上的7座未完成的雕像，洛倫佐教堂未完成的穿堂，聖·瑪麗·德拉·米涅瓦教堂未完成的《基督》，為巴喬·瓦洛裏製作的未完成的《阿波羅》。這些工作嚴重影響了他的健康，他的激情也在一次次的打擊中消失了。他失去了他最愛的一個兄弟，也失去了他熱愛的父親。他寫了兩首紀念他們的詩，盡管也沒有寫完，但其中充滿了對痛苦和死亡的憧憬：
“上天將你們從人世的苦難中拯救出去了。可憐可憐我吧，我活在這個世上和死了沒什麼兩樣了。你們死去了，便成了神明，就不用再擔心生存的狀態。命運和時間，隻能給我們帶來不可靠的快樂和確切無疑的苦難，但你們卻不會因此感到苦惱了。沒有一片雲彩會遮擋住你們的光芒，你們不用再忍受今後艱難的日子了。黑夜不會熄滅你們的光輝，白晝無論多麼明亮，也不會增加它的光華。”
“親愛的父親，你的去世，讓我認識了死亡。死亡並不像人們想象中那樣是件壞事，因為它是人生的末日，同時也是在另一個世界永生的日子。我希望，上帝能讓我再次見到你，將我冰冷的心從塵世的糾葛中解救出來。在天堂裏，我們之間的父子感情將更加牢固。”
人世間也沒有什麼值得他留戀的東西了，藝術、雄心、溫情、希望，這些都不能讓他有所依戀。他已經60歲了，生命似乎已經結束了。他一直孤獨著，他不再相信他的作品，內心隻想著死亡，他熱切渴望能最終逃避塵世間的一切。
“可憐！我被時間拋棄了，時間飛快流逝，我已變得衰老。我不能在死者身旁懺悔與反省了，哭泣也是徒然，沒有一件不幸的事可以和失掉的時間相比的了……”