有人說他很不重視對聖母和使徒的禮拜，這是不符合事實的。他將生命的最後20年，全部奉獻在建造聖彼得大教堂的工作中，並且他的最後之作（因為他的死而沒有完成），也是一座聖彼得像，要說他是一個新教徒真是滑稽可笑。像所有偉大的基督徒一樣，他將生和死永遠跟基督連在一起。1512年他在寫給父親的書信中說：“我和基督一同過著清貧的生活。”臨終的時候，他請求人們讓他回憶基督的苦難。自從和維多利亞交往之後——尤其是當她死後，這種信仰越來越堅定而強烈。從此，他將自己的藝術生涯幾乎完全奉獻於頌讚基督的熱情與光榮。他的詩也沉溺於一種神秘主義的氛圍中。他拋棄了藝術，投入基督的臂膀中去：
“在波濤險惡的海上，我被一葉殘破的小舟送到了彼岸。在那裏，人們可以清晰地判斷什麼是虔誠的作品，什麼是褻瀆上帝的作品。因此，我把藝術當作一個偶像，像對待君主一般對它保持著熱烈的幻想，今日看來這其中包含著許多錯誤。所有的人都充滿了對生活的種種欲念，當我此刻到了精神死亡和肉體死亡的時候，我在想，那些欲念究竟意味著什麼呢？每個人都渴望得到完美的愛情，渴望獲得更多的歡樂，但這種欲念有時卻也是另一種威脅。無論是繪畫還是雕塑，都不能讓我的靈魂得到慰藉。唯一能安慰我的就是上帝的愛，而這愛已在十字架上張開著雙臂，等待著我們！”
米開朗琪羅一生中經受了無數的痛苦和折磨，但卻沒有泯滅他內心的惻隱之心。他的敵人稱米開朗琪羅是一個貪婪的人，但他一生從沒有停止過施惠於不幸的窮人，不論是認識的還是不認識的。他不僅同情他的老仆人和他父親的仆人，他還常常救濟窮人，尤其是那些羞於啟齒的窮人。在他的兄弟死後，他收留了名叫莫娜·瑪格麗塔的老仆，並因為她的去世而傷心不已，“仿佛死去的是自己的姐妹一樣”；他還幫助一個為西斯廷教堂造台架的木匠的女兒，在她出嫁時，給了她一筆嫁妝費。
米開朗琪羅不僅自己這樣去做，他還喜歡讓他的侄子和侄女也跟他這樣做，以觸發他們的愛心。他更願意默默無聞地去做這些好事，時常讓他的侄子侄女代他去做，並且不讓他們說出他的名字。“他喜歡真正地去行善，而並非虛偽地去行善。”出於一種細膩的情感，他尤其照顧那些貧苦的少女，總是設法暗中贈予她們一些嫁妝，讓她們能夠結婚或進入修道院。他寫信對他的侄兒說：
“想方法去認識有急需的人，或是有女兒要出嫁，或是有女孩要被送入修道院。我說的是那些沒有錢，卻又羞於向人啟齒的人。把我寄給你的那些錢私下裏分給這些人，要注意防止被人欺騙……”
此外，他又寫道：
“告訴我，你還認識其他經濟窘迫的高尚的人嗎？尤其是家中有女兒的人家。我很高興為他們盡自己的一份力。不是為了要從中得到什麼，隻是希望我的靈魂能夠得救。”