案件來源及企業基本情況
武威市某公司成立於2004年9月，為增值稅一般納稅人，主要經銷中藥材、中成藥、化學藥製劑、抗生素等。
2006年5月，武威市國稅局稽查局通過分析相關資料，發現該公司2005年6月被主管稅務機關認定為增值稅一般納稅人後，稅負偏低，隨即將其確定為檢查對象，對該公司2005年1月1日至12月31日期間的增值稅納稅情況進行了檢查。
稅務稽查過程及方法
稽查人員首先對該公司小規模納稅人期間的增值稅納稅情況進行了檢查，未發現涉稅違法行為，然後對其認定為一般納稅人後的財務報表、賬簿、記賬憑證、增值稅納稅申報表及相關涉稅資料進行了檢查，重點檢查了“庫存商品”、“應交稅金一應交增值稅（進項稅額）”等賬戶。
檢查中，稽查人員了解到該公司進貨全部來自於增值稅一般納稅人，均能取得增值稅專用發票，於是將該公司2005年6至12月增值稅一般納稅人期間申報抵扣的進項稅額除以相應的稅率後，應有購進貨物金額為1，076，333．34元，與該企業2005年6至12月“庫存商品”總賬的借方發生額987，487．27元進行核對，二者相差88，846．07元。稽查人員進一步將“應交稅金一應交增值稅（進項稅額）”賬戶逐筆與“庫存商品”明細賬借方進行核對，發現“應交稅金一應交增值稅（進項稅額）”明細賬記載，2005年8月一筆進項稅額為12，909．26元的業務，“庫存商品”明細賬借方沒有對應記載，企業相應會計處理為：
借：庫存商品88846．07
應交稅金一應交增值稅（進項稅額）12909．26
貸：應付賬款一A公司88846．07
商品進銷差價12909．26
上述業務無入庫手續，追查“應付賬款一A公司”及“商品進銷差價”明細賬並未發現相關記錄。也就是說，該筆分錄隻在“應交稅金一應交增值稅（進項稅額）”明細賬進行了登記。
稽查人員隨即對公司財務人員進行了詢問，證實該批貨物是2005年4月小規模納稅人期間從外地的A公司購入的，但當時未索要正式發票，賬務上已憑A公司開具的提貨單作了入庫處理，在被認定為增值稅一般納稅人後一段時間裏，公司經營不景氣，資金周轉較困難，便向A公司索要了增值稅專用發票申報抵扣進項稅額12，909．26元。
違法事實
經檢查核實，該公司被認定為一般納稅人後，將小規模納稅人期間購進的貨物索取增值稅專用發票，申報抵扣進項稅12，909．26元。