案件來源及企業基本情況
張掖市國稅局稽查局在分析某麥芽廠2005年的納稅申報資料時，發現某麥芽廠在一年中有五個月是零、負申報，決定對該麥芽廠2005年度增值稅納稅情況實施檢查。
該麥芽廠係2001年8月建成投產，設計年生產能力3萬噸。主要從事大麥、小麥麥芽加工銷售，為增值稅一般納稅人。
稅務稽查過程及方法
在檢查中，稽查人員對企業的銷售收人憑證進行審核時，發現2005年該麥芽廠開出2份增值稅專用發票，票麵注明“加工費”48，717．95元，數量150噸，稅額8，282．05元。在詢問該廠受托加工的具體情況時，企業有關人員提供了該廠與寧夏某啤酒公司簽訂委托加工麥芽協議一份，約定由某啤酒公司提供原料（啤酒大麥），由該廠加工，啤酒公司在收到產品時按每噸380元支付加工費，加工數量150噸。
為了證實這筆加工業務的真實性，稽查人員全麵查閱了該廠有關此筆業務的賬簿及憑證，發現該廠確實以加工費名義，向某啤酒公司開具增值稅專用發票，但是作為受托加工業務，隻有發往某啤酒公司的運輸發票，沒有某啤酒公司提供原料的財務記載，包括“原材料”的入庫記錄、運輸記錄等。對此企業的解釋是因某啤酒公司沒有條件自己直接收購，以口頭協議委托該廠代購原材料並加工。
稽查人員根據掌握的行業數據分析，大麥生產麥芽的投入產出比一般為75％～80％，大麥品質越好、企業產能越大，麥芽的出品率就越高，品質好的大麥收購價格也高。根據該廠曆年數據分析計算，麥芽出品率約為75％，則150噸成品麥芽約需大麥原料200噸。若像會計所說，按市場時價最低1500元噸計算，某啤酒公司需事先付款約30萬元。稽查人員又對企業的“銀行存款”賬戶進行了檢查，未能找到收取某啤酒公司事前提供收購資金的收款記錄。說明該廠在委托加工協議約定交付受托加工麥芽前，沒有收到委托方某啤酒公司提供的原料，也沒有收到某啤酒公司的收購資金。
在事實麵前，財務人員說出實情：“某啤酒公司的確曾委托我廠加工麥芽，簽訂的協議也是真實的。但是，簽訂協議後很長時間我廠與某啤酒公司的原經辦人員失去了聯係，在直接與公司聯係後得知原經辦人員已被辭退，並且停止執行其經辦簽訂的全部協議。某啤酒公司在先行毀約的情況下，考慮到與我廠的長期合作關係，同意從我廠購入150噸成品麥芽，以降低售價為條件，我廠隻就相當於原協議約定加工費的部分開具了發票。”
違法事實
經檢查核實，該廠共銷售給某啤酒公司自產麥芽150噸，按照該廠同期同類產品銷售價2，33．63元／噸（不含稅）計算，該廠上述業務應計主營業務收入365，044．50元，減除該廠已計人其他業務收入的“加工費收入”63，708．08元，還應補計應稅收入301，336．42元，應計提增值稅銷項稅額39，173．73元。