以上合計應補繳增值稅42，925．05元。
根據《中華人民共和國稅收征收管理法》第三十二條“納稅人未按照規定期限繳納稅款的，扣繳義務人未按照規定期限解繳稅款的，稅務機關除責令限期繳納外，從滯納稅款之日起，按日加收滯納稅款萬分之五的滯納金”之規定，對該公司應補繳的稅款從滯納稅款之日起按日加收萬分之五的滯納金。
根據《中華人民共和國稅收征收管理法》第六十三條“納稅人偽造、變造、隱匿、擅自銷毀賬簿、記賬憑證，或者在賬簿上多列支出或者不列、少列收入，或者經稅務機關通知申報而拒不申報或者進行虛假的納稅申報，不繳或者少繳應納稅款的，是偷稅。對納稅人偷稅的，由稅務機關追繳其不繳或者少繳的稅款、滯納金，並處不繳或者少繳的稅款百分之五十以上五倍以下的罰款；構成犯罪的，依法追究刑事責任”之規定，該企業賬外經營、不進行納稅申報的行為已構成偷稅，對其處以所偷稅款50％罰款計21，462．53元。
案例分析
本案在一定程度上反映了當前在農副產品收購加工中稅務管理存在的問題：農產品收購發票由企業自開自抵，卻無科學有效的稅收監控措施；部分中間商販遊離於稅務管理之外，既不辦理稅務登記，又不申購領用發票；農業生產者身份難以界定並且來源分散，收購數量及單價很難監控等。
為此，主管稅務機關要切實采取有效措施，進一步加強對農副產品購銷企業的日常管理，一是有針對性地開展日常檢查，抽查納稅人收購發票的填開是否完整、準確，收購對象是否為自產農產品個人，是否真實支付收購款項等情況；二是對於由付款（購貨）方開具的這種特殊性質的發票予以高度重視，嚴格執行收購發票交舊供新、限量供應的原則，防止一些企業采取虛提價格、虛報數量等手段虛增進項抵扣稅額進行偷稅的行為發生；三是不斷總結經驗，積極探索行之有效的管理措施。
稅務稽查部門在進行檢查時，要根據這類企業的生產經營特點，采用關聯檢查、實地檢查等方法，把內查與外調結合起來，拓寬稽查證據的來源渠道，有效打擊涉稅違法行為。
（案源提供：金昌市國家稅務局稽查局）