案件來源及企業基本情況
2004年3月，金昌市國稅局稽查局接到甘肅省國稅局稽查局轉交的舉報某農副產品經銷公司涉嫌偷稅的案件後，對其進行了稽查。
金昌市某農副產品經銷公司於2001年11月成立，主要經營化肥、農膜批發、零售，農副產品購銷（不含小麥、玉米）業務，為增值稅一般納稅人。
稅務稽查過程及方法
針對舉報信函中反映的問題和提供的線索，專案組製定了“以審核該公司發運大麥的鐵路貨票為主線，檢查銀行存款賬戶和向購貨地國稅機關發協查函為輔”的稽查方案，並實施稽查。
在檢查中，稽查人員對該公司2003年1月1日至2004年2月28日所有的賬簿、憑證、財務報表以及納稅資料進行了全麵詳細的檢查，發現了以下疑點：一是該公司增值稅稅負太低，僅為0．0456％；二是發出大麥抵扣進項稅的鐵路貨票的數量為4268噸，而該公司賬麵反映銷售大麥的數量為3，734．28噸，兩者相差533．72噸。
為了徹底查清事實，稽查人員調取了某車務段貨運室2003年1月1日至2004年2月28日所有的鐵路發運貨票，從中摘錄出該公司以及以該公司法人代表名義為發貨人的鐵路貨運發票，經與賬簿上鐵路貨運發票一一核對，發現鐵路貨運發出數量比企業賬麵記載銷售數量多2280噸，初步判斷為賬外經營，有偷稅嫌疑。
為了進一步查證該公司發貨的詳細情況，稽查人員對該公司的銀行賬戶進行查詢並向購貨地國稅機關發出了5份協查函，確認該公司銷售大麥未入賬。
在掌握了大量的外部證據後，稽查人員對該公司法定代表人及會計進行了詢問，進一步證實該公司存在賬外經營、隱匿銷售，偷逃國家稅款的問題。
經檢查核實，該公司：
1．2003年1月（增值稅小規模納稅人期間）發往河南省鄭州某麥芽廠大麥240噸，采取賬外經營的手段，未計銷售收入353，076．92元，少繳增值稅14，123．08元。
2．2003年3月（增值稅小規模納稅人期間）發往河南省獲嘉縣某麥芽有限責任公司大麥480噸，采取賬外經營的手段，未計銷售收入673，076．92元，少繳增值稅26，923．08元。
3．2003年11至2004年1月（增值稅一般納稅人期間）分別發往河南焦作市博愛縣某麥芽公司大麥300噸，河南焦作市某啤酒原料公司大麥1260噸，采取了賬外經營的手段，未計銷售收入1，924，434．22元，也未申報抵扣相應的農副產品收購進項稅額248，297．56元，按規定進銷相抵後少繳增值稅1，878．89元。
小規模納稅人期間。根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》第一條“在中華人民共和國境內銷售貨物或者提供加工、修理修配勞務以及進口貨物的單位和個人，為增值稅的納稅義務人（以下簡稱納稅人），應當依照本條例繳納增值稅”和第十二條“小規模納稅人銷售貨物或者應稅勞務的征收率為6％”及《國家稅務總局關於做好商業個體經營者增值稅征收率調整工作的通知》（國稅發【1998】104號）“從1998年7月1日起，商業個體經營者的增值稅征收率由6％下調為4％……”以及第十三條“小規模納稅人銷售貨物或者應稅勞務，按照銷售額和本條例第十二條規定的征收率計算應納稅額，不得抵扣進項稅額。應納稅額計算公式：應納稅額=銷售額×征收率”之規定，該公司小規模納稅人期間應補繳增值稅41，046．16元【（353，076．92元+673，076．92元）×4％】。
一般納稅人期間。根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》第一條“在中華人民共和國境內銷售貨物或者提供加工、修理修配勞務以及進口貨物的單位和個人，為增值稅的納稅義務人（以下簡稱納稅人），應當依照本條例繳納增值稅”和第二條“（一）納稅人銷售或者進口貨物，除本條第（二）項、第（三）項規定外，稅率為17％”及《財政部、國家稅務總局關於調整農業產品增值稅稅率和若幹項目征免增值稅的通知》（財稅字【1994】4號）第一條“農業產品的增值稅稅率由17％調整為13％，……本通知從1994年5月1日起執行”；以及第四條“除本條例第十三條規定外，納稅人銷售貨物或者提供應稅勞務（以下簡稱銷售貨物或者應稅勞務），應納稅額為當期銷項稅額抵扣當期進行稅額後的餘額。應納稅額計算公式：應納稅額=當期銷項稅額一當期進項稅額，……”及第五條“納稅人銷售貨物或者應稅勞務，按照銷售額和本條例第二條規定的稅率計算並向購買方收的增值稅額，為銷項稅額。銷項稅額計算公式：銷項稅額：銷售額×稅率”；以及《國家稅務總局關於增值稅一般納稅人發生偷稅行為如何確定偷稅數額和補稅罰款的通知》（國稅發【1998】第66號）“一、關於偷稅數額的確定……（二）納稅人的偷稅手段如屬帳外經營，即購銷活動均不入帳，其不繳或少繳的應納增值稅額即偷稅額為帳外經營部分的銷項稅額抵扣帳外經營部分中已銷貨物進項稅額後的餘額”之規定，該公司一般納稅人期間賬外經營貨物進銷項稅額相低後，應補繳增值稅1，878．89元（當期銷項稅1，924，434．22元×13％—當期進項稅248，297．56元）。