案件來源及企業基本情況
2006年3月，金稅工程稽核係統清分比對結果反映，某工業有限責任公司2005年11月取得已抵扣的1份貨運發票為缺聯發票，定西市國稅局稽查局隨即展開專案檢查。
定西市某工業有限責任公司成立於1995年11月，主要從事澱粉製品、飼料等產品的加工生產與銷售，為增值稅一般納稅人。
稅務稽查過程及方法
根據金稅工程稽核係統清分比對結果，定西市國稅局稽查局發出協查函，協查回複結果為該份缺聯發票為假貨運發票。稽查人員通過認真分析，認為該公司既然存在取得假貨運發票抵扣稅款的違法問題，應以該份發票為線索，全麵檢查該企業取得的其他扣稅憑證是否真實合法。
稽查人員對該公司2005年度和案件延伸涉及的2004一年12月份的會計記賬憑證、賬簿、會計報表、發票等進行了全麵檢查，以核實購銷業務的真實性。檢查發現，假貨運發票注明的承運人為河北某汽運公司，而同一筆業務的增值稅專用發票由蘭州某公司向蘭州當地稅務機關申請代開，這顯然與常理不符。為此，稽查人員調閱此筆業務的貨物入庫手續及記賬憑證等單據，並就此詢問了該公司會計和負責人，初步了解到貨物入庫真實。通過對蘭州某公司進行外調，證實未與該公司發生此筆業務，其申請代開的增值稅專用發票是在收取了河北某公司一定的好處費和稅款後，向當地稅務機關申請代開，並提供給了河北某公司。
針對取得假貨運發票和虛開的增值稅專用發票抵扣進項稅的違法事實，稽查人員對該公司發生的其他業務進行了全麵核對，發現該公司於2004年12月又取得河北某汽運公司開具的152，129．60元的公路運輸發票一份，發出協查函回複確認此份公路運輸發票也是假票。
經檢查核實：
1．該公司2004．年12月和2005年11月取得的兩份貨運發票為假票，發貨單位、地址、發票專用章、發票條形章均係偽造。其中2004年12月取得的貨運發票價稅合計金額152，129．60元，抵扣進項稅額10，649．07元；2005年11月取得的假貨運發票價稅合計金額157，500．00元，抵扣進項稅額11，025．00元。
2．該公司2005年從銷貨方取得由第三方代開的一份增值稅專用發票，金額103，365．38元，抵扣進項稅額4，134．62元（10，336．38元×4％）。
處理處罰依據及結果
根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》第八條“納稅人購進貨物或者接受應稅勞務（以下簡稱購進貨物或者應稅勞務），所支付或者負擔的增值稅額為進項稅額。準予從銷項稅額中抵扣的進項稅額，除本條第三款規定情形外，限於下列增值稅扣稅憑證上注明的增值稅額：（一）從銷售方取得的增值稅專用發票上注明的增值稅額”和《國家稅務總局關於納稅人取得虛開的增值稅專用發票處理問題的通知》（國稅發【1997】134號）“一、受票方利用他人虛開的專用發票，向稅務機關申報抵扣稅款進行偷稅的，應當依照《中華人民共和國稅收征收管理法》及有關規定追繳稅款，處以偷稅數額五倍以下的罰款……二、在貨物交易中，購貨方從銷售方取得第三方開具的專用發票，或者從銷貨地以外的地區取得專用發票，向稅務機關申報抵扣稅款或者申請出口退稅的，應當按偷稅、騙取出口退稅處理，依照《中華人民共和國稅收征收管理法》及有關規定追繳稅款，處以偷稅、騙稅數額五倍以下的罰款”及《國家稅務總局關於印發（國家稅務總局關於加強貨物運輸業稅收管理及運輸發票增值稅抵扣管理的公告）的通知》（國稅發【2003】120號）“從2003年12月1日起，國家稅務局將對增值稅一般納稅人申請抵扣的所有運輸發票與營業稅納稅人開具的貨物運輸業發票進行比對。凡比對不符的，一律不予抵扣”之規定，該公司違法取得的假貨運發票和取得虛開的增值稅專用發票不得抵扣進項稅，應補繳增值稅25，808．69元。