根據《中華人民共和國稅收征收管理法》第三十二條“納稅人未按照規定期限繳納稅款的，扣繳義務人未按照規定期限解繳稅款的，稅務機關除責令限期繳納外，從滯納稅款之日起，按日加收滯納稅款萬分之五的滯納金”之規定，對該公司應補繳的稅款從滯納稅款之日起按日加收萬分之五的滯納金。
根據《中華人民共和國稅收征收管理法》第六十三條“納稅人偽造、變造、隱匿、擅自銷毀賬簿、記賬憑證，或者在賬簿上多列支出或者不列、少列收入，或者經稅務機關通知申報而拒不申報或者進行虛假的納稅申報，不繳或者少繳應納稅款的，是偷稅。對納稅人偷稅的，由稅務機關追繳其不繳或者少繳的稅款、滯納金，並處不繳或者少繳的稅款百分之五十以上五倍以下的罰款；構成犯罪的，依法追究刑事責任”之規定，該公司上述行為已構成偷稅，對其處以所偷稅款50％的罰款計12，904．35元。
案例分析
本案中，稽查人員以稽核比對結果為線索，對企業購銷業務展開深入細致的延伸檢查，查實了該公司利用取得的假貨運發票抵扣進項稅偷稅，接受虛開增值稅專用發票抵扣進項稅的違法事實。
稅務稽查部門對金稅係統產生的案件、發票協查案件一定要根據線索深入分析。不能局限於就票查票，要善於類比推理、舉一反三，把問題查細、查深、查實。要加強相關部門間的配合協作，建立信息共享機製，充分利用計算機網絡等高科技手段，拓寬案件來源及查處途徑，降低稽查成本，提高工作效率。
（案源提供：定西市國家稅務局稽查局）