案件來源及企業基本情況
2005年7月，酒泉市國稅局稽查局接到群眾舉報，轄區某鍋爐有限公司存在私設兩套賬，偷逃國家稅款的行為。稽查局以此為線索，對該公司2000年至2005年期間的納稅情況進行了檢查。
某鍋爐有限公司成立於1993年8月，注冊資本139萬元。主要從事E2級鍋爐、常壓熱水鍋爐、鍋爐輔機、電器控製設備、水暖器材等的製造銷售和安裝，為增值稅小規模納稅人，實行查賬征收。
稅務稽查過程及方法
因舉報案情比較複雜，稽查局及時召開專題會議，研究製訂了實施方案，決定對該公司進行突擊檢查。稽查人員到該公司履行了相關法定稽查程序後，一邊向企業法人和會計詢問有關情況，一邊細心觀察，發現了該公司的部分產品購銷合同及其他涉稅資料，當即決定采取調賬檢查方式，下達了調取賬簿通知書，對該公司2000年至2005年期間對外簽訂的產品購銷合同及財務賬簿、憑證、納稅申報表等資料當場進行了登記，全部調回了市局稽查局。
稽查人員對賬簿、憑證、財務報表、納稅申報表、銀行對賬單、產品購銷合同等進行了全麵檢查。經檢查發現，該公司2000年1月至2005年6月間，與中國石油青海油田某公司簽訂多份產品購銷合同，多次向其銷售各種自產鍋爐，並負責對所銷鍋爐進行安裝和維修，未開具增值稅專用發票，也未將取得的收入向國稅機關申報繳納增值稅，而是開具《甘肅省酒泉地區建築安裝專用發票》，將銷售產品取得收入按“營業稅一建築安裝業”稅目向當地地稅機關申報繳納了營業稅，共開具《甘肅省酒泉地區建築安裝專用發票》13份，金額4，563，889．00元。
檢查過程中，一份該公司與西安某工貿公司簽定的燃氣鍋爐代理進口合同和代理費用結算清單，一張由西安某工貿公司開具給中國石油青海油田某公司品名為燃氣鍋爐的增值稅專用發票複印件引起了稽查人員注意。追蹤該筆業務，賬務處理如下：
向西安某工貿公司支付鍋爐貨款時：
借：應付賬款380000
貸：銀行存款380000
將購買的鍋爐直接出售給中國石油青海油田某公司時：
借：銀行存款440000
貸：應收賬款440000
稽查人員就該業務相關涉稅問題向企業會計、負責人進行了詢問，他們承認由於公司沒有一般納稅人資格，由西安某工貿公司按銷價440，000．00元代開了增值稅專用發票，並由該公司將代開的增值稅專用發票轉交給了中國石油青海油田某公司，該公司按代購代銷業務將購銷差額60，000．00元以“營業稅一服務業”稅目向當地地稅機關申報繳納了營業稅。
違法事實
經檢查核實：
1．該公司在2000年至2005年期間，銷售自產鍋爐給“中國石油青海油田某公司”並負責安裝後，開具“甘肅省灑泉地區建築安裝專用發票”13份，取得產品銷售收入4，563，889．00元（含稅），未申報繳納增值稅258，333．34元。