正當東宮的部隊不知如何是好的時候，有人忽然提議，既然這裏攻不進去，我們就去攻打秦府，殺他的老婆和孩子。於是，一夥人大吵大鬧要入秦府。城上（秦府）將士聽後大駭。因為就兵力而言，李世民兵雖精，但少得實在可憐，寡難敵眾；而且大多數將領都集中在玄武門，秦府處隻有房玄齡、杜如晦守在那裏，畢竟力量單薄，萬一失守，也是關係到全局的成敗。所以，秦府將士們驚恐不已，都不知如何是好。這時，尉遲敬德忽然想出個好主意，他提著建成和元吉的首級，掛在城牆上，給東宮、齊府的將士看。那些將士看到自己的主人已經人頭落地，一下子就像泄了氣的皮球，毫無鬥誌，紛紛逃命去了。
戰鬥基本上已經結束，李世民開始收拾戰場，叫尉遲敬德向李淵彙報情況。敬德一身戎衣，身穿鎧甲手持長矛，李淵一看就知道已經出了亂子，便問裴寂等怎麼辦。蕭瑀、陳叔達進言：“建成、元吉本不預義謀，又無功於天下，疾秦王功高望重，共為奸謀。今秦王已討而誅之，秦王功蓋宇宙，率土歸心，陛下若處以元良（太子），委之國事，無複事矣！”李淵隻好同意，並寫了“手敕”，命令所有的軍隊一律聽從秦王的處置。
同時，李淵派黃門侍郎裴矩到東宮曉諭諸將卒，事變最終就這樣平息下來了。六月七日，唐高祖李淵下詔立世民為皇太子。詔文說：“皇太子世民夙稟生知，識量明允，文德武功，平一宇內，九官惟序，四門以穆。朕付托得人，義同釋負，遐邇寧泰，嘉慰良深。自今後軍機兵仗倉糧，凡厥庶政，事無大小，悉委皇太子斷決，然後聞奏。”這裏，所謂“義同釋負”，未必是由衷之言，充分肯定秦王世民的“文德武功”，倒是體現了立賢的原則。至於規定今後軍國庶事，不分大小，一律先由皇太子處決，這就表明李世民實際上開始執政了。
過了幾天，李淵又提出：“朕當加尊號為太上皇。”表示了要早些退位的意願。八月癸亥，正式傳位於太子。甲子，李世民即位於東宮顯德殿。次年正月，改元“貞觀”，開始了“貞觀之治”的新時期。這裏麵，我們不難想象李淵的言不由衷，隻不過是迫於當時的形勢，隻好退位。因為我們知道，李世民在未謀劃之前就和眾大臣說過，並不是因李建成的緣故而猶豫不決，而是因為鏟除李建成後，如何處理好和父親的關係，既然發動了戰爭，就必須掌握實權。也就是說，他鏟除李建成，是因為他已經有把握能得到實權了。所以說李淵是被迫退位，而不是自願退位。
在這場宮廷鬥爭中，李世民的勢力從表麵上看一直處於劣勢，但是，他的才能，不論從哪方麵講，都是李建成和李元吉無法比擬的。李世民故意露出軟弱的一麵，李建成和李元吉卻被這種表象迷惑了。也不能說李建成無謀，李建成同樣是一個高超的謀略家，比如在朝中握有實權的宰相裴寂始終站在他這一邊；在後宮之中，李建成也買通了李淵的寵妃，不斷向李淵說李世民的壞話，也引起了李淵對李世民的猜疑；在軍事上，李建成在太子東宮豢養了幾千衛士，被稱作“長林兵”，實際上是李建成的私人武裝力量，在宮外他又令心腹招募健兒進行操練，為兵變做準備；在地方，李建成也取得了河北的支持。這樣，不論從哪個方麵來說，李建成的力量都非常強大，隻不過太自信了。
力量對比是一回事，具體到事情的成敗又是另一回事。李世民假裝在實力上處於劣勢，使李建成輕視他，這樣就更容易對付，而且善於謀算的他采取了先發製人的策略，最終將大意疏忽的李建成擊敗，並斬草除根，殺了太子和齊王的子嗣，登上了皇帝的寶座。