在隋唐之前，禪宗東土“祖師”裏在禪法方麵影響較大的是菩提達摩開創的方法，即所謂“二入四行”。 “二入”指“理入”和“行入”。 “理入”說的是依靠智慧或真理而入佛道，按禪宗的說法是所謂“借教悟宗”，也就是借助佛教的經典文字等逐漸悟入無自無他、凡聖等一、寂然無為的禪的境界。“行入”說的是依靠正確的修行或處世態度而入佛道，具體來講又有四種，就是所謂“四行”，即： 抱怨行（正確對待先前行為所得業果，無怨憎）、隨緣行（得失隨緣）、無所求行（不貪婪地求取）、稱法行（認識諸法無我等事物的真理）。這種“二入四行”的方法在本質上說和印度禪思想中存在的一些方法能找到對應之處，如“理入”接近於印度宗教中的“觀慧”，“四行”在本質上是對自己行為的抑製或控製，與上述“禁製”、“勸製”、“製感”類似。
中國禪思想的發展後來逐步走上了重視“心性”理論、“佛性”理論的道路。“見性”了就“悟”了，也就成佛了。禪宗的核心思想成了如何“見性”的問題。見性的問題成了修禪者的首要問題。把禪思想和心性或佛性問題緊密結合在一起，這是中國禪思想的一個特色。印度佛教中很早就講“心性本淨”或“自性清淨心”。這與佛性觀念雖不完全是一回事，但卻也有很大關聯。“心性”或“自性”的觀念是“佛性”觀念形成的一個基礎。因為在佛教理論中，人能否成佛與心的本性（心性）有關，與人自身的本質（自性）有關。佛性問題直接涉及人的本性問題，而所謂“心性”在實質上又是人的一種本性。在佛教看來，成佛與淨或清淨是一致的，人的心或自性不淨則不能成佛。因而“心性”或“自性”的觀念與佛性觀念就聯係在了一起。在印度，這一問題的討論在小乘和大乘一般的流派中都存在，不過並沒有與禪思想有什麼特別的關聯。但在中國，禪宗則將討論的重點放在能否和如何見到人的自性清淨心或佛性之上。
心性問題或佛性問題在禪宗興起之前在中國佛學界就曾熱烈討論過，如慧遠、道生及一些地論師和攝論師等都曾積極參與。禪宗產生後吸收、借鑒和發展了印中佛教在這方麵的思想。禪宗認為，人們的心性本來就是清淨的，但一般的人或凡夫由於執著於不實在的事物，被迷妄所遮覆，因而處於無明狀態。隻有用“般若慧”來認識自己的清淨本性，才能覺悟。禪宗要求“直指人心”、“見性成佛”等，其理論基礎或前提就是“心性本淨”。
禪宗裏與心性問題相關的另一個重要觀念是“覺悟不假外求”。禪宗認為眾生自己身上都有佛性，眾生都可能成佛。這種思想在《大般涅槃經》、《大乘起信論》等許多佛教經論中都提到過，禪宗也將其作為基本觀念。既然佛性在自己身上，那麼要禪定或“悟”的對象就不應向外，而應向內。也就是說，要獲得覺悟不是要到身外去求取，而是要在自身中下功夫，發現自身中本有的佛性。在禪宗看來，所謂解脫，就是認識本心（“若識本心，即是解脫”）。把禪定的重點放在自身內部，這也是禪宗的一個特色或傾向。
在禪宗裏，無論是南宗還是北宗，都承認“自性清淨”的觀念，都注重向內體悟或發現自己的本性或佛性。但在如何實現這一目的或完成這一過程的問題上，二者的見解或作法有差別。這種差別通常被概括為“南頓北漸”。所謂“南頓”指南宗“頓悟成佛”的方法。南宗認為，一旦認識了自己的本性（清淨本性或本有的佛性），就可在一刹那的時間內覺悟。《壇經·般若品》中說：“若起真正般若觀照，一刹那間，妄念俱滅。若識自性，一悟即至佛地。”《壇經·般若品》中還說：“前念迷即凡夫，後念悟即佛；前念著境即煩惱，後念離境即菩提。”這就是說，人獲得覺悟，不過在一念之間，在前念和後念的一刹那。所謂“北漸”指北宗主張“漸悟成佛”的方法。在北宗看來，體悟佛教的真理或認識自己的本性，不是一下子就可以完成的，應該“凝心入定，住心看淨”，因而覺悟是一漸進的過程。